執筆者：辻 勝
会長税理士
出資持分あり医療法人と持分なし医療法人の違いと承継・税務ポイント
導入：結論（出資持分あり／なしの本質）
出資持分ありの医療法人とは、社員（出資者）が法人財産に対して「持分」を持ち、退社時の払戻しや解散時の残余財産分配を受け得る医療法人（主として平成19年4月1日以前設立の経過措置医療法人）です。
一方、出資持分なし医療法人（持分の定めのない医療法人）は、社員に財産権がなく、残余財産は社員に分配できない仕組みです。
違いは「法律上の所有・分配のルール」であり、承継・相続税・ガバナンス設計に直結します。
そもそも「出資持分」とは何か
出資持分あり医療法人（経過措置医療法人）のイメージ
医療法人の「社員」は株式会社の株主と似た立場ですが、医療法人は剰余金の配当を目的としない点が異なります。
それでも出資持分ありの場合、社員が法人財産に対する持分（持分割合）を持ち、次の局面で金銭的請求権が問題になります。
- 退社（社員の資格喪失）時：定款等に基づき、出資額に応じた払戻しが論点
- 解散時：残余財産が持分割合に応じて社員へ分配され得る
この「将来受け取れる可能性のある価値」が、相続税評価（持分評価）や承継時の対立（誰がどれだけ権利を持つか）を生みます。
出資持分なし医療法人（持分の定めのない医療法人）のイメージ
持分なし医療法人では、社員は議決権等の「法人運営上の地位」を持つ一方、法人財産に対する持分はありません。
退社時の払戻しや解散時の分配を前提にしないため、承継を「財産の取り分」ではなく「運営の引継ぎ」として設計しやすいのが特徴です。
比較で分かる：財産・承継・運営の違い
最も重要な違いを、実務で揉めやすい観点に絞って整理します。
| 項目 | 出資持分あり医療法人 | 出資持分なし医療法人 |
|---|---|---|
| 新規設立 | 原則として現在は不可（経過措置が中心） | 原則としてこれが標準 |
| 社員の財産権 | 持分がある（将来の払戻し・分配が論点） | 持分がない（財産権なし） |
| 解散時の残余財産 | 社員へ分配され得る | 社員へ分配不可（定款で帰属先を限定） |
| 相続・贈与の論点 | 持分評価が相続税の課税対象になりやすい | 原則、持分評価の問題は生じない |
| ガバナンス | 持分割合＝発言力になりやすい | 社員構成・議決設計が中心 |
| 後継者問題 | 「持分の承継」と「院長承継」が絡む | 「院長承継」に集中しやすい |
実務で差が出るポイント1：相続税の重さ
出資持分ありでは、内部留保や不動産を多く保有するほど持分評価が膨らみ、理事長個人の相続税負担が急増し得ます。
特に、家族内承継で「持分は家族が相続するが、運営は後継医師へ」という形になると、権利と経営が分離して紛争リスクが高まります。
実務で差が出るポイント2：資金調達と出口設計
持分なしでは、創業者が出資持分の払戻しで回収する発想が使えません。
そのため、役員報酬・退職金・不動産賃料などの設計が、創業者のライフプランとセットで重要になります。
ここを曖昧にしたまま持分なしへ移行すると、心理的ギャップが生じやすい点に注意が必要です。
税務と承継：認定医療法人制度まで含めて考える
「認定医療法人制度」とは（要点）
出資持分ありの医療法人が持分なしへ移行する際、一定の要件を満たして厚生労働大臣の認定（認定移行計画）を受けると、相続税について納税猶予・免除や税額控除の特例が用意されています。
厚生労働省の案内では、制度期限は令和8年12月31日（2026年12月31日）までとされています。
国税庁の解説ページも、令和7年4月1日現在の法令等として要件・効果を整理しています。
典型的な相談例（匿名ケース）
当法人（税理士法人 辻総合会計）では、医療機関の会計・税務支援を長年行う中で、出資持分の評価高騰と後継者問題が同時に顕在化するケースを多く見てきました。
例えば、先代理事長が持分を実質的に支配し、純資産が増え続けて持分評価が膨らむ一方、後継医師は医療提供体制の維持を最優先したいという場面です。
