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税務調査対応コラム
作成日:2026.05.11
辻 光明

執筆者:辻 光明

代表税理士

源泉所得税の税務調査|給与・報酬・士業支払の確認点

3分で読めます
給与台帳と源泉所得税資料を確認するデスク

税務調査の緊急相談

税務署からの連絡内容をもとに、初動と資料準備を整理する

調査日、対象税目、対象期間、不安な論点を確認し、当日までに説明方針を整えます。

税務調査を相談する

給与まわりは法人税と源泉所得税がつながる

税務調査では、給与、役員報酬、外注費、年末調整、源泉所得税がまとめて確認されることがあります。法人税の経費性だけでなく、源泉徴収すべき支払いだったか、給与と外注の区分が妥当かも重要です。

この記事の結論

税務調査対応では、最初に「対象税目・対象期間・求められている資料・回答期限」を切り分けることが重要です。源泉所得税の税務調査|給与・報酬・士業支払の確認点の場面でも、先に資料と事実関係を整理してから説明方針を決めると、不要な誤解や回答のブレを抑えられます。

初動で確認すること

役員報酬の改定時期、賞与、退職金、従業員給与、外注費、日当、旅費、福利厚生、非居住者への支払いを確認します。給与台帳、源泉徴収簿、年末調整資料、法定調書の整合性を見ます。

準備する資料

給与台帳、源泉徴収簿、扶養控除等申告書、年末調整資料、役員報酬議事録、雇用契約書、業務委託契約書、外注先請求書、勤務実態資料、法定調書、納付書控えを準備します。

やってはいけない対応

外注費として処理しているが実態は従業員に近い、役員報酬の改定議事録がない、源泉所得税の納付漏れがある、年末調整資料が不足している、という状態は調査で論点化しやすくなります。

7日以内に進める実務フロー

1日目は税務署から聞いた内容を記録し、社内の回答窓口を決めます。2日目から3日目は申告書、帳簿、証憑、契約書、通帳、会計データの所在を確認します。4日目から5日目は論点になりそうな取引を年度別・税目別に分け、説明できる資料と不足資料を一覧化します。6日目から7日目は税理士と当日の説明方針、資料提示の範囲、回答保留にする質問を確認します。

税務署から連絡が来たら、初動を整理

緊急相談が必要なサイン

税務署から調査日程を急がれている、無予告で来訪された、売上漏れ・架空経費・外注費・消費税還付・源泉所得税などの具体論点を示された、過去申告に大きな不安がある、納付資金が足りない可能性がある場合は、早めの相談が必要です。税務調査緊急対応の相談は、専用フォームから状況を共有できます。

税理士に共有すると早い情報

税理士には、役員報酬の変更履歴、外注先との関係、従業員数、源泉所得税の納付状況、年末調整の処理担当、法定調書の提出状況を共有します。

よくある質問

Q: 外注費が給与と判断されることはありますか?
契約書名だけで決まるわけではありません。指揮命令、勤務実態、道具負担、報酬計算、代替性など実態を整理して説明できるようにします。
Q: どの段階で税理士に相談すべきですか?
税務署から連絡が来た時点、事前通知の内容が分からない時点、資料不足や過去処理の不安がある時点で相談してください。当日対応だけでなく、事前整理の段階から入る方が説明方針を作りやすくなります。

まとめ

給与まわりの税務調査では、法人税、源泉所得税、労務実態がつながります。契約書と実態の一致を早めに確認しましょう。

参考情報

この記事を書いた人

辻 光明

辻 光明

代表税理士

税理士 / 認定経営革新等支援機関

税理士法人 辻総合会計の代表。クリニック開業支援・医療法人設立・クラウド会計導入を得意とし、オンラインでの税務顧問サービスを推進。

ご注意事項

本記事の内容は、公開日時点における一般的な情報提供を目的としており、 特定の個人や法人に対する専門的なアドバイスを構成するものではありません。

税務・会計・法務等に関する具体的なご相談については、 必ず資格を持った専門家にご確認ください。 本記事の情報に基づいて行われた判断や行動により生じた損害について、 当事務所は一切の責任を負いかねます。

記事の内容は法令の改正等により変更される場合があります。 最新の情報については、関係省庁の公式サイト等でご確認ください。

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税務署から連絡が来たら、初動を整理

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通知内容と対象期間を整理
帳簿・証憑・論点を事前確認
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税務署から連絡が来た、調査日が決まった、資料準備が不安な場合に初動から整理します。

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