防衛特別法人税4%とは？中小企業と500万円控除｜税理士が解説

防衛特別法人税4%とは（結論：法人税に「付加税」＋500万円控除）

防衛特別法人税とは、令和8年4月1日（2026年4月1日）以後に開始する事業年度から、法人税に上乗せして課される国税です。計算はシンプルで、「基準法人税額－年500万円」×4%（マイナスなら0）という付加税（付加課税）として整理すると理解しやすい制度です。

経営者の悩みは「結局うちはいくら増えるのか」「中小企業は500万円控除で本当に影響が小さいのか」ではないでしょうか。本記事では、税理士法人 辻総合会計の実務目線で、制度の前提・500万円控除の効き方・シミュレーション手順・申告時の注意点をまとめます。

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防衛特別法人税の仕組み（4%のかけ方と「基準法人税額」の意味）

4%は所得ではなく法人税額ベースにかかる

防衛特別法人税は、利益（所得）に直接4%を掛けるのではなく、一定のルールで算定した「基準法人税額」を土台にします。ここを誤解すると試算がズレます。

ポイントは次の2つです。

• 課税の土台：基準法人税額（法人税の税額計算上の一定の控除等を適用しないで計算した法人税額）
• 控除：年500万円（基礎控除額）
• 税率：4%

「基準法人税額」は税額控除前に近いイメージ

実務上は、「法人税の申告書で計算する法人税額」から、所得税額控除・外国税額控除など一定の税額控除を入れないで算定した法人税額が基準になります。

つまり、研究開発税制など税額控除を活用している会社ほど、通常の法人税の納付額（実際に払う法人税）よりも、基準法人税額が大きく出る可能性があります。ここは納付税額ではなく計算上の土台を見る点が重要です。

500万円控除の仕組み（中小企業は対象外ではなくゼロになりやすい）

500万円控除は「税額控除」ではなく課税標準の控除

よくある勘違いが「中小企業は対象外」「利益が少ない会社は申告しなくていい」です。実際には、制度上の納税義務者は広く設定されており、計算結果がゼロになりやすいのが500万円控除の効果です。

イメージとしては次の通りです。

• 基準法人税額が500万円以下
  →（基準法人税額－500万円）が0以下になるため、防衛特別法人税は0
• 基準法人税額が500万円超
  →超えた部分に4%がかかる（段差課税に近い効き方）

「500万円控除」で実質負担がどう変わるか（比較表）

下表は、基準法人税額がいくらなら、防衛特別法人税がどの程度になるかを税額ベースで示したものです（計算式は単純化）。

このように、負担は「いきなり法人税全体の4%増」ではなく、500万円を超えた税額部分に対する4%として効いてきます。

負担額シミュレーション（手順：決算期別の適用タイミングも確認）

まずいつから自社に乗るかを決算期で判定する

防衛特別法人税は「2026年4月1日以後に開始する事業年度」からです。つまり、決算期によって最初に対象になる期が変わります。

• 3月決算：2026年4月1日開始の期（2027年3月期）から対象
• 12月決算：2027年1月1日開始の期（2027年12月期）が最初の対象（2026年は期首が4/1以後ではないため）

試算は次のStepで行うとブレにくい

Step 1: 対象事業年度か確認する（期首が2026/4/1以後か）

期首ベースで判定します。期中の月数按分ではありません。

Step 2: 「基準法人税額」を把握する

法人税申告書（別表）で算定する法人税額のうち、所得税額控除・外国税額控除など一定の税額控除を入れないで計算した金額を確認します。税額控除を多用している会社は、ここが想定より大きくなることがあります。

Step 3: 500万円控除を引く

課税標準法人税額 ＝ max(0, 基準法人税額 － 500万円)

Step 4: 4%を掛けて防衛特別法人税を算定する

防衛特別法人税 ＝ 課税標準法人税額 × 4%

ケーススタディ（実務で多い3パターン）

当法人では、クリニック・中小企業の顧問先で「増税額の見積り」を先に求められるケースが多いため、実務の肌感に近い例で整理します（数字は説明用）。

• ケースA：基準法人税額480万円
  → 480万円－500万円＝マイナス → 防衛特別法人税0円
  → ただし、対象事業年度なら申告書への記載・提出は必要になり得ます。

• ケースB：基準法人税額800万円
  →（800万円－500万円）×4%＝300万円×4%＝12万円
  → 超過300万円分だけに課税されるため、増税インパクトは読みやすい。

• ケースC：税額控除を活用して納付法人税は少ないが、基準法人税額は大きい
  → 納付税額から逆算していると見積りが外れます。税額控除前の土台を必ず申告書ベースで確認してください。

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資金繰りは期末の追加納付を想定する

負担が小さい会社でも、黒字が続くと基準法人税額が500万円を超える局面があります。特に医療法人・クリニックでは設備投資の波で利益が変動しやすいため、概算でよいので「基準法人税額の見込み」→「超過部分×4%」のレンジを作っておくと資金繰りが安定します。

よくある質問

まとめ

• 防衛特別法人税は、2026年4月1日以後開始事業年度から法人税に上乗せされる付加税
• 計算は概ね（基準法人税額－年500万円）×4%（マイナスなら0）
• 500万円控除により、中小企業は税額0になりやすいが、対象年度なら申告実務は要注意
• 税額控除を活用している会社は、納付税額ではなく基準法人税額で試算する
• 決算期で適用開始がズレるため、まず期首が2026/4/1以後かを確認する

参照ソース

• 国税庁「防衛特別法人税が創設されました（パンフレット）」: https://www.nta.go.jp/publication/pamph/pdf/0025004-109_1.pdf
• 財務省「令和８年度税制改正の大綱（令和7年12月26日閣議決定・PDF）」: https://www.mof.go.jp/tax_policy/tax_reform/outline/fy2026/20251226taikou.pdf