執筆者：辻 光明
代表税理士
防衛特別法人税4%とは？中小企業と500万円控除｜税理士が解説
防衛特別法人税4%とは（結論：法人税に「付加税」＋500万円控除）
防衛特別法人税とは、令和8年4月1日（2026年4月1日）以後に開始する事業年度から、法人税に上乗せして課される国税です。計算はシンプルで、「基準法人税額－年500万円」×4%（マイナスなら0）という付加税（付加課税）として整理すると理解しやすい制度です。
経営者の悩みは「結局うちはいくら増えるのか」「中小企業は500万円控除で本当に影響が小さいのか」ではないでしょうか。本記事では、税理士法人 辻総合会計の実務目線で、制度の前提・500万円控除の効き方・シミュレーション手順・申告時の注意点をまとめます。
防衛特別法人税の仕組み（4%のかけ方と「基準法人税額」の意味）
4%は“所得”ではなく“法人税額ベース”にかかる
防衛特別法人税は、利益（所得）に直接4%を掛けるのではなく、一定のルールで算定した「基準法人税額」を土台にします。ここを誤解すると試算がズレます。
ポイントは次の2つです。
- 課税の土台：基準法人税額（法人税の税額計算上の一定の控除等を適用しないで計算した法人税額）
- 控除：年500万円（基礎控除額）
- 税率：4%
「基準法人税額」は“税額控除前”に近いイメージ
実務上は、「法人税の申告書で計算する法人税額」から、所得税額控除・外国税額控除など“一定の税額控除”を入れないで算定した法人税額が基準になります。
つまり、研究開発税制など税額控除を活用している会社ほど、通常の法人税の納付額（実際に払う法人税）よりも、基準法人税額が大きく出る可能性があります。ここは“納付税額”ではなく“計算上の土台”を見る点が重要です。
500万円控除の仕組み（中小企業は“対象外”ではなく“ゼロになりやすい”）
500万円控除は「税額控除」ではなく“課税標準の控除”
よくある勘違いが「中小企業は対象外」「利益が少ない会社は申告しなくていい」です。実際には、制度上の納税義務者は広く設定されており、計算結果がゼロになりやすいのが500万円控除の効果です。
イメージとしては次の通りです。
- 基準法人税額が500万円以下
→（基準法人税額－500万円）が0以下になるため、防衛特別法人税は0 - 基準法人税額が500万円超
→超えた部分に4%がかかる（段差課税に近い効き方）
「500万円控除」で実質負担がどう変わるか（比較表）
下表は、基準法人税額がいくらなら、防衛特別法人税がどの程度になるかを“税額ベース”で示したものです（計算式は単純化）。
| 基準法人税額（A） | 500万円控除後（A-500万円） | 防衛特別法人税（×4%） | 直感的な意味 |
|---|---|---|---|
| 400万円 | 0円 | 0円 | 500万円の枠内 |
| 500万円 | 0円 | 0円 | ちょうど枠内 |
| 600万円 | 100万円 | 4万円 | 超過分だけに4% |
| 1,000万円 | 500万円 | 20万円 | 4%×500万円 |
| 3,000万円 | 2,500万円 | 100万円 | 4%×2,500万円 |
このように、負担は「いきなり法人税全体の4%増」ではなく、500万円を超えた税額部分に対する4%として効いてきます。
負担額シミュレーション（手順：決算期別の適用タイミングも確認）
まず“いつから自社に乗るか”を決算期で判定する
防衛特別法人税は「2026年4月1日以後に開始する事業年度」からです。つまり、決算期によって“最初に対象になる期”が変わります。
- 3月決算：2026年4月1日開始の期（2027年3月期）から対象
- 12月決算：2027年1月1日開始の期（2027年12月期）が最初の対象（2026年は期首が4/1以後ではないため）
試算は次のStepで行うとブレにくい
Step 1: 対象事業年度か確認する（期首が2026/4/1以後か）
期首ベースで判定します。期中の月数按分ではありません。
Step 2: 「基準法人税額」を把握する
法人税申告書（別表）で算定する法人税額のうち、所得税額控除・外国税額控除など一定の税額控除を入れないで計算した金額を確認します。税額控除を多用している会社は、ここが想定より大きくなることがあります。
Step 3: 500万円控除を引く
課税標準法人税額 ＝ max(0, 基準法人税額 － 500万円)
