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クリニック向けコラム
作成日:2026.04.06
辻 勝

執筆者:辻 勝

会長税理士

開業医の退職金はない?自分で作る3制度|税理士解説

11分で読めます
開業医の退職金はない?自分で作る3制度|税理士解説

開業医に退職金はない?まず結論を整理

開業医には、勤務医のように勤務先が用意する退職金制度が原則ありません。個人事業主である以上、自分自身に「退職金」を経費として積み立てる仕組みはなく、自分で老後資金と引退資金を設計することが必要です。特に、開業から数年は設備投資や借入返済が優先されやすく、院長自身の出口資金が後回しになりやすい点が問題です。税理士法人 辻総合会計でも、利益は出ているのに引退時の現金準備が弱い、というご相談を医療機関からよく受けます。

個人事業の開業医が「退職金代わり」を作る方法として、実務上まず候補になるのは、小規模企業共済、iDeCo、国民年金基金の3つです。いずれも税制上の優遇がありますが、受取方法、途中換金のしやすさ、運用リスク、資金拘束の強さが異なります。したがって、単に節税額だけで決めるのではなく、いつ・いくら・どの形で受け取りたいかまで含めて設計することが重要です。

開業医の退職金が「ない」と言われる理由

個人事業主は自分に退職金を払えない

開業医が個人事業で診療所を運営している場合、院長本人は事業主です。事業主本人に対して給与や退職金を支払うという考え方は取れず、勤務先から支給される退職金のような制度はありません。そのため、勤務医から開業医に変わると、退職金の仕組みが自動的に消える感覚になります。

国税庁の考え方でも、個人事業では業務上の必要経費と家事費等が区分され、事業主本人の生活費的な支出をそのまま必要経費にはできません。つまり、「事業の利益が出ていること」と「引退資金が貯まっていること」は別問題です。

スタッフの退職金と院長自身の退職金は別

診療所でスタッフ向けの退職金制度を整えていても、それは従業員向けの制度です。院長自身の退職金原資にはなりません。ここを混同すると、「うちは退職金制度があるから大丈夫」と誤解しやすくなります。

ここがポイント
個人事業の開業医は、スタッフの退職金制度を整えることはできますが、院長本人の引退資金は別枠で準備が必要です。勤務医時代の感覚のままにすると、出口資金が空白になりやすいので注意が必要です。

退職金づくりは節税だけでなく出口設計

退職金づくりを節税策としてだけ考えると、資金拘束や受取タイミングのミスマッチが起こります。例えば、60歳前後で診療日数を減らしたいのか、65歳以降も働きながら資産を受け取りたいのかで、向く制度は変わります。制度の比較では、税制だけでなく、流動性と受取方法を必ず確認すべきです。

個人事業主の退職金制度3つを比較

開業医が使いやすい主な制度を先に比較すると、次のとおりです。

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制度主な性格掛金の税務受取時の主な扱い向いている人
小規模企業共済個人事業主向けの退職金準備掛金全額が所得控除一時金は退職所得扱いとなる場面がある廃業・引退資金を着実に作りたい人
iDeCo私的年金の積立制度掛金全額が所得控除一時金は退職所得、年金は雑所得の対象長期の老後資金を自分で運用したい人
国民年金基金上乗せ年金掛金全額が社会保険料控除年金は公的年金等控除の対象終身年金を重視したい人

この3つはすべて税制優遇がありますが、性格はかなり違います。退職金としてまとまった資金を作りたいなら小規模企業共済、老後資産を自分で育てたいならiDeCo、生涯受け取る年金額を固めたいなら国民年金基金、という整理が実務ではわかりやすいです。

小規模企業共済とは

小規模企業共済は、中小機構が運営する小規模企業の経営者や個人事業主向けの積立制度です。月額1,000円から7万円までの範囲で掛金設定ができ、掛金は全額が小規模企業共済等掛金控除の対象です。開業医のような個人事業主にとって、もっとも「退職金らしい制度」といえます。

