freeeとマネーフォワード比較｜どっちを選ぶ？税理士が解説

結論：freeeとマネーフォワードは「運用思想」が違います

freee会計とマネーフォワード クラウド会計の結論は、「経理をどこまで“仕組み化”していくか」で向き不向きが分かれる、という点です。freeeは取引の入口から帳簿までを一気通貫で整える設計が強く、マネーフォワードは既存の経理実務（仕訳・請求・経費・給与など）をモジュール的に整備していく発想が得意です。

特に悩みやすいのは、「担当者が少ないのに、請求・経費・給与・決算まで回さなければならない」小規模法人や、院長（経営者）と事務長（経理）が分担するクリニックなどです。どちらを選んでも会計は作れますが、運用ルールの作り方で、月次の早さとミスの出方が変わります。

当法人（税理士法人 辻総合会計）でも、クラウド会計の導入相談で多いのは「ソフト選び」よりも「誰が・いつ・どこまで入力し、どこでチェックするか」という設計です。本記事では、機能差の前に“選定の軸”が固まるように比較します。

freee会計とは：取引ベースで経理を整えるタイプ

freeeの強み

freeeは、銀行・クレカ明細や請求書などの取引情報から記帳につなげる流れが作りやすく、自動仕訳と運用ルールの標準化に強みがあります。経理経験が浅い担当者がいても、取引→処理→承認→記帳の型を作れば、属人化を抑えやすい点が評価されやすいです。

また、プランによって権限設計・ワークフロー・レポート機能が拡張されるため、「最初は小さく、運用が固まったら統制を強める」導入にも向きます。経費精算や請求書など周辺業務も同一基盤で回すと、入力の重複が減ります。

freeeの注意点（合わないパターン）

一方で、freeeの“取引中心”の考え方に合わせて運用を作らないと、現場が混乱することがあります。たとえば「仕訳の入力手順を厳密に決めたい」「補助科目や部門管理の粒度を強く意識している」場合、初期の設計（科目・タグ・権限・承認）を丁寧にしないと、後から集計が崩れやすくなります。

また、プランによっては従量課金（例：経費精算の申請人数、書類送付件数など）が発生するため、料金比較は“月額だけ”で判断しないことが重要です。

マネーフォワード クラウド会計とは：実務モジュールを積み上げるタイプ

マネーフォワードの強み

マネーフォワードは、会計に加えて請求書・経費・給与・勤怠などを横並びで整備しやすく、「今ある業務フローを大きく変えずにクラウド化する」導入と相性が良い傾向があります。経理担当者が“従来型の実務”に慣れている場合でも、段階的に置き換えがしやすいのが利点です。

また、2025年6月1日の料金体系改定で、1名利用を想定した「ひとり法人」プランが明確化され、最小構成で始めたい事業者にも選択肢が見えやすくなりました（仕訳件数等の上限がある点は要確認）。

マネーフォワードの注意点（合わないパターン）

モジュールが豊富な分、「何をどこまで使うか」を決めないと運用が散らかりやすい点に注意が必要です。たとえば請求書・経費・給与を連携させる前提で導入するのに、実際は一部だけ使って入力が二重化してしまう、といった失敗が起きます。

また、内部統制や承認プロセスを強めたい場合は、ワークフローや権限設計を最初から想定してプランと運用を合わせる必要があります。

freee vs マネーフォワード：比較表で整理（料金・機能・向き）

以下は、選定で論点になりやすい項目を“運用目線”で並べた比較です。最終判断は、必ず無料トライアルで「月次の締め」まで通して確認してください。

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どっちを選ぶべき？失敗しない選び方（手順付き）

クラウド会計選定で最も多い失敗は、「機能で選んだが、運用が回らない」ことです。以下の手順で、選定を“業務設計”に落としてください。

Step 1: 目的を1行に落とす

例：月次を翌月10日までに締めたい、経費精算を申請制にしたい、請求から入金消込までを一元化したい、など。目的が曖昧だと、どちらを選んでも不満が出ます。

Step 2: 業務フローを棚卸しする

「請求書は誰が作るか」「入金消込は誰がするか」「経費は誰が申請し誰が承認するか」「給与は外部委託か内製か」を書き出します。ここで初めて、freee型（取引中心）か、マネーフォワード型（実務モジュール中心）かの相性が見えます。

Step 3: 3か月分だけ“疑似運用”する

無料トライアルやデモ環境で、3か月分の取引を入れて「月次試算表が出るまで」を実施します。特に、科目設計・部門・タグ・摘要ルールを固めると、以後の月次決算が安定します。

Step 4: 税理士（または上長）のチェックポイントを決める

チェックは「仕訳の正しさ」だけでなく、「証憑の保存」「インボイス区分」「消費税区分」「電子取引の保存要件」まで含めます。入力担当とレビュー担当の責任境界が曖昧だと、クラウド化してもミスは減りません。

導入・乗り換えの注意点：法令対応とデータ移行でつまずかない

クラウド会計は、会計ソフト単体では完結しません。特に、インボイスや電子取引の保存要件は、経理の運用ルールとセットで設計する必要があります。

乗り換え時に多いリスク

• 科目体系を移したが、補助科目・部門（タグ）が再現できず比較が崩れる
• 請求書・入金消込の運用が二重化し、担当者の作業が増える
• 経費精算を導入したが、承認ルールが曖昧で差戻しが増える
• 仕訳は正しいが、証憑保存（スキャナ保存・電子取引）の要件を満たせていない

実務上は、「会計データ移行」より「運用移行」の方が難易度が高い傾向があります。導入初期は、入力ルールの例外（立替・仮払・前払・未払・源泉など）を先に決めておくと安定します。

よくある質問

まとめ

• freeeは「取引起点で経理を型化」しやすく、属人化を減らしたい組織に向く
• マネーフォワードは「実務モジュールを積み上げ」やすく、既存フローを活かしたい組織に向く
• 料金比較は月額だけでなく、人数・利用範囲・従量課金や上限の有無で判断する
• 選定は“機能比較”ではなく、“月次が締まる運用設計”まで通して決める
• インボイスと電子帳簿保存法は、会計入力と証憑保存を一体で設計する

参照ソース

• 国税庁「電子帳簿等保存制度特設サイト」: https://www.nta.go.jp/law/joho-zeikaishaku/sonota/jirei/tokusetsu/index.htm
• 国税庁「適格請求書等保存方式（インボイス制度）の手引き」: https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/zeimokubetsu/shohi/keigenzeiritsu/invoice_tebiki.htm
• 国税庁「ご利用の流れ（e-Tax）」: https://www.e-tax.nta.go.jp/start/index.htm