このとき、家族が「持分＝財産」と捉えて運営に関与し始めると、意思決定が遅れ、採用・設備投資に影響が出ることもあります。
持分なし移行を「節税」だけで捉えるのではなく、理事長退任、役員報酬・退職金、理事構成、資産の法人／個人の切り分けまで含めて一体設計すると、承継の安定性が上がります。
ご相談のご案内
医療法人の出資持分・承継設計に関するお悩みは、医療特化30年の辻総合会計にお気軽にご相談ください。
既存法人が取れる選択肢と、移行の進め方
出資持分ありの医療法人が直面する選択肢は、大きく次の3つです。
- 現状維持（持分ありのまま承継）：持分分散・相続税対策が主戦場
- 持分の集約（後継者や特定者へ）：贈与税・みなし贈与・資金手当が課題
- 持分なしへ移行：認定制度の活用可否、定款変更、持分放棄の手続きが課題
移行検討のステップ（実務の進め方）
Step 1: 現状の棚卸し（税務・法務の両面）
出資者名簿、持分割合、純資産の推移、関連当事者取引（不動産賃貸等）を確認し、持分評価と相続税のボリュームを試算します。
Step 2: 目標像の設計（誰が何を引き継ぐか）
院長職、社員（議決権）、理事構成、退職金規程を整理し、「運営の主導権」と「家族の安心」を両立させる案を作ります。
Step 3: 手続き・スケジュール管理（認定申請〜定款変更）
認定医療法人の申請要件と提出書類を確認し、認定移行計画の期限から逆算して、社員総会決議、持分放棄、定款変更認可、各種報告を進めます。
よくある質問
Q: 出資持分ありの医療法人は、今から新設できますか？
A:
原則として現在は「持分の定めのない医療法人」が前提です。既に存在する出資持分ありは、主として過去の制度下で設立された経過措置医療法人です。Q: 持分なしにすると、理事長（院長）の資産形成が不利になりますか？
A:
持分払戻しという出口がなくなる分、役員報酬・退職金・不動産賃料などで適正に回収する設計が重要です。税務上の適正性（損金算入要件等）も含めて検討します。Q: 認定医療法人制度は、相続税対策として必ず使うべきですか？
A:
使える場合は有力な選択肢ですが、要件・期限・運営面の制約があり、法人の実態や承継方針に合うかを見極める必要があります。制度適用の可否だけでなく、ガバナンス設計とセットで判断します。ご相談のご案内
医療法人の出資持分・承継設計に関するお悩みは、医療特化30年の辻総合会計にお気軽にご相談ください。
まとめ
- 出資持分ありは「社員に財産権がある」ため、相続税評価と承継トラブルの火種になりやすい
- 持分なしは「社員に財産権がない」ため、承継を運営中心に設計しやすい一方、創業者の出口設計が重要
- 既存の持分ありは、現状維持・集約・持分なし移行の3択で、税務とガバナンスを一体で検討する
- 認定医療法人制度は、移行と相続税特例を結び付ける制度で、期限と手続き管理がカギ
- 個別事情で最適解が変わるため、早期の試算と設計が有効
参照ソース
- 厚生労働省「持分の定めのない医療法人への移行計画の認定申請について（認定医療法人制度）」: https://www.mhlw.go.jp/stf/seisakunitsuite/bunya/0000205627.html
- 国税庁「No.4150 医療法人の持分についての相続税の納税猶予の特例」: https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/sozoku/4150.htm
- 国税庁「No.4177 医療法人の持分についての相続税の税額控除の特例」: https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/sozoku/4177.htm
この記事を書いた人
辻 勝
会長税理士
税理士 / 行政書士
税理士法人 辻総合会計の会長。40年以上の実務経験を持ち、相続税・事業承継を専門とする。多くの医療法人・クリニックの顧問を務める。
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