内科クリニック承継相場と収益評価の実務｜税理士が解説

内科クリニックの承継相場は、「患者基盤×収益力（再現性）×リスク」の掛け算で決まります。結論から言うと、売却価格は相場表で一律に決まるのではなく、将来利益（のれん）と資産・負債をどう評価し、誰がどのリスクを負担するかでレンジが動きます。特に内科は、院長依存度（診療の属人性）と慢性疾患の継続通院が評価に直結しやすい一方、スタッフ・立地・競合で収益が変動しやすい点が論点です。

内科クリニック承継相場とは何で決まるか

「内科クリニック 承継 相場」で検索すると、売上倍率や利益倍率が語られがちです。しかし実務では、次の3要素に分解して考えるとブレが減ります。

1) 患者基盤の質（数より継続性）

内科の強みは、慢性疾患管理などで来院が継続しやすい点です。評価では「月次の新患/再診の構成」「主病名の偏り」「紹介・逆紹介」「近隣競合の増減」を見ます。

• 再診比率が高く、医師交代後も通院継続が見込めるほどプラス
• 院長の評判・診療スタイルに依存しているほどディスカウント（引継ぎリスク）

2) 収益力（利益の再現性）

評価の中核は収益評価です。ここでいう収益は「税務上の利益」ではなく、買い手が引き継いだ後も再現できるキャッシュフローを指します。

• 人件費・外注費・家賃が適正水準か（過不足の調整）
• 院長報酬が高すぎ/低すぎないか（買い手の働き方で変動）
• 診療報酬の算定体制（施設基準・加算）に継続性があるか

3) リスク（見えない負債の洗い出し）

買い手は「引継ぎ後に想定外の支出が出ないか」を最も嫌います。典型は以下です。

• 機器の更新時期（心電計、エコー、レセコン等）と保守契約
• スタッフの退職リスク、賃金・就業規則の未整備
• 賃貸借契約の名義変更可否、原状回復条項
• 行政対応・個人情報・診療録管理の運用

内科クリニックの評価方法（EBITDA・DCF・資産価値）

内科クリニックの評価は、通常「収益（のれん）＋純資産（資産−負債）」で組み立てます。ポイントは、どの手法を主に置くかです。

EBITDA（簡便法）の実務的な作り方

EBITDAは「利払い・税金・償却前利益」という整理が多いですが、診療所では次の調整が重要です。

• 院長報酬（または事業主所得）を、買い手想定の勤務形態に置き換える
• 家賃が親族所有で相場より高い/低い場合は補正する
• 一過性の費用（採用費、改装費、訴訟対応など）を除外して平準化する

結果として「調整後EBITDA」をベースに倍率をかけ、そこに運転資金や設備更新を反映させて最終価格を詰めます。

DCF（理論法）で論点になりやすい前提

DCFは理屈として正しい一方、交渉では前提の合意が難しい手法です。内科で揉めやすいのは以下です。

• 引継ぎ後の患者減少率（院長交代・競合出店）
• 診療報酬改定の影響（点数・算定要件）
• 看護師・医療事務の採用コスト上昇
• 設備更新と内装リニューアルの時期

資産価値：建物・設備・在庫・債権と負債

スキームにより「何を譲渡するか」が変わります。個人診療所の事業譲渡では、資産の譲渡・取得費・減価償却の考え方も価格交渉に影響します（建物の取得費計算などの基本は国税庁の解説参照）。また譲渡所得の対象資産の範囲も確認が必要です。

医療法人か個人かで売却価格の受け取り方が変わる

同じ「内科クリニック」でも、法人形態で出口が変わります。

個人診療所（事業譲渡）の典型

• 譲渡対象：医療機器、内装、什器、在庫、営業権（のれん）など
• 不動産：所有なら売買、賃借なら賃貸借の承継交渉
• 税務：譲渡所得・事業所得など論点が分かれる（資産区分が重要）

医療法人（持分あり/なし等）の典型

• 何を売るか：出資持分（ある場合）、理事長交代、事業譲渡など複数スキーム
• 制度前提：医療法人は非営利性が要請され、剰余金の配当が禁止される等の枠組みがある
• 持分のある医療法人の取扱い・移行論点は国税庁資料でも整理されています

内科クリニックM&Aの進め方（売却価格を固める手順）

価格交渉に入る前に、評価の土台を固めます。以下は実務での標準的な流れです。

Step 1: 現状の収益構造を可視化する（3年分）

• 月次の患者数、保険/自費、主な算定項目、キャンセル率
• 人件費・外注費・家賃・リース・保守の固定費一覧
• 設備台帳（取得価額・耐用年数・更新予定）

Step 2: 調整後利益を作り、論点を先に潰す

• 院長報酬・家賃・一過性費用を調整
• 将来の設備更新・内装改修を織り込む
• スタッフ体制の維持可能性（採用計画）を整理

Step 3: スキームを選ぶ（個人/法人、何を譲るか）

• 事業譲渡か、持分/理事交代か
• 賃貸借の名義・保証金・原状回復の承継条件
• 取引先（検査会社、薬局、リース等）の契約承継可否

Step 4: 買い手探索とDD（デューデリジェンス）に備える

• 財務DD：実態利益、未払・簿外債務、保険請求の安定性
• 労務DD：雇用契約、残業、社保、就業規則
• 法務/運用：個人情報・診療録・クレーム対応フロー

※仲介やFAを使う場合は、国の補助制度の対象になる「登録M&A支援機関」の枠組みも確認すると整理が進みます。

よくある質問

まとめ

• 内科クリニックの承継相場は、患者基盤・収益の再現性・リスクでレンジが決まる
• 評価は「収益（のれん）＋純資産」の二階建てで考えると整理しやすい
• EBITDA・DCF・純資産法の3手法でレンジを作り、前提の合意で価格を固める
• 個人か医療法人かでスキームが変わり、税負担と手取りが大きく変わる
• DDに備えて、月次データ・契約・設備更新・労務を先に整えると交渉が強くなる

参照ソース

• 厚生労働省「医療法人・医業経営のホームページ」: https://www.mhlw.go.jp/stf/seisakunitsuite/bunya/kenkou_iryou/iryou/igyou/index.html
• 国税庁「事業承継税制特集」: https://www.nta.go.jp/publication/pamph/jigyo-shokei/index.htm
• 中小企業庁「M&A支援機関に係る登録制度（令和7年度公募）」: https://www.chusho.meti.go.jp/zaimu/shoukei/2025/250530m_and_a.html
• 国税庁「No.3261 建物の取得費の計算」: https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/joto/3261.htm
• 国税庁「持分の定めのある医療法人が出資額限度法人に移行した場合等…」: https://www.nta.go.jp/law/bunshokaito/hyoka/040616/01.htm