執筆者：辻 光明
代表税理士
グループ通算の防衛特別法人税｜500万円按分と申告実務
結論：グループ通算では「500万円」は各社で使えず、比率按分で配分されます
防衛特別法人税は、原則として「一定の税額控除を適用しないで計算した法人税の額（基準法人税額）」から年500万円を控除し、残額に4%を掛けて計算します。
ただしグループ通算制度（通算法人）を適用している場合、年500万円の基礎控除はグループ内で共有され、各通算法人に「基準法人税額（または加算前基準法人税額）の比」で按分します。ここを外すと、税額がズレて申告書も整合しません。
本記事では「グループ通算制度 新税」「連結納税 防衛税」「グループ法人 按分」の検索意図に合わせ、500万円按分ルールと申告実務（別表の使い方）を、税理士法人 辻総合会計の実務目線でまとめます。
防衛特別法人税とは（制度の全体像と適用開始）
いつから？誰が対象？
防衛特別法人税は、令和8年4月1日以後に開始する事業年度から、各事業年度所得に対する法人税が課される法人に申告義務が生じます。
また、通算子法人は「その法人の事業年度」ではなく、通算親法人の事業年度が令和8年4月1日以後開始かで課税事業年度該当性を判定する点が重要です（親の事業年度の期間内に開始する子の事業年度が対象）。
税率と基本の計算構造（4% ×（基準法人税額－500万円））
防衛特別法人税の骨格はシンプルです。
- 課税標準：原則「基準法人税額－基礎控除額（年500万円）」
- 税率：4%
- 申告期限・納期限：法人税と同じ（原則、事業年度終了後2か月以内）
税額が0でも申告は必要と明記されています。グループ通算では、期中の税額見込が小さくても、申告実務（別葉の提出）を落とさない運用が必要です。
グループ通算制度で何が変わる？（連結納税との違いも含め整理）
「連結納税 防衛税」からの読み替えポイント
旧制度（連結納税）からグループ通算へ移行している企業では、組織や管理会計上は「連結でまとめて管理」していても、税務上は通算法人ごとの計算要素と、通算計算（通算親法人側の集計）が混在します。防衛特別法人税も同様で、次の2点が肝になります。
- 基礎控除額500万円が通算法人間で按分される
- 通算子法人の課税事業年度判定が「親の事業年度基準」になる
比較表：単体法人と通算法人の違い（500万円・申告の考え方）
| 論点 | 単体（通算外） | グループ通算（通算法人） |
|---|---|---|
| 500万円基礎控除 | 各法人が年500万円を控除 | 年500万円をグループ内で比率按分 |
| 按分の基準 | 不要 | 基準法人税額（等）の比で配分 |
| 事業年度判定（子会社） | 自社の事業年度で判定 | 通算親法人の事業年度が基準（一定範囲で連動） |
| 申告書 | 別表一次葉一等の記載 | 別表一付表等で配分・残額計算を整合させる |
| ゼロ申告 | 0でも申告が必要 | 0でも申告が必要（グループで漏れやすい） |
500万円の按分ルール（グループ法人 按分）の実務ポイント
ルール：500万円は「基準法人税額（等）の比」で配分
国税庁資料では、通算法人の場合の基礎控除額について、「500万円を各通算法人の基準法人税額又は加算前基準法人税額の比で配分した金額」とされています。
つまり、グループ内の各社で「とりあえず500万円控除」してはいけません。配分が前提です。
期が1年未満なら月割り（端数切上げ）
課税事業年度が1年に満たない場合、基礎控除額は「500万円×月数/12」で計算します（1月未満端数は切上げ）。この月割り後の金額を、通算法人間でさらに比率按分するイメージで管理すると事故が減ります。
留保金課税がある場合：基礎控除残額の配分にも注意
特定同族会社の留保金課税が絡む場合、加算前基準法人税額から基礎控除を控除しきれないケースがあり、「基礎控除残額」が発生します。
通算法人の場合、この基礎控除残額も、各通算法人の「基準法人税加算額の比」で配分する建付けです。グループ通算では、基礎控除の配分だけでなく「残額配分」まで整合させる必要があります。
中小企業の税務・経営相談
創業から成長期まで、企業のフェーズに合わせた税務・経営サポートを提供しています。