廃業や退職時に受け取りやすく、一括・分割・併用といった受取方法を選べる点も実務上は使いやすい特徴です。また、一定の条件下では貸付制度も使えるため、長期積立でありながら一定の柔軟性があります。

iDeCoとは

iDeCoは個人型確定拠出年金です。掛金の拠出、運用商品選択、受取方法を原則として本人が決めます。掛金は全額所得控除となり、老後資産形成の代表的制度ですが、運用成果によって受取額が変わる点が小規模企業共済と異なります。

開業医は国民年金第1号被保険者として加入するケースが多く、iDeCoは老後資金の積立先として有力です。ただし、原則60歳まで資産拘束があるため、近い将来の設備更新資金や借入返済原資としては考えにくい制度です。

国民年金基金とは

国民年金基金は、国民年金に上乗せする公的な年金制度です。掛金は全額社会保険料控除の対象で、終身年金を基本に設計されているため、長生きリスクへの備えに強みがあります。

一方で、まとまった退職一時金を作る制度というより、毎月受け取る年金を厚くする制度です。したがって、「引退時に借入を完済したい」「建物修繕や生活立ち上がり資金を確保したい」という目的だけなら、小規模企業共済の方がイメージに合うことが多いでしょう。

小規模企業共済・iDeCo・国民年金基金の違い

退職金としての使いやすさの違い

3制度の最大の違いは、受け取る形です。小規模企業共済は「退職金代わりのまとまったお金」を作りやすく、iDeCoは一時金でも年金でも設計でき、国民年金基金は年金受取の性格が強い制度です。

開業医の引退場面では、診療所の閉院費用、医療機器の整理、借入返済、住居や生活コストの組み替えなど、まとまった資金が必要になりやすくなります。そのため、退職金という言葉に最も近いのは小規模企業共済です。

税務メリットの違い

掛金時の税務メリットはいずれも強力ですが、控除の種類に違いがあります。小規模企業共済とiDeCoは小規模企業共済等掛金控除、国民年金基金は社会保険料控除として扱われます。高所得になりやすい開業医にとっては、所得控除の積み上げは無視できません。

一方、受取時の課税関係も確認が必要です。小規模企業共済は一定の場合に退職所得扱いとなり、iDeCoも一時金受取なら退職所得、年金受取なら雑所得の対象です。つまり、掛ける時だけでなく受け取る時の税目まで見ておくことが制度選びでは重要です。

資金拘束と柔軟性の違い

小規模企業共済には貸付制度がある一方、iDeCoは原則60歳まで引き出せません。国民年金基金も年金制度である以上、途中で自由に現金化する発想には向きません。資金繰り変動のある開業初期や、分院展開を考える時期は、制度の節税効果だけでなく資金拘束の重さを意識すべきです。

ここがポイント
制度加入前に確認したいのは、節税額よりも「5年後、10年後に資金を動かせるか」です。診療所の修繕、機器更新、承継準備が重なると、流動性の低い積立が家計と事業の双方を圧迫することがあります。
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開業医の退職金の作り方と手順

ここからは、開業医が実際に退職金づくりを進める手順を整理します。

Step 1: 引退時期と必要額を逆算する

まずは、何歳で診療を縮小・廃業・承継したいのかを決めます。そのうえで、閉院費用、借入返済、生活費、住み替え費用などを見積もり、最低限必要な出口資金を数字で確認します。制度選びはここから始まります。

Step 2: まず小規模企業共済の余地を確認する

退職金を作るという目的に最も近いため、個人事業の開業医は最初に小規模企業共済を検討するのが実務的です。月額1,000円から7万円まで設定できるため、利益水準と家計のバランスに合わせて無理のない掛金を設計します。

Step 3: 老後の長期資産としてiDeCoを上乗せする

小規模企業共済だけでは老後資産が薄い場合や、運用を前提に長期で積み上げたい場合はiDeCoを併用します。iDeCoは運用成果により増減するため、元本確保型だけでなく投資信託を含めて、リスク許容度に応じた配分設計が必要です。

Step 4: 終身年金を厚くしたいなら国民年金基金を検討する

「長生きした場合の毎月収入を厚くしたい」というニーズがあるなら、国民年金基金が候補です。特に、預金や不動産収入はあるが、公的年金ベースの収入が心もとない開業医には相性があります。

