執筆者：辻 光明
代表税理士
医療費控除の対象一覧｜10万円以下でも申告できる5%ルールを税理士が解説
医療費控除とは、1年間（1月1日〜12月31日）に支払った医療費が一定額を超えるとき、所得から差し引ける制度です。ポイントは「10万円を超えないと無理」ではなく、総所得金額等が200万円未満の方は“5%”が基準になることです。家族分も合算できる一方で、対象外の支出も多く、集計ミスで控除額が目減りしがちです。この記事では、対象一覧と「いくらから」の判断、申告手順を実務目線で整理します。
医療費控除とは｜いくらから控除できる？
医療費控除は、納税者が自分または生計を一にする配偶者・親族のために支払った医療費について、一定額を超える部分を所得控除できる仕組みです。対象期間は「支払った年」で、未払い分は支払った年に回します。制度の骨格と計算式は国税庁が明確に示しています。
医療費控除額は、原則として次の式で計算します（上限200万円）。
- （実際に支払った医療費の合計 − 保険金などで補てんされる金額） − 10万円
ただし、総所得金額等が200万円未満の場合は、10万円ではなく「総所得金額等×5%」が差し引き基準になります。これは「10万円以下でも申告できる」代表的なケースです。
医療費控除の対象一覧｜対象になる費用・ならない費用
国税庁は、医療費控除の対象となる医療費を「診療・治療」「治療に必要な医薬品」などに整理し、病状等に応じて一般的な水準を著しく超えない部分としています。対象・対象外の境界は、実務上ここで差が出ます。
対象になりやすい医療費（代表例）
- 医師・歯科医師の診療や治療の対価（自由診療でも、治療目的なら対象になり得ます）
- 治療または療養に必要な医薬品の購入費（いわゆる風邪薬等を含む）
- 治療のための通院費（公共交通機関の運賃等が中心）
- 入院費（治療に直接必要な部分。差額ベッド代などは要注意）
- 出産に関する費用（分娩・入院等、医療としての性質が強いもの）
- 介護保険サービスのうち医療系に該当するもの（区分により扱いが分かれます）
- 治療のための義歯、歯列矯正（目的が「治療」か「審美」かで結論が変わります）
対象外になりやすい支出（否認されやすい例）
- 健康診断・人間ドック（異常が見つかり治療に至った場合は例外的に扱われ得ます）
- 予防・健康増進目的のサプリメント、ビタミン剤等
- 美容目的の施術（審美歯科、レーシックを含む一部は目的で判断）
- 通院のためのガソリン代・駐車料金（原則として対象外になりやすい）
- 医師等への謝礼金（原則として対象外）
「治療のために必要か」が判断軸です。迷う支出がある場合は、領収書の但し書きや診断書等で「治療目的」を説明できるか、という観点で整理すると実務に強くなります。
医療費控除は10万円以下でもOK｜「総所得金額等の5%ルール」を図解
「医療費控除 いくらから」という検索で混乱が生じやすいのが、差し引き基準が一律10万円ではない点です。国税庁のルールでは、総所得金額等が200万円未満の人は、10万円の代わりに「総所得金額等の5%」を差し引きます。
10万円基準と5%基準の比較
| 判定のポイント | 差し引く基準額 | 典型例 |
|---|---|---|
| 総所得金額等が200万円以上 | 10万円 | 会社員・自営業で所得が一定以上 |
| 総所得金額等が200万円未満 | 総所得金額等×5% | 年金中心、扶養・控除が多い、パート収入など |
例えば、総所得金額等が180万円なら、差し引き基準は9万円（180万円×5%）です。
この場合、（医療費−補てん）がおおむね9万円を超えれば医療費控除が成立します。「10万円未満でも控除できる」のはこのためです。
控除額計算で必ず押さえる「補てん」
控除の前提として、保険金などで補てんされる金額（高額療養費、入院給付金など）は医療費から差し引きます。高額療養費制度は、家計負担が一定以上にならないよう上限を設ける仕組みで、支給された（される）分は控除計算に影響します。
医療費控除の申告方法｜明細書の作り方とe-Taxの手順
医療費控除は、原則として確定申告が必要です。現在は領収書を提出せず、「医療費控除の明細書」を作成・添付し、領収書は5年間保管する運用が基本です。医療保険者が交付する医療費通知があれば、明細書の記載を簡略化できます。
さらに、令和7年分の確定申告特集では、マイナポータル連携により医療費通知情報を取得し、申告書の該当項目に自動入力できることが案内されています。入力負担と転記ミスを減らしたい方ほど有効です。
Step 1: 対象期間（1/1〜12/31）で支払った医療費を集計する
家族分（生計を一にする配偶者・親族）の医療費も合算できます。領収書・レシートは医療機関別にまとめ、日付・患者・内容・金額が追える状態にします。
Step 2: 補てん金（高額療養費・保険給付等）を整理する
高額療養費の支給や民間保険の入院給付金など、補てん分は控除計算で差し引きます。給付の対象となった医療費に対応づけて整理します。
Step 3: 差し引き基準（10万円 or 5%）を判定する
総所得金額等が200万円未満かどうかで基準が変わります。判定に迷うときは、源泉徴収票・控除証明書・収支内訳等を踏まえて「総所得金額等」を確認します。
Step 4: 医療費控除の明細書を作成し、申告書に反映する
