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クリニック向けコラム
作成日:2026.04.06
辻 勝

執筆者:辻 勝

会長税理士

クリニックのテナント契約|保証金・賃料の注意点を解説

12分で読めます
クリニックのテナント契約|保証金・賃料の注意点を解説

クリニック開業でテナント契約が重要な理由

クリニックのテナント契約とは、単なる物件の賃貸借ではなく、開業後の診療継続を左右する経営契約です。開業医にとっての問題は、内装や医療機器に多額の投資をした後に、賃料改定や退去条件、使用制限で経営が不安定になることです。とくに医療テナントは、一般の事務所契約と違って、診療所開設や保険医療機関指定の実務ともつながるため、契約前の確認が欠かせません。

当法人でも、開業相談の初期段階で「物件は気に入っているが、契約書をよく読むと不利な特約が多い」というケースが少なくありません。よくあるのは、保証金の返還条件が曖昧、原状回復の範囲が広すぎる、解約できても違約金が重い、という3点です。物件選びの段階で賃料だけを見るのではなく、契約全体を資金計画・税務・開設実務の3方向から見ることが重要です。

ここがポイント
診療所を賃借物件で開設する場合、保険医療機関の指定申請では、建物や土地を所有していないケースで賃貸借契約書の写しが必要とされる取扱いがあります。契約書は「借りるため」だけでなく、「開設・指定を進めるための基礎資料」と考えるべきです。

クリニックの賃貸借契約とは?一般テナントとの違い

医療テナントは「長期かつ確実」な契約が前提

医療機関は、開業後すぐに移転できる事業ではありません。厚生労働省の通知でも、医療法人が第三者から土地・建物を賃借する場合には、契約が確実で、相当期間にわたり業務継続に支障を来さないことが重要とされています。さらに、医療機関向け不動産の取扱いでも、契約期間は医業経営の継続性の観点から長期かつ確実であること、賃借料は収入連動型でないこと、近隣相場と比べて著しく高額でないことが示されています。

このため、クリニックのテナント契約では、次の視点が必須です。

  • 契約期間が短すぎないか
  • 更新条件が不安定でないか
  • オーナー都合で解除されやすくないか
  • 医療用途が明確に許容されているか
  • 看板、給排水、レントゲン、空調増設などが可能か

収入歩合賃料は避けた方がよい

医療機関の賃借料について、厚生労働省関連資料では、医療機関の収入の一定割合を賃料とする形は適切でないと整理されています。つまり、売上歩合型の家賃や、「売上が増えたら自動的に賃料上昇」といった条項は、医療機関の安定経営と相性がよくありません。

開業直後は患者数の見通しが読みにくいため、固定賃料で計画を立てた方が資金繰り管理はしやすくなります。医療モールであっても、共益費・看板料・駐車場利用料を含めた実質負担額で比較することが必要です。

テナント保証金相場と賃料の見方

保証金相場は全国一律ではない

「テナント保証金相場はいくらですか」と聞かれることは多いのですが、公的に定まった全国一律の相場はありません。保証金は、地域、ビルの築年数、駅前立地、医療モールか単独物件か、スケルトンか居抜きか、オーナーの方針によって大きく変わります。

そのため、実務では「何か月分が相場か」だけで判断せず、次の3点で見ます。

  • 返還される金額が契約書上明確か
  • 償却や解約引きがどの程度あるか
  • 保証金を長期間寝かせても資金繰りに耐えられるか

税理士の立場からは、開業時の保証金は内装工事費や医療機器購入費と並ぶ大きな初期資金です。自己資金を厚めに持っているつもりでも、保証金が重いと運転資金が不足しやすくなります。開業後3〜6か月の赤字耐性まで見込んで、手元資金を残せる契約かを確認してください。

賃料は「月額」ではなく総負担額で見る

医療テナントの比較では、表面上の月額賃料だけで判断すると失敗しやすくなります。見るべきなのは、毎月の固定費総額です。

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項目確認ポイント見落としやすい点
月額賃料坪単価、税込・税抜、改定条項表示賃料だけで判断しやすい
共益費・管理費清掃、警備、エレベーター、共用部負担別建てで高額なことがある
保証金返還条件、償却、充当の可否退去時に戻らない部分がある
看板料・駐車場別契約か一体契約か開業後に追加負担になりやすい
原状回復費スケルトン返しの要否数百万円単位になることがある

