確定申告 間に合わない時のペナルティ最小化｜税理士が解説

結論：まず「申告を出す」、次に「納付を相談」が最短ルートです

確定申告の期限に間に合わないとき、最優先は期限後申告でもよいので申告書を提出することです。申告が出ていない状態が続くほど、無申告加算税が重くなりやすく、延滞税も日々増えます。次に、納付が難しい場合は放置せず、早めに「猶予制度」等の相談に切り替えるのが実務上の正攻法です。特に個人事業主や副業の方は、書類が揃わないまま時間だけが過ぎてしまうケースが目立ちます。

税理士法人 辻総合会計では、30年以上にわたり毎年数十件規模の期限後申告・納付相談を取り扱ってきました。結論はシンプルで、「出す順番」と「連絡の順番」を誤らないことが、ペナルティ最小化の分かれ道になります。

まず確認：いつまでに何が必要か（所得税・消費税）

期限に間に合わない対処は、税目ごとに締切が異なる点から整理します。たとえば、確定申告特集の案内では、所得税・贈与税と、個人事業者の消費税等で申告・納付期限が分かれています。

• 所得税・贈与税：令和8年3月16日（月）まで（令和7年分）
• 個人事業者の消費税等：令和8年3月31日（火）まで（令和7年分）

ここを取り違えると、想定外に遅延してしまいがちです。ご自身が「所得税だけ遅れそう」なのか「消費税も遅れそう」なのかで、優先順位を切り分けましょう。

遅れたときに発生するペナルティ全体像（何が・いつ・どう増えるか）

期限に間に合わないと、主に次のコストが問題になります。

• 無申告加算税（申告しなかったこと自体へのペナルティ）
• 延滞税（納付が遅れた日数に応じた利息相当）
• 状況によっては重加算税（仮装・隠蔽等がある場合）や、各種控除・損失繰越等の不利益

特に重要なのは、無申告加算税は「どのタイミングで出したか」で税率が変わり得る点です。税務署からの連絡や調査の流れと絡むため、後述の「調査通知前に出す」判断が効いてきます。

放置が危険な理由：税務署の決定や調査が先に進む

期限後申告をせず放置すると、税務署側で「申告がない」と判断され、決定（税務署側で税額を決める処分）や調査対応へ進む可能性が高まります。実務的には、この段階に入るほど、ペナルティが重くなりやすく、説明・資料提出の負担も増えます。

無申告加算税を最小限にする考え方（調査通知前が重要）

無申告加算税は「いつ期限後申告をしたか」で大きく変わります。ポイントは、税務署から調査通知（事前通知）を受ける前に、自主的に期限後申告できるかどうかです。

税務署からの事前通知「前」に自主的に期限後申告した場合

• 原則：納付すべき税金×5%

税務署からの事前通知「後」に期限後申告した場合（決定を予知する前）

• 原則：納付すべき税金×10%
• 納付すべき税金が一定額を超える部分は加重
• 令和6年1月1日以後に法定申告期限が到来する分（令和5年分以降）は、金額階層ごとに税率が段階的に上がる仕組みがあります（50万円まで、50万円超300万円まで、300万円超で区分）。

調査を受けた後に期限後申告した場合（決定を予知した場合等）

• 原則：納付すべき税金×15%
• 納付すべき税金が一定額を超える部分は加重
• 令和5年分以降は金額階層ごとの税率がさらに重くなる枠組みがあります。

延滞税の計算方法（概算の出し方と実務の目安）

延滞税は「納期限の翌日」から「完納した日」まで日割りで増えます。率は期間で二段階になっており、一般に次の考え方で概算します。

• 納期限の翌日から2か月以内：年7.3%と「延滞税特例基準割合＋1%」のいずれか低い割合
• 2か月超：年14.6%と「延滞税特例基準割合＋7.3%」のいずれか低い割合

