確定申告の間違い修正｜修正申告と更正の請求を税理士が解説

確定申告の間違いに気づいたら最初に判断すること

確定申告の間違いは、結論から言うと「税金が増える訂正」なら修正申告、「税金が減る（還付が増える）訂正」なら更正の請求で対応します。問題になりやすいのは、放置して延滞税や加算税が発生したり、還付を受け損ねたりする点です。特に事業所得・不動産所得・医療費控除・ふるさと納税などは入力ミスが起きやすく、早期判断が重要です。

税理士法人 辻総合会計では、個人の確定申告から個人事業者の申告まで、長年にわたり申告後の訂正相談を多数受けてきました。よくある相談として「還付が少ない気がする」「売上の計上漏れに後から気づいた」などがありますが、まずは次の3点を確認しましょう。

• 間違いが見つかったのは「法定申告期限の前」か「後」か
• 訂正すると「納める税金が増える」のか「減る（還付が増える）」のか
• 税務署から調査の連絡（事前通知等）が来ていないか

修正申告と更正の請求の違い

確定申告の訂正手続は、大きく「修正申告」と「更正の請求」に分かれます。ポイントは税額の方向です。

「税金が増える訂正」なら修正申告

売上（収入）の計上漏れ、必要経費の二重計上、控除の誤適用などにより、本来より税額が少なく申告されていた場合は「修正申告」で訂正します。修正申告は“納め直す”手続なので、提出日に新たな納付が発生し、あわせて延滞税がかかることがあります。

「税金が減る（還付が増える）訂正」なら更正の請求

医療費控除の入れ忘れ、生命保険料控除の計上漏れ、配当控除等の適用漏れなどにより、本来より税額が多くなっていた（還付が少ない）場合は「更正の請求」で減額を求めます。更正の請求には期限があり、原則として法定申告期限から5年以内です。

比較表：どちらを選ぶべきか

修正申告のやり方（手続きの流れ）

修正申告は「税額が増える」場合の訂正です。加算税の有無がタイミングで変わるため、誤りを把握したら早めに動くのが実務的な鉄則です。

Step 1: 間違いの原因を特定し、証憑をそろえる

• 売上計上漏れ：請求書、入金明細、レジデータ等
• 経費の誤り：領収書、クレカ明細、帳簿
• 控除の誤り：控除証明書、医療費通知、寄附金受領証明書 など
  修正理由を説明できる状態にしておくと、その後のやり取りが円滑になります。

Step 2: 修正後の申告書を作成する

国税庁の「確定申告書等作成コーナー」には「更正の請求書・修正申告書作成コーナー」があり、案内に従って入力すると税額が自動計算されます。e-Tax送信または印刷提出が可能です。

Step 3: 提出と同時に納付（＋延滞税の確認）

修正申告で新たに納める税金は、原則として「修正申告書を提出する日」が納期限になります。納付が遅れるほど延滞税が増え得るため、資金繰りも含めて同日に納付できる形を取るのが安全です。延滞税は国税庁の計算ページ（年度別）で確認できます。

Step 4: 加算税リスクを整理する（調査連絡の有無が重要）

税務署からの調査の事前通知前に自主的に修正申告した場合、過少申告加算税がかからない取扱いがあります。一方、事前通知後は原則として過少申告加算税（一定割合）が発生し得ます。連絡が来ている場合は、対応順序を誤らないことが重要です。

更正の請求の期限とやり方（還付を取り戻す）

更正の請求は「税額が減る（還付が増える）」訂正です。期限があるため、「そのうちやろう」が最大のリスクになります。

更正の請求の期限は原則5年

更正の請求ができる期間は、原則として法定申告期限から5年以内です。還付申告（確定申告の義務がない人が還付のために申告したケース）など、起算点が異なる例外もあるため、迷う場合は制度の定義から確認しましょう。

更正の請求のやり方（手続きの流れ）

Step 1: 追加・修正したい控除や所得を整理する

• 医療費控除の追加（集計表の作り直し）
• 寄附金控除（ふるさと納税）の証明書追加
• 生命保険料控除・地震保険料控除の証明書の反映
• 配当控除等の適用漏れ など
  「何を追加すると税額がどう動くか」を試算してから進めると確実です。

Step 2: 更正の請求書を作成する

国税庁の作成コーナーで「更正の請求書」を作成し、e-Taxで提出または印刷提出します。更正の請求は提出すれば即還付ではなく、税務署で内容が検討され、認められれば減額更正→還付等の流れになります。

Step 3: 審査に備えて根拠資料を添付・保管する

添付が必要な書類は内容により異なりますが、少なくとも根拠資料を整理し、提示を求められた際に説明できる状態にしておきます。特に医療費控除・寄附金控除は証明書の不備があると手戻りが起きやすい領域です。

よくあるミスと注意点（延滞税・加算税・書式のアップデート）

最後に、実務でつまずきやすいポイントを整理します。

• 期限前の誤りを「修正申告」で出してしまう
  期限前は原則“正しい申告書を作って期限内に提出”です。期限をまたぐかどうかで手続が変わります。
• 「修正申告」と「更正の請求」を逆に選ぶ
  税額が増えるか減るかで決まります。還付が増えるなら基本は更正の請求です。
• 延滞税の見落とし
  修正申告は追加納付が伴うため、納付日までの延滞税を併せて納める必要があります。年度により計算の前提が異なるため、国税庁の計算ページで確認するのが確実です。
• 書式の変更を知らない
  所得税では、令和4年分以降の修正申告で申告書第5表（修正申告・別表）が不要になるなど、運用が簡素化されています。作成コーナーを使うと現行様式に合わせて作成できます。

よくある質問

まとめ

• 確定申告の間違いは「税額が増えるなら修正申告」「税額が減るなら更正の請求」で判断する
• 期限前の誤りは、原則として正しい申告書を作り直して期限内に提出する
• 更正の請求は原則として法定申告期限から5年以内。放置が最大のリスク
• 修正申告は追加納付と延滞税が関係し、調査連絡の有無で加算税の取扱いが変わる
• 作成コーナー（e-Tax）を使うと現行様式に沿って作成・提出できる

参照ソース

• 国税庁「No.2026 確定申告を間違えたとき」: https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/2026.htm
• 国税庁「所得税及び復興特別所得税の更正の請求手続」: https://www.nta.go.jp/taxes/tetsuzuki/shinsei/annai/shinkoku/annai/01.htm
• 国税庁「延滞税の計算方法」: https://www.nta.go.jp/taxes/nozei/entaizei/keisan/entai.htm