執筆者：辻 勝
会長税理士
クリニック医療機器節税2026｜40万円特例と投資税制
結論｜医療機器の節税は「金額」と「制度の目的」で選び分けます
クリニックの医療機器購入の税務は、基本的に「減価償却（耐用年数で費用化）」ですが、一定の制度を使うと当期の費用（または税額）を強く圧縮できます。2026年は、少額減価償却資産の上限が40万円未満へ引上げ（令和8年度税制改正の大綱）という流れもあり、買う時期と金額設計がより重要になります。
一方、設備投資促進税制（代表例：中小企業経営強化税制・中小企業投資促進税制）は、要件を満たすと即時償却または税額控除が選べます。ただし、少額特例と同じ資産での重複適用は原則できないため、制度の「目的」と「手続負担」で使い分けるのが実務の基本です。
医療機器の減価償却とは｜まずは原則ルールを押さえる
医療機器はなぜ一括で経費にできないのか
医療機器（例：超音波診断装置、内視鏡、心電計など）は、購入金額が大きいことが多く、原則として固定資産として計上し、耐用年数に応じて減価償却します。つまり、購入年に全額が経費にならず、利益が出ている年の税負担が想定より下がらないことがあります。
例：同じ利益でも「購入年」に税負担が残りやすい
黒字期に医療機器を導入しても、減価償却だと初年度費用が限定されるため、法人税等・所得税が思ったほど下がらない、という相談は現場で頻繁にあります。ここで登場するのが「少額特例」や「設備投資促進税制」です。
40万円未満の少額減価償却｜2026年のポイントと注意点
「40万円未満」は改正大綱ベース｜現行は30万円未満（期限あり）
中小企業者等の少額減価償却資産の特例は、国税庁の案内上、現行では「取得価額30万円未満」を要件に、一定期間内に取得して事業の用に供した場合、取得価額を損金算入できる制度です（期限の記載あり）。
一方、財務省が公表する令和8年度税制改正の大綱では、対象となる取得価額を40万円未満（現行：30万円未満）に引き上げる旨が示されています。実際の適用開始日・適用関係（いつ取得・いつ使用開始か）は、成立法令・通達等で最終確認が必要です。
少額特例の強み｜手続が比較的軽く、即時に費用化しやすい
少額特例のメリットは、要件に合えば当期に費用化（損金算入）でき、資金繰り上のインパクトが読みやすい点です。医療機器では「周辺機器」「小型検査機器」「PC・周辺機器」「予約・検査の周辺デバイス」などで適用検討が現実的です。
重要注意｜設備投資促進税制などとの重複適用は不可
国税庁の案内では、この特例は特別償却・税額控除・圧縮記帳等との重複適用ができない旨が明記されています。つまり「少額特例で一括費用化した上で、経営強化税制で即時償却」などはできません。どちらを使うかを先に決める必要があります。
設備投資促進税制とは｜経営強化税制と投資促進税制の位置づけ
中小企業経営強化税制｜計画認定が前提、即時償却 or 税額控除（10%等）
中小企業庁の説明では、経営力向上計画の認定を受け、対象設備の取得等を行った場合に、即時償却または税額控除（10%／一定の場合7%）を選択できる制度です。医療機器のうち「生産性向上」や「業務効率化」に資する設備（例：検査の自動化、予約〜会計の省力化、データ連携等）が論点になります。
中小企業投資促進税制｜特別償却30% or 税額控除7%（期限あり）
中小企業庁の説明では、機械装置等の対象設備を取得等した場合に、特別償却30%または税額控除7%を選択適用できる制度で、適用期限の記載があります。経営強化税制より手続面が軽いケースもありますが、対象設備の要件確認は必須です。
比較表｜少額特例（40万円）と投資税制はこう使い分ける
| 施策 | 対象の目安 | 税務メリット | 手続負担 | 向いているケース |
|---|---|---|---|---|
| 10万円未満（少額資産） | 10万円未満 | 原則、取得時に費用化 | 低 | 小物・周辺機器の買い足し |
| 一括償却資産 | 20万円未満 | 3年均等で費用化 | 低 | すぐ全額は不要だが簡便に処理したい |
| 少額減価償却資産の特例 | 40万円未満（改正大綱） | 当期に損金算入 | 中 | 1台ごとの金額が小さめ、スピード重視 |
| 中小企業経営強化税制 | 対象設備（認定計画） | 即時償却 or 税額控除 | 高 | 高額設備・生産性向上を強く狙う投資 |
| 中小企業投資促進税制 | 対象設備 | 特別償却30% or 税額控除7% | 中 | ある程度の設備投資を継続する |