実際の割合は年ごとに公表され、例えば令和8年（2026年）分の表も国税庁が明示しています。計算は次のイメージです。

• 延滞税（概算）＝未納税額 × 適用年率 ×（延滞日数 ÷ 365）

延滞税の簡易計算例（イメージ）

前提：

• 未納税額：30万円
• 納期限から40日遅れて納付
• 40日が「2か月以内」に収まるケース

計算（概算）：

• 30万円 ×（適用年率）×（40/365）

年率は年度・期間で変動するため、最終的な正確値は国税庁の「延滞税の割合」表と照合して確認します。とはいえ、実務では「1日でも早く納めるほど確実に下がる」性質なので、計算に時間をかけて支払いを遅らせるのは本末転倒になりがちです。

実務の最適手順：間に合わないと分かった瞬間にやること（Step形式）

ここからが本題です。期限に間に合わないときは、「申告」と「納付」を切り分け、順番に処理するとペナルティを最小化しやすくなります。

Step 1: 申告書は最短で作って提出（e-Tax優先）

• まずは提出が最優先です。提出した日が起点となり、放置よりも圧倒的にリスクが下がります。
• e-Taxを使うと、郵送よりも時間ロスが少なく、提出時点が明確になります。

Step 2: 税務署からの連絡（調査通知）より前に「自主的に」出す

• 無申告加算税はタイミングで税率が変わります。
• 間に合わないことが確定したら、資料が完全に揃うのを待ちすぎないことが重要です（ただし、根拠資料のない推測申告は避け、合理的な根拠に基づく推計に留めます）。

Step 3: 納付資金が足りない場合は、納付方法と猶予の相談に切り替える

• 一括が難しいなら、まず「どこまでなら今払えるか」を整理します。
• その上で、国税庁が案内する猶予制度（納税の猶予・換価の猶予など）の対象になり得るか検討します。

Step 4: 申告後に誤りが判明したら、速やかに修正申告・更正の請求

• 期限後申告は「出して終わり」ではなく、後から見直しが必要になることがあります。
• 納め過ぎは更正の請求、納め不足は修正申告で整合させます。

ケース別：どの動きが一番損をしにくいか（比較表）

納付ができないときの現実的な対処（猶予制度と注意点）

「申告はできるが、現金が足りない」という相談は非常に多いです。この場合、最悪手は放置です。国税庁も「納期限までに納付することが困難な方へ」として、猶予制度の案内を用意しています。

• 代表例：納税の猶予、換価の猶予（財産の差押え・換価を一定期間猶予する枠組み）
• 要件：一律ではなく、資金繰りや災害・病気等の事情、納付計画の合理性などが見られます
• 効果：延滞税の一部軽減や、差押え等の回避につながる可能性があります（ただし自動的ではありません）

重要なのは、「申告を出して、状況を説明し、計画を示す」ことです。特に事業所得がある方は、売上入金のタイミングや借入の可否も含め、資金繰り表を作って相談に臨むと話が早いです。

よくある質問

まとめ

• 確定申告に間に合わないときは、最優先で期限後申告を提出し「無申告状態」を解消する
• 無申告加算税は提出タイミングで税率が変わり得るため、税務署の事前通知前の自主提出を狙う
• 延滞税は日割りで増えるため、納付は1日でも早いほど有利
• 納付が難しい場合は放置せず、納税の猶予等の制度を前提に相談・申請する
• 個別事情（過去の加算税歴、帳簿状況、資金繰り）で最適解が変わるため、早期に専門家へ整理を依頼する

参照ソース

• 国税庁「令和7年分 確定申告特集」: https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/shinkoku/tokushu/
• 国税庁「No.2024 確定申告を忘れたとき」: https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/2024.htm
• 国税庁「延滞税の割合」: https://www.nta.go.jp/taxes/nozei/entaizei/keisan/entai_wariai.htm
• 国税庁「納期限までに納付することが困難な方へ」: https://www.nta.go.jp/taxes/nozei/nofu_konnan.htm
• 国税庁「猶予の申請の手引」: https://www.nta.go.jp/publication/pamph/sonota/yuyo-tebiki/index.htm