育休 確定申告は必要？控除の使い方｜税理士が解説

育休中でも確定申告はできる？結論と注意点

育休・産休中でも確定申告は可能で、条件を満たせば住宅ローン控除や医療費控除も使えます。問題になりやすいのは「そもそも申告が必要か」「育休中で所得が少ない（またはない）場合に控除がどう効くか」です。

育休中の主な収入である雇用保険等の給付（育児休業給付金や育児休業手当金など）は、原則として所得税の課税対象ではないため、給与所得が少ない年は「控除を使っても還付が発生しにくい」ことがあります。一方で、年の途中に働いて給与の源泉徴収がある、住宅ローン控除を初めて使う、医療費が多い、配当や副業収入がある、といった場合は申告メリットが出やすいです。

税理士法人 辻総合会計では、クリニックや共働き世帯のご相談で「育休中の控除の取りこぼし」「初年度の住宅ローン控除の申告漏れ」をよく見ます。育休に入る前後で年末調整・住民税・家族の扶養関係が連動するため、早めに整理しておくのが安全です。

産休 確定申告 必要？育休中の申告が必要な人・不要な人

「産休中・育休中に確定申告が必要か」は、年の収入構造と控除の種類で決まります。判断の早見表を用意しました。

ここで大切なのは、「育休中で所得が少ない＝申告不要」と決めつけないことです。住宅ローン控除（初年度）は、基本的に確定申告が入口になりますし、医療費控除も年末調整ではできません。

育休中 住宅ローン控除は使える？初年度と2年目以降の違い

育休中でも、要件を満たせば住宅ローン控除は使えます。実務上の分岐は「初年度か、2年目以降か」です。

初年度は原則、確定申告が必要

住宅ローン控除をはじめて受ける場合、必要書類を添付して確定申告を行う必要があります（住宅の区分により添付書類は変わります）。育休中で会社に行かない時期と重なると、書類準備が遅れがちなので前倒しが安全です。

2年目以降は年末調整でできることが多い（ただし勤務先対応が前提）

2年目以降は、勤務先の年末調整で住宅ローン控除を適用できるのが一般的です。ただし、勤務先が電子データの提出に対応しているか、控除証明書・年末残高証明などの提出ができるか、といった運用面で詰まることがあります。育休中で年末調整を受けられない（給与支払がない等）場合は、確定申告に回るケースもあります。

育休中に住宅ローン控除で詰まりやすい論点

• 住み始めた年（入居年）と産休・育休の開始時期が重なる
• 年末調整の対象外（給与支払がない、休職扱い等）で勤務先処理ができない
• 添付書類の不足（登記事項証明書、売買契約書（請負契約書）、年末残高証明等）

育休 医療費控除は使える？対象・計算・申告のコツ

医療費控除は、一定額を超える医療費を支払った場合に、所得控除として適用できる制度です。育休中でも当然使えますが、こちらも「控除しても税額が発生しなければ還付は出にくい」点は同じです。

医療費控除の基本（何が対象になりやすいか）

• 病院・歯科の診療費、治療に必要な医薬品
• 通院のための交通費（一定条件の公共交通機関など）
• 出産に関連する費用（内容により判断が必要）

医療費の領収書が多い場合、国税庁の「医療費集計フォーム」等を使うと集計負担が軽くなります。申告実務では、家族分を合算する際に「誰が支払ったか」「保険金等の補填があるか」の整理が最重要です。

産休・育休の年に医療費控除が効きやすいパターン

• 年の前半に給与があり源泉徴収されている（産休・育休は後半）
• 夫婦共働きで、医療費を負担した側に課税所得がある
• 住宅ローン控除と併用し、還付可能性がある（ただし税額の上限に注意）

医療費控除の申告手順（最低限の流れ）

Step 1: 年間の医療費を家族単位で集計する
本人・配偶者・扶養親族分を合算し、「支払った医療費」と「保険金等で補填された額」を整理します。

Step 2: 申告する人を決める
原則として、医療費を実際に負担した人が申告します。世帯内で課税所得がある人に寄せた方が、控除メリットが出やすい場合があります。

Step 3: 確定申告書等作成コーナーで入力し、提出する
医療費集計フォーム等のデータを活用し、入力ミス（補填額の控除漏れ、対象外支出の混入）を避けます。

育休中の「よくある落とし穴」扶養・配偶者控除・住民税も連動する

育休中の確定申告では、所得税だけでなく、翌年度の住民税・扶養判定にも影響が出ます。以下は相談で多い論点です。

• 育休中の給付は非課税でも、年の前半給与があると「配偶者控除／配偶者特別控除」の判定に影響
• ふるさと納税は、年の課税所得が小さいと上限が下がる（やり過ぎると実質負担増になり得る）
• 住宅ローン控除と医療費控除を同時に使うと、控除しきれず還付が頭打ちになることがある

「どの控除を誰が使うか」を世帯で最適化するには、年収見込み（復職月、賞与の有無、育休給付の期間）まで踏み込んだシミュレーションが必要になります。

よくある質問

まとめ

• 育休・産休中でも確定申告は可能で、条件を満たせば住宅ローン控除や医療費控除は使える
• 住宅ローン控除の初年度は原則、確定申告が必要で、書類不足が起きやすい
• 医療費控除は年末調整ではできないため、使うなら確定申告が必要
• 育休で課税所得が小さい年は、控除しても還付が小さくなる（または出ない）ことがある
• 扶養・配偶者控除、ふるさと納税上限、住民税まで含めて世帯で整理するとミスが減る

参照ソース

• 国税庁「No.1400 給与所得（育児休業手当金等は非課税）」: https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/1400_qa.htm
• 国税庁「住宅ローン控除を受ける方へ（確定申告特集）」: https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/shinkoku/tokushu/keisubetsu/juutaku.htm
• 国税庁「No.1120 医療費を支払ったとき（医療費控除）」: https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/1120.htm