Step 5: 年1回は掛金配分を見直す

開業医の所得は、保険診療の増減、自費比率、設備投資、家族構成の変化で変わります。加入して終わりではなく、毎年の確定申告時期に、節税効果、キャッシュフロー、将来必要額とのズレを確認することが大切です。

開業医が退職金制度を選ぶときの注意点

節税だけで制度を決めない

高所得の年ほど所得控除の魅力は大きく見えますが、節税額だけで制度を選ぶと、資金拘束や受取時課税で後悔しやすくなります。制度は税金対策ではなく、出口資金の設計ツールです。

法人成り予定があるなら設計を早める

将来、医療法人化を検討しているなら、個人事業主のうちにどの制度でどれだけ積み上げるかを早めに決めるべきです。個人と法人では退職金の考え方が異なり、院長個人の出口資金をどう持つかは別問題として残るためです。

受取時期を分散できるか確認する

小規模企業共済やiDeCoは受取方法によって税務上の見え方が変わります。退職所得として一時金で受けるのか、年金で受けるのか、他の所得とどの年で重なるのかを見ないと、思ったほど手取りが残らない場合があります。受取設計まで含めて顧問税理士と確認するのが安全です。

よくある質問

Q: 開業医には本当に退職金はないのですか? ▼
個人事業の開業医には、勤務先が用意するような退職金制度は原則ありません。院長本人に自分で退職金を支払って経費化する仕組みではないため、小規模企業共済やiDeCoなどを使って別途準備する必要があります。
Q: 小規模企業共済とiDeCoはどちらを優先すべきですか? ▼
「退職金としてまとまった資金を作りたい」なら小規模企業共済を先に検討しやすいです。一方で、長期運用で老後資産を育てたいならiDeCoが向きます。多くの開業医では、目的を分けて併用する設計が現実的です。
Q: 国民年金基金は退職金の代わりになりますか? ▼
退職一時金の代わりというより、老後の年金収入を厚くする制度です。引退時にまとまった現金が必要なら小規模企業共済、毎月の年金収入を安定させたいなら国民年金基金、という整理がわかりやすいでしょう。

まとめ

  • 開業医には勤務医のような勤務先の退職金制度が原則なく、自分で出口資金を作る必要がある
  • 退職金に最も近い制度は小規模企業共済で、掛金は全額所得控除の対象になる
  • iDeCoは長期の老後資産形成、国民年金基金は終身年金の上乗せに向いている
  • 制度選びは節税額だけでなく、受取時期、資金拘束、受取方法まで含めて判断すべき
  • 開業医の退職金設計は、廃業・承継・法人成りまで見据えて税理士と確認するのが安全

参照ソース

  • 独立行政法人中小企業基盤整備機構「小規模企業共済」: https://skyosai.smrj.go.jp/
  • 厚生労働省「iDeCoの概要」: https://www.mhlw.go.jp/stf/seisakunitsuite/bunya/nenkin/kyoshutsu/ideco.html
  • 厚生労働省「国民年金基金制度」: https://www.mhlw.go.jp/stf/seisakunitsuite/bunya/0000059350.html
  • 厚生労働省「確定拠出年金制度の拠出限度額」: https://www.mhlw.go.jp/stf/seisakunitsuite/bunya/nenkin/nenkin/kyoshutsu/taishousha.html
  • 国税庁「No.1135 小規模企業共済等掛金控除」: https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/1135.htm
  • 国税庁「No.1420 退職金を受け取ったとき(退職所得)」: https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/1420.htm
  • 国税庁「No.2210 必要経費の知識」: https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/2210.htm

この記事を書いた人

辻 勝

辻 勝

会長税理士

税理士 / 行政書士

税理士法人 辻総合会計の会長。40年以上の実務経験を持ち、相続税・事業承継を専門とする。多くの医療法人・クリニックの顧問を務める。

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本記事の内容は、公開日時点における一般的な情報提供を目的としており、 特定の個人や法人に対する専門的なアドバイスを構成するものではありません。

税務・会計・法務等に関する具体的なご相談については、 必ず資格を持った専門家にご確認ください。 本記事の情報に基づいて行われた判断や行動により生じた損害について、 当事務所は一切の責任を負いかねます。

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