執筆者：辻 光明
代表税理士
免税事業者インボイス2026｜経過措置50%を税理士が解説
結論：2026年10月から「免税のまま」は交渉が厳しくなる
免税事業者のままでいること自体は可能です。ただし、取引先（課税事業者）があなたからの仕入れで控除できる消費税が、2026年10月1日以降は「仕入税額相当額の50%」に縮小します（それまでは80%）。結果として「以前より損をする分を価格に反映してほしい」という交渉が増えやすくなります。
誰にとって何が問題かを一言でいうと、BtoBで課税事業者相手に売っている免税事業者ほど、「取引先の控除減＝実質コスト増」を理由に価格・継続可否の交渉が起きやすい点が問題です。
免税事業者がインボイス登録しないと何が起きるか
免税事業者はインボイス（適格請求書）を交付できない
インボイス制度では、仕入税額控除の原則要件として「帳簿＋適格請求書等の保存」が求められます。免税事業者は登録していない限り、適格請求書を交付できません。
取引先は「経過措置」で一部だけ控除できる
免税事業者等からの課税仕入れでも、一定期間は例外的に控除を認める経過措置があります。ポイントは控除率の段階的縮小です。
- 2023年10月1日〜2026年9月30日：仕入税額相当額の80%
- 2026年10月1日〜2029年9月30日：仕入税額相当額の50%
つまり、2026年10月からは同じ取引でも、取引先の控除額がさらに減り、交渉材料になりやすくなります。
経過措置50%とは：取引先の負担増を数字で理解する
取引先（課税事業者）が、免税事業者に税込11,000円（税抜10,000円＋消費税1,000円相当）支払うケースをイメージします。
- 80%控除なら：控除できるのは 1,000円×80%＝800円
- 50%控除なら：控除できるのは 1,000円×50%＝500円
差は300円。取引先から見ると「同じ取引でも、2026年10月以降は実質300円コスト増」となり、これが値下げ要求や取引条件変更の根拠になりがちです。
免税事業者はどうする？判断の軸は「売上先」と「粗利構造」
結論として、免税維持が向くケースと、登録が向くケースははっきり分かれます。
免税のままが比較的成り立つケース
- 売上先が一般消費者（BtoC）中心（相手が仕入税額控除を使わない）
- 取引先が免税・簡易課税中心で、インボイス要請が弱い
- 価格決定力が強く、値下げに応じない運用ができる
- 値付けが「税込総額」で、取引先が税額相当を意識しにくい商流
登録（課税事業者化）を検討すべきケース
- 売上先が課税事業者（BtoB）中心で、指名・継続の条件に登録が入り始めている
- 2026年10月以降の値下げ要求を飲むと粗利が崩れる
- 仕入・外注が多く、本則課税なら仕入税額控除の効果が大きい
- 大口先が「登録しないなら取引見直し」と明示している
「登録する／しない」の比較表（2026年10月以降の実務目線）
| 観点 | 免税のまま（登録しない） | 登録する（課税事業者） |
|---|---|---|
| 請求書 | 適格請求書は出せない | 適格請求書を交付できる |
| 取引先の控除 | 経過措置：50%（〜2029/9/30） | 原則どおり控除可（要件充足で） |
| 価格交渉 | 「控除減」を理由に交渉されやすい | 交渉材料が減りやすい |
| 自社の消費税 | 原則納税なし | 申告・納税が必要 |
| 事務負担 | 比較的軽い | 会計処理・申告の負担増 |
| 損得のカギ | 価格転嫁できるか | 仕入控除・簡易課税・特例の選択 |
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実務で迷わないための判断ステップ（免税事業者 どうする）
Step 1: 売上先を棚卸しする（BtoB比率）
売上のうち「課税事業者向け」が何%か、上位5社の方針（登録要請の有無）を確認します。2026年10月以降は、要請が強まる先が出やすいです。
Step 2: 値下げ圧力を試算する（50%控除の差額）
主要取引ごとに「税額相当×（80%-50%）＝税額相当×30%」を目安に、取引先の実質負担増を概算し、値下げ要求余地を把握します。
Step 3: 登録した場合の納税額を2パターンで試算する
- 本則課税（仕入税額控除を反映）
- 簡易課税（みなし仕入率で計算）
売上構成・仕入構造によって逆転します。会計ソフトの試算機能や税理士の簡易シミュレーションで早めに当たりを付けます。
Step 4: 期限と運用を決める（社内ルール化）
いつまで免税で粘るのか、どの条件（大口先の要請、粗利低下、取引減少）で登録に切り替えるのかを、あらかじめルール化します。
現場のよくある相談（匿名ケース）
制作業のAさん（免税、売上の9割が法人向け）は、2025年時点では「登録しない」方針でした。しかし、上位2社から「2026年10月以降は控除50%になるので、単価見直しの相談をしたい」と予告を受けました。
Aさんは、(1)値下げに応じる場合の粗利、(2)登録して本則・簡易課税で納税した場合の手残り、(3)請求書運用の追加コストを並べ、最終的に「単価維持が条件なら登録、単価が下がるなら取引先入替も視野」という方針に整理。結果、主要先とは条件を維持しつつ登録、その他は価格改定を実施して収益性を守りました。
よくある質問
Q: 免税事業者はインボイス登録しないと取引できなくなりますか？
Q: 経過措置50%はいつまで続きますか？
Q: 2026年10月から登録しても、2割特例は使えますか？
Q: 免税のままでも、請求書や領収書の書き方は変える必要がありますか？
まとめ
- 免税事業者のままでいることは可能だが、2026年10月1日から経過措置が50%となりBtoBは交渉が増えやすい
- 影響の本質は「取引先の控除減＝実質コスト増」で、値下げ要求・契約見直しの材料になりやすい
- 判断は「売上先（BtoB比率）」「粗利構造（仕入・外注の多寡）」でほぼ決まる
- 登録する場合は、本則課税・簡易課税の試算で手残りを比較し、運用コストも織り込む
- 2割特例は2026年9月30日までの課税期間が対象のため、2026年10月以降は別の設計が必要
参照ソース
- 国税庁「適格請求書等保存方式（インボイス制度）」: https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shohi/6498.htm
- 国税庁「インボイス制度とは」: https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/zeimokubetsu/shohi/keigenzeiritsu/invoice_kojin_01.htm
- 国税庁「インボイス制度に関するQ＆A（免税事業者等からの仕入れに係る経過措置）」: https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/zeimokubetsu/shohi/keigenzeiritsu/pdf/qa/113.pdf
- 国税庁「２割特例（インボイス発行事業者となる小規模事業者に対する負担軽減措置）の概要」: https://www.nta.go.jp/publication/pamph/shohi/kaisei/202304/01.htm
この記事を書いた人
辻 光明
代表税理士
税理士 / 認定経営革新等支援機関
税理士法人 辻総合会計の代表。クリニック開業支援・医療法人設立・クラウド会計導入を得意とし、オンラインでの税務顧問サービスを推進。
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