賃料の消費税も資金計画に入れる

国税庁の取扱いでは、事務所など事業用建物の家賃は消費税の課税対象です。返還されない保証金・権利金・更新料なども、事業用建物の契約では課税対象になる一方、契約終了時に返還される保証金や敷金は対価に当たらず課税対象ではありません。

この違いは、契約時の見積りに直結します。たとえば「保証金」と書いてあっても、その一部が償却されるなら、実質的には返還されない部分があり、税務処理の見方も変わります。契約書の用語だけでなく、返還されるのか、償却されるのか、更新時に追加負担があるのかまで確認してください。

医療テナント注意点|特約で必ず見るべき項目

原状回復特約は最重要

クリニックの原状回復は、一般事務所より重くなる傾向があります。給排水、個室工事、レントゲン防護、電気容量増設、看板工事など、医療用途に特有の造作が多いためです。契約書で「スケルトン返し」とだけ書かれていると、想定以上の撤去費用が発生することがあります。

確認すべきポイントは次のとおりです。

  • どこまで撤去義務があるか
  • オーナー承諾済み設備を残置できるか
  • 後継テナントが使う設備を引き継げるか
  • 看板、配管、空調、電源の扱いはどうなるか

当法人でも、退去時に想定より数百万円多くかかった事例があります。契約前に工事業者と一緒に条項を確認し、退去時の撤去範囲をできるだけ文章で限定しておくことが有効です。

中途解約・違約金・更新拒絶リスク

医療テナントでは、患者が定着する前に撤退することは望ましくありませんが、経営悪化や医師の事情で閉院・移転が必要になる場合はあります。その際、中途解約条項が厳しすぎると、撤退コストが過大になります。

確認したいのは、次の点です。

  • 解約予告期間は何か月前か
  • 違約金は賃料何か月分か
  • 保証金と相殺できるか
  • 更新拒絶や建替え予定の記載がないか
  • 定期建物賃貸借か普通建物賃貸借か

国土交通省の標準契約書でも、賃料は事情変更により増減請求の対象になり得ることが示されています。契約で「将来一切改定しない」と書いてあっても、法的には事情変更の議論が出る余地があります。だからこそ、改定ルール、協議方法、近隣比較の考え方を明確にしておくことが重要です。

使用制限・競業避止・診療科目制限

医療モールでは、診療科目の重複を避けるために競業避止条項が入ることがあります。これは一定の合理性がありますが、将来の診療内容拡張まで制限されると、経営の柔軟性が失われます。たとえば、一般内科で開業した後に健診、自費診療、訪問診療を広げたい場合、契約で制限される可能性があります。

また、次のような設備・運用面の特約も見落としがちです。

  • 診療時間の制限
  • 土日診療や夜間診療の制限
  • 看板掲出の位置・サイズ制限
  • 医療廃棄物や薬品保管の制限
  • レントゲン設置や防音工事の制限

これらは開業後に変更しにくいため、契約前に確認しておくべきです。

ここがポイント
契約書に「医療用途可」とだけ書かれていても十分ではありません。診療科目、内装工事、看板、営業時間、設備増設まで実際に可能かを、別紙や承諾書で残しておくと紛争予防に役立ちます。
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クリニック開業で契約前に行うべき確認手順

Step 1: 契約形態と期間を確認する

まず、普通建物賃貸借か定期建物賃貸借かを確認します。定期建物賃貸借は期間満了で終了する前提のため、更新期待が持ちにくい契約です。医療機関は長期継続が前提なので、期間満了後の再契約条件まで確認してください。

Step 2: 保証金・償却・返還条件を整理する

「保証金」「敷金」「権利金」「礼金」「更新料」と名称が複数ある場合、返還されるものと返還されないものを表にして整理します。返還されない部分は実質的な初期コストです。開業時の資金繰りでは、この区分が非常に重要です。

Step 3: 工事と原状回復の範囲を確認する

内装業者や設計事務所に契約書を見せ、工事承諾が必要な範囲、躯体への変更可否、退去時の撤去範囲を事前に確認します。医療機器の重量、給排水、電気容量、空調、X線関連工事は、一般店舗より制約が多くなります。

Step 4: 開設・保険指定に必要な書類を確認する

厚生局の案内では、建物や土地が自己所有でない場合、保険医療機関指定申請に賃貸借契約書の写しが必要となる取扱いがあります。契約締結後に写しをすぐ提出できるよう、署名押印済みの最終版を必ず保管してください。

Step 5: 賃料改定と解約条項を交渉する

賃料改定時期、改定の考慮要素、協議方法、中途解約時の違約金上限は、契約前なら交渉余地があります。開業後は立場が弱くなるため、借主に不利な条項ほど締結前に調整すべきです。