国税庁の様式に沿って明細書を作成し、申告書へ反映します。領収書の提出は不要ですが、税務署から提示・提出を求められる場合に備えて保管します。
Step 5: e-Taxで提出（マイナポータル連携も検討）
マイナポータル連携を使うと、医療費通知情報の取り込み・自動入力が可能です。医療費が多い年ほど、手入力よりも作業時間を圧縮できます。
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セルフメディケーション税制との違い｜どちらが得か
医療費控除には、通常の医療費控除のほか「セルフメディケーション税制（医療費控除の特例）」があり、両者は選択適用（併用不可）です。国税庁の案内では、特例は平成29年から令和8年12月31日までの購入分が対象とされています。
| 比較項目 | 通常の医療費控除 | セルフメディケーション税制 |
|---|---|---|
| 対象費用 | 診療・治療・医薬品・通院等が広い | 対象となるOTC医薬品等の購入費が中心 |
| 控除の基準 | 10万円（または総所得金額等×5%）超 | 12,000円超の部分（上限88,000円） |
| 向くケース | 受診・入院等で医療費が多い | 受診は少ないが対象OTC購入が多い |
税理士法人 辻総合会計でも、年によって「通常が有利」「特例が有利」が入れ替わる相談は少なくありません。医療費の内訳（受診中心か、OTC中心か）で試算し、毎年最適化するのが実務的です。
よくあるミスとチェックポイント｜否認・取りこぼしを防ぐ
- 家族分の合算漏れ：同居していなくても、生計を一にしていれば対象になることがあります
- 交通費の扱い：公共交通機関中心で整理し、タクシーはやむを得ない事情が説明できるか検討します
- 補てん金の引き忘れ：高額療養費や保険給付の計上漏れは、指摘されやすいポイントです
- 対象外の混入：美容・健康増進目的の支出が混ざると、説明負担が増えます
- 医療費の領収書管理：提出不要でも、5年保管が前提です。月別・病院別で束ねるだけでも効率が上がります
よくある質問
Q: 医療費が10万円未満でも医療費控除は使えますか？
A:
総所得金額等が200万円未満なら、差し引き基準が「10万円」ではなく「総所得金額等×5%」になります。そのため、医療費（補てん控除後）が5%基準を超えていれば、10万円未満でも医療費控除が成立します。Q: 家族の医療費も合算できますか？
A:
はい。納税者が支払った医療費で、自己または生計を一にする配偶者・親族のためのものなら合算対象です。誰の口座から支払ったか、領収書の名義、生活費の負担関係を整理しておくと説明が容易です。Q: 医療費控除の領収書は提出が必要ですか？
A:
原則として領収書の提出は不要で、医療費控除の明細書を確定申告書に添付します。ただし、明細書の内容確認のため、確定申告期限等から5年を経過する日までの間に領収書の提示・提出を求められる場合があるため保管が必要です。Q: e-Taxで医療費控除をラクにする方法はありますか？
A:
マイナポータル連携を利用すると、医療費控除に使える医療費通知情報を取得し、申告書作成時に自動入力できます。医療機関が多い方ほど、転記時間と入力ミスを減らせます。まとめ
- 医療費控除は「10万円超」だけでなく、総所得金額等200万円未満は5%基準で判定する
- 対象は「治療目的」が基本軸。美容・予防・健康増進目的は対象外になりやすい
- 補てん金（高額療養費、保険給付等）は対応する医療費から差し引く
- 申告は明細書添付が基本で、領収書は5年保管。e-Taxとマイナポータル連携で効率化できる
- セルフメディケーション税制は通常控除と選択。内訳に応じて試算が重要
参照ソース
- 国税庁「No.1120 医療費を支払ったとき（医療費控除）」: https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/1120.htm
- 国税庁「No.1122 医療費控除の対象となる医療費」: https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/1122.htm
- 国税庁「令和7年分 確定申告特集 医療費控除を受ける方へ（マイナポータル連携）」: https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/shinkoku/tokushu/keisubetsu/iryou-koujo.htm
- 国税庁「No.1119 医療費控除に関する手続について」: https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/1119.htm
- 厚生労働省「高額療養費制度を利用される皆さまへ」: https://www.mhlw.go.jp/stf/seisakunitsuite/bunya/kenkou_iryou/iryouhoken/juuyou/kougakuiryou/index.html
この記事を書いた人
辻 光明
代表税理士
税理士 / 認定経営革新等支援機関
税理士法人 辻総合会計の代表。クリニック開業支援・医療法人設立・クラウド会計導入を得意とし、オンラインでの税務顧問サービスを推進。
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