執筆者：辻 光明
代表税理士
ストックオプション税制2026年｜信託型SOの取扱いと改正点を税理士が解説
2026年の結論：SOは「種類」と「時点」で税負担が激変します
スタートアップのストックオプション（SO）は、同じ「株式インセンティブ」でも、税制適格ストックオプションか、非適格か、そして信託型ストックオプションかで、課税タイミングと税率が大きく変わります。特に信託型SOは、国税庁が公表したQ&A等により、実務上は「譲渡所得（分離課税）で整理できる」という理解が通用しにくくなり、給与所得課税・源泉徴収対応が中心論点になっています。
税理士法人 辻総合会計では、スタートアップ・オーナー企業の報酬設計、株式報酬、M&A・IPO前の税務論点を含めて支援してきました。現場感としては「契約書と運用の小さな差」で、会社側の源泉・納付負担や、個人の納税資金繰りが一気に苦しくなるケースが目立ちます。
ストックオプションの基本：SO税金（課税類型）を最短で整理
そもそもSOとは（スタートアップ ストックオプションの位置づけ）
SOは、一定の条件で自社株をあらかじめ定めた価格で取得できる権利（新株予約権）です。一般的な狙いは「将来の株価上昇分を報酬として渡す」ことですが、税務上はいつ・何所得で課税されるかが設計の核心です。
2026年時点の3分類（実務でまずここを切り分けます）
- 税制適格ストックオプション（一定要件を満たす無償SO）
- 非適格SO（要件を満たさない無償SOなど）
- 信託型ストックオプション（信託スキームを介するもの。過去の実務慣行と当局見解のズレが論点）
税制適格SOと非適格SOの違い（比較表）
SOの税金は、「行使時に給与課税が来るか」「売却時に譲渡所得課税になるか」が最重要です。
| 項目 | 税制適格SO | 非適格SO | 信託型SO（近年の実務上の整理） |
|---|---|---|---|
| 付与時 | 原則課税なし | 原則課税なし（ケースにより論点） | スキームにより異なるが、信託・受益者指定が重要論点 |
| 行使時 | 原則課税なし（要件充足が前提） | 原則、給与課税（総合課税） | 原則、給与課税（総合課税）として整理されやすい |
| 売却時 | 譲渡所得（分離課税が基本） | 譲渡所得（ただし行使時課税が別途） | 譲渡所得（ただし行使時等で給与課税が別途） |
| 会社の源泉徴収 | 通常は不要（制度要件の運用管理は必要） | 行使時の源泉徴収が問題になり得る | 源泉徴収・納付実務が焦点になりやすい |
| 典型的なリスク | 要件逸脱で非適格扱い | 納税資金不足、税率上振れ | 過年度行使分の整理、課税時期・源泉の負担 |
信託型SO 税制：何が「最新の争点」なのか（2026年版）
争点1：信託型SOは「譲渡所得で完結」しにくい
国税庁の公表資料（ストックオプション課税Q&A等）を踏まえると、信託型SOの経済的利益は「労務の対価」と整理されやすく、行使等の局面で給与所得課税が問題になります。結果として、会社側の源泉徴収・納付が実務の中心テーマになります。
争点2：2025年改正（令和7年度）で「課税時期」の考え方が一段クリアに
信託スキームの中には、受益者指定前に受託者が新株予約権を行使し、受益者へ株式を交付することで課税を繰り延べる発想がありました。しかし、令和7年度税制改正では、信託の枠組みを利用した株式交付スキームについて、受益者として指定された時点等を基準に課税関係を整理する方向で明確化が進みました。
ここで重要なのは、「権利行使（株式取得）」だけではなく、受益者指定や信託の性格変化（法人課税信託の取扱いの変化）が、課税関係のトリガーになり得る点です。契約上の指定の瞬間が、税務上の課税の瞬間になりうるため、設計段階で条項を精査する必要があります。
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SO 税金でつまずくポイント：納税資金と源泉実務（スタートアップの現場）
行使時課税が出ると「納税資金が株式より先に必要」になる
税制適格SO以外では、行使時の株価と行使価額等との差が給与課税になる整理が典型です。未上場株は換金しにくい一方で、税金は現金で納付が必要です。
会社側の実務：源泉徴収・納付・年末調整の論点
信託型SOや非適格SOで行使時給与課税となる整理の場合、会社側の源泉徴収・納付、支払調書等の実務が問題になり得ます。スタートアップでは、資金繰りの都合上「源泉を会社が立替できない」ケースもあり、役職員側の手当（分割行使、行使タイミングの分散、退職前後の整理など）が必要になります。
2026年にやるべきチェック手順（SO税金の実務フロー）
Step 1: まず「税制適格にできるか」を判定する
- 付与対象者、付与条件、権利行使期間、譲渡制限、付与数・行使価額の設計が、要件と噛み合うかを確認します。
- 既に付与済みの場合は、要件逸脱（形式不備、期間、管理方法）を点検します。
Step 2: 信託型SOは「課税時点の条項」を精査する
- 受益者指定の方法（誰が、いつ、どの裁量で指定できるか）
- 受託者が行使・保有・交付する流れ
- 信託の課税関係（法人課税信託の該当性の整理）
- 過年度に行使がある場合の源泉・納付の整理
Step 3: 納税資金と出口（IPO/M&A）を前提に「行使計画」を作る
- 分割行使で税率・資金繰りを平準化できるか
- 流動性イベント（IPO・M&A・自己株買い）との整合
- 退職・異動・海外転勤など、居住地変更イベントの影響
よくある質問
Q: 2026年時点で、信託型SOはもう使えないのですか？
Q: 税制適格SOにすると、必ず行使時課税がゼロになりますか？
Q: SOの税金は会社が全部負担（立替）した方が良いですか？
まとめ
- ストックオプション税制2026年の核心は「SOの種類」と「課税される時点」の切り分け
- 税制適格SOは要件充足で行使時課税を回避しやすいが、運用管理が重要
- 信託型SOは給与課税・源泉実務が中心論点になりやすく、契約条項（受益者指定等）の精査が必須
- 未上場の行使時課税は納税資金が最大のボトルネックになりやすい
- 設計は税務だけでなく、会社法・会計・登記・IPO/M&Aの出口まで一体で検討する
参照ソース
- 国税庁「ストックオプションに対する課税（Q＆A）（情報）」: https://www.nta.go.jp/law/joho-zeikaishaku/shotoku/shinkoku/230428/index.htm
- 国税庁「法人課税信託において受益者等が存することとなった場合の取扱い（質疑）」: https://www.nta.go.jp/law/shitsugi/hojin/26/07.htm
- 内閣官房（会議資料）「信託型ストックオプションの課税上の取扱いについて」: https://www.cas.go.jp/jp/seisaku/atarashii_sihonsyugi/kaigi/dai19/shiryou12.pdf
- 財務省「令和8年度税制改正の大綱（目次）」: https://www.mof.go.jp/tax_policy/tax_reform/outline/fy2026/08taikou_mokuji.html
この記事を書いた人
辻 光明
代表税理士
税理士 / 認定経営革新等支援機関
税理士法人 辻総合会計の代表。クリニック開業支援・医療法人設立・クラウド会計導入を得意とし、オンラインでの税務顧問サービスを推進。
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