平日 9:15〜18:15（土日祝休業）
申告実務：計算から別表記載までの手順（グループ通算）
ここでは、決算確定〜申告書作成の流れを、グループ通算の現場で迷いがちな順序に合わせて整理します。
Step 1: 対象事業年度の判定（親・子の連動を確認）
- 通算親法人：事業年度開始日が令和8年4月1日以後か
- 通算子法人：親の事業年度期間内に開始する自社事業年度が課税事業年度に当たるか
この判定がズレると、申告の要否・別表作成範囲がズレます。
Step 2: 各通算法人の「基準法人税額（等）」を確定
防衛特別法人税の基礎となる「基準法人税額」は、税額控除の適用前等の要素を含むため、通常の法人税計算（別表）との突合が必要です。
ここで重要なのは、「グループ通算の所得通算」ではなく「法人税額（基準法人税額）の比」で按分する点です。利益規模の比ではありません。
Step 3: 500万円基礎控除の按分（必要なら月割り→按分）
- 期が12か月：500万円を各社の基準法人税額（等）の比で配分
- 期が12か月未満：月割りした基礎控除額を前提に比率按分
配分後の各社控除額は、申告書の別表（通算法人の基礎控除額等を計算する付表）と一致する必要があります。
Step 4: 課税標準法人税額→防衛特別法人税額（4%）を計算
- 課税標準法人税額＝（基準法人税額等）－（配分された基礎控除額）
- 防衛特別法人税額＝課税標準法人税額×4%
留保金課税がある場合は、加算前基準法人税額・基準法人税加算額・基礎控除残額のロジックも含めて計算します。
Step 5: 申告書様式（別表）への転記・別葉添付の確認
国税庁が公表している様式では、防衛特別法人税に関する記載が「別表一次葉一」等に置かれる構成です。
別表一・別表一の二が別葉になるため、電子申告・紙申告いずれも提出物チェックが重要です。
Step 6: ゼロ申告でも「0」を記載して提出
欠損等で基準法人税額が0、または基礎控除の控除により課税標準が0でも、確定申告書の提出が必要です。該当欄に「0」と記載して提出する運用をルール化してください。
よくある質問
Q: グループ通算だと、各社がそれぞれ500万円控除できるのですか？
Q: 赤字で防衛特別法人税が0円になりそうですが、申告は不要ですか？
Q: 通算子法人の「いつから対象か」は子会社の年度開始日で判断しますか？
まとめ
- 防衛特別法人税は令和8年4月1日以後開始事業年度から適用、税率は4%
- 課税標準は原則「基準法人税額－基礎控除額（年500万円）」
- グループ通算では500万円は各社で使えず、基準法人税額（等）の比で按分
- 留保金課税がある場合は基礎控除残額の配分まで整合が必要
- 税額が0でも申告が必要、別表一等の「別葉」提出漏れに注意
参照ソース
- 国税庁「防衛特別法人税が創設されました」: https://www.nta.go.jp/publication/pamph/pdf/0025004-109_1.pdf
- 国税庁「防衛特別法人税の申告書様式」: https://www.nta.go.jp/publication/pamph/pdf/0025004-109_2.pdf
- 財務省「令和7年度税制改正の大綱」: https://www.mof.go.jp/tax_policy/tax_reform/outline/fy2025/07taikou_06.htm
この記事を書いた人
辻 光明
代表税理士
税理士 / 認定経営革新等支援機関
税理士法人 辻総合会計の代表。クリニック開業支援・医療法人設立・クラウド会計導入を得意とし、オンラインでの税務顧問サービスを推進。
ご注意事項
本記事の内容は、公開日時点における一般的な情報提供を目的としており、 特定の個人や法人に対する専門的なアドバイスを構成するものではありません。
税務・会計・法務等に関する具体的なご相談については、 必ず資格を持った専門家にご確認ください。 本記事の情報に基づいて行われた判断や行動により生じた損害について、 当事務所は一切の責任を負いかねます。
記事の内容は法令の改正等により変更される場合があります。 最新の情報については、関係省庁の公式サイト等でご確認ください。