医療法人・個人クリニックでの実務論点｜「利益調整」と「将来設計」
医療法人：利益圧縮だけでなく、金融・役員報酬・将来投資もセットで
医療法人は、当期利益を強く下げると法人税負担は下がりますが、金融機関の評価（返済原資）や、将来の設備更新・分院展開の余力にも影響します。即時償却で利益を落としすぎると、翌期以降の減価償却費が減り、利益が跳ね上がる「反動」も起きます。
個人（院長の事業所得）：所得税率帯の影響が大きい
個人は累進税率のため、黒字が大きい年ほど当期費用化の効果が出やすい一方、翌年以降の所得が増えると税率帯が変わる可能性があります。導入時期を年度末に寄せるか、分割投資にするかで税負担が大きく変わることがあります。
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手順｜購入前にやるべきチェック（医療機器 減価償却／税制）
Step 1: 資産区分と金額判定（税抜・税込、付属品の扱い）
見積書の内訳を分解し、医療機器本体・付属品・設置費・ソフト等の扱いを整理します。金額判定（10万／20万／40万）に直結します。
Step 2: 決算期と「取得・供用」のタイミング確認
「発注日」ではなく、原則として取得・事業供用のタイミングが重要です。決算をまたぐと当期費用化の可否が変わります。
Step 3: 少額特例にするか、投資税制にするかを決める
同じ資産で重複適用できないため、(1)節税インパクト、(2)手続負担、(3)将来の利益見通し、で選択します。
Step 4: 投資税制を使うなら「購入前」から申請設計
経営強化税制は認定計画が前提です。実務では「買った後に気づいて間に合わない」事故が多い領域です。
Step 5: 申告書別表・添付書類まで含めて着地確認
決算仕訳だけでなく、税務申告上の別表調整、必要書類の保管まで一気通貫で設計します。
よくある失敗｜税務調査・否認リスクにつながるポイント
- 「40万円未満（または30万円未満）」の判定を税込でやるべきところ税抜でやっていた（または逆）
- 付属品・設置費をまとめてしまい、1資産の取得価額が閾値を超えた
- 少額特例と投資税制を同じ資産で同時に使えると誤解した
- 経営強化税制の計画認定を購入後に検討し、要件を満たせなかった
- リース取引の扱いを誤り、「取得」に該当しないのに適用しようとした
よくある質問
Q: 医療法人でも40万円未満の少額特例は使えますか？
Q: 「少額特例」と「中小企業経営強化税制」は同じ機器で併用できますか？
Q: 医療機器を分割して買えば40万円未満にできますか？
まとめ
- クリニックの医療機器は原則「減価償却」だが、制度で当期費用・税額を圧縮できる
- 令和8年度税制改正の大綱では、少額特例の上限を40万円未満へ引上げの方向性が示されている
- 少額特例は手続が比較的軽いが、投資税制（経営強化・投資促進）との重複適用は原則不可
- 経営強化税制は計画認定など手続が重い分、即時償却・税額控除の効果が大きい設計が可能
- 実務は「金額」「取得・供用時期」「税込税抜」「付属品の扱い」で結論が変わるため、購入前に設計する
参照ソース
- 財務省「令和8年度税制改正の大綱」: https://www.mof.go.jp/tax_policy/tax_reform/outline/fy2026/08taikou_03.htm
- 国税庁「No.5408 中小企業者等の少額減価償却資産の取得価額の損金算入の特例」: https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/hojin/5408.htm
- 中小企業庁「中小企業経営強化税制」: https://www.chusho.meti.go.jp/keiei/kyoka/kyoka_zeisei.html
- 中小企業庁「中小企業投資促進税制」: https://www.chusho.meti.go.jp/zaimu/zeisei/tyuusyoukigyoutousisokusinzeisei.html
この記事を書いた人
辻 勝
会長税理士
税理士 / 行政書士
税理士法人 辻総合会計の会長。40年以上の実務経験を持ち、相続税・事業承継を専門とする。多くの医療法人・クリニックの顧問を務める。
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