税理士から見た契約判断のポイント

資金計画は「開業時」より「開業後」で考える

開業時は、融資実行や自己資金があるため、契約金を払えてしまうことがあります。しかし重要なのは、開業後の固定費耐性です。賃料・共益費・リース料・人件費・広告費が重なると、想定より早く資金が減ります。保証金が厚く、返還条件も厳しい契約は、数字以上に経営の自由度を奪います。

判断の目安としては、次の観点が有効です。

  • 開業後6か月程度の赤字を想定しても資金が持つか
  • 賃料総額が診療計画に対して過大でないか
  • 解約・移転時の撤退費用を見込めるか
  • 契約条件が将来の承継や法人化の妨げにならないか

個人開業でも将来の法人化を見据える

個人診療所で始める場合でも、将来の医療法人化や承継を考えるなら、賃貸借契約の名義変更や再契約条件を確認しておく価値があります。医療法人に移行するとき、賃貸人の承諾が必要になると手続きが遅れることがあります。契約書に譲渡禁止や名義変更制限がある場合は、早めに確認しておきましょう。

よくある質問

Q: クリニックのテナント保証金相場は何か月分ですか? ▼
全国共通の公的相場はありません。地域、立地、ビルのグレード、医療モールかどうか、スケルトンか居抜きかで大きく異なります。実務では「何か月分か」だけでなく、返還条件、償却の有無、解約時の精算まで含めて判断することが重要です。
Q: 事業用テナントの賃料や保証金に消費税はかかりますか? ▼
国税庁の取扱いでは、事業用建物の家賃は消費税の課税対象です。また、返還されない保証金・権利金・更新料などは課税対象になり得ます。一方、契約終了時に返還される保証金や敷金は対価に当たらず、課税対象ではありません。
Q: 開業前に賃貸借契約書が必要になる場面はありますか? ▼
はい。厚生局の案内では、保険医療機関指定申請において、土地や建物を所有していない場合、賃貸借契約書の写しが必要とされています。開設や指定のスケジュールに合わせて、締結時期を逆算しておく必要があります。
Q: 医療モールの特約はそのまま受け入れてよいですか? ▼
そのまま署名するのは避けた方が安全です。競業避止、営業時間、看板、原状回復、解約違約金などは、将来の経営に影響します。個別の事情により妥当性は異なるため、契約前に税理士・弁護士・設計業者で確認するのが実務的です。

まとめ

  • クリニックのテナント契約は、物件契約ではなく診療継続を左右する経営契約である
  • 保証金相場に全国一律の基準はなく、返還条件・償却・撤退コストまで確認すべきである
  • 事業用建物の賃料は消費税課税、返還されない保証金等も課税対象になり得る
  • 医療機関の賃貸借では、長期かつ確実な契約、収入歩合でない賃料設定が重要である
  • 保険医療機関指定申請では賃貸借契約書の写しが必要となる場面があり、契約実務と開設実務は切り離せない

参照ソース

  • 国税庁「No.6225 地代、家賃や権利金、敷金など」: https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shohi/6225.htm
  • 国土交通省「特定賃貸借標準契約書」: https://www.mlit.go.jp/tochi_fudousan_kensetsugyo/const/content/001403658.pdf
  • 厚生労働省「医療法人設立に関する疑義について」: https://www.mhlw.go.jp/web/t_doc?dataId=00ta6279&dataType=1&pageNo=1
  • 九州厚生局「保険医療機関・保険薬局指定申請書の添付書類」: https://kouseikyoku.mhlw.go.jp/kyushu/shinsei/shido_kansa/hoken_shitei/04_tenpu/01.html

この記事を書いた人

辻 勝

辻 勝

会長税理士

税理士 / 行政書士

税理士法人 辻総合会計の会長。40年以上の実務経験を持ち、相続税・事業承継を専門とする。多くの医療法人・クリニックの顧問を務める。

ご注意事項

本記事の内容は、公開日時点における一般的な情報提供を目的としており、 特定の個人や法人に対する専門的なアドバイスを構成するものではありません。

税務・会計・法務等に関する具体的なご相談については、 必ず資格を持った専門家にご確認ください。 本記事の情報に基づいて行われた判断や行動により生じた損害について、 当事務所は一切の責任を負いかねます。

記事の内容は法令の改正等により変更される場合があります。 最新の情報については、関係省庁の公式サイト等でご確認ください。

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