Step 4: 4%を掛けて防衛特別法人税を算定する
防衛特別法人税 ＝ 課税標準法人税額 × 4%
ケーススタディ（実務で多い3パターン）
当法人では、クリニック・中小企業の顧問先で「増税額の見積り」を先に求められるケースが多いため、実務の肌感に近い例で整理します（数字は説明用）。
-
ケースA：基準法人税額480万円
→ 480万円－500万円＝マイナス → 防衛特別法人税0円
→ ただし、対象事業年度なら申告書への記載・提出は必要になり得ます。 -
ケースB：基準法人税額800万円
→（800万円－500万円）×4%＝300万円×4%＝12万円
→ “超過300万円分”だけに課税されるため、増税インパクトは読みやすい。 -
ケースC：税額控除を活用して納付法人税は少ないが、基準法人税額は大きい
→ 納付税額から逆算していると見積りが外れます。税額控除前の土台を必ず申告書ベースで確認してください。
中小企業の税務・経営相談
創業から成長期まで、企業のフェーズに合わせた税務・経営サポートを提供しています。
平日 9:15〜18:15（土日祝休業）
中小企業が注意すべき実務ポイント（申告・資金繰り・税効果）
「申告が増える」点を先に織り込む
防衛特別法人税は、法人税・地方法人税の申告書と一体の様式で取り扱われます。現場では「別葉の提出漏れ」「記載欄の見落とし」が起きやすい論点です。顧問税理士・経理担当のチェックリストに追加してください。
資金繰りは“期末の追加納付”を想定する
負担が小さい会社でも、黒字が続くと基準法人税額が500万円を超える局面があります。特に医療法人・クリニックでは設備投資の波で利益が変動しやすいため、概算でよいので「基準法人税額の見込み」→「超過部分×4%」のレンジを作っておくと資金繰りが安定します。
よくある質問
Q: 防衛特別法人税は中小企業だと“対象外”ですか？
A:
制度上は、各事業年度の所得に対する法人税を課される法人が広く納税義務者とされ、計算結果が0になる要因として「年500万円控除」があります。基準法人税額が500万円以下なら税額は0になりやすい一方、対象事業年度に該当する場合は申告実務が発生し得ます。Q: 「法人税が500万円以下ならかからない」で合っていますか？
A:
厳密には「法人税の納付額」ではなく、一定の税額控除等を適用しないで計算した「基準法人税額」を基に判定します。納付額が少なくても、基準法人税額が500万円を超えることがあるため、申告書ベースで確認するのが安全です。Q: いつの決算から影響が出ますか？
A:
「2026年4月1日以後に開始する事業年度」からです。たとえば3月決算なら2026年4月開始の期（2027年3月期）から、12月決算なら2027年1月開始の期（2027年12月期）からが最初の対象になります。Q: シミュレーションはどの数字を見ればいいですか？
A:
申告書で算定する「基準法人税額」を起点に、（基準法人税額－500万円）×4%で概算します。税額控除を活用している場合は、納付税額から逆算しないことが重要です。個別事情で計算要素が増えるため、決算前の試算を税理士に依頼するのが確実です。まとめ
- 防衛特別法人税は、2026年4月1日以後開始事業年度から法人税に上乗せされる付加税
- 計算は概ね（基準法人税額－年500万円）×4%（マイナスなら0）
- 500万円控除により、中小企業は税額0になりやすいが、対象年度なら申告実務は要注意
- 税額控除を活用している会社は、納付税額ではなく“基準法人税額”で試算する
- 決算期で適用開始がズレるため、まず期首が2026/4/1以後かを確認する
参照ソース
- 国税庁「防衛特別法人税が創設されました（パンフレット）」: https://www.nta.go.jp/publication/pamph/pdf/0025004-109_1.pdf
- 財務省「令和８年度税制改正の大綱（令和7年12月26日閣議決定・PDF）」: https://www.mof.go.jp/tax_policy/tax_reform/outline/fy2026/20251226taikou.pdf
この記事を書いた人
辻 光明
代表税理士
税理士 / 認定経営革新等支援機関
税理士法人 辻総合会計の代表。クリニック開業支援・医療法人設立・クラウド会計導入を得意とし、オンラインでの税務顧問サービスを推進。
ご注意事項
本記事の内容は、公開日時点における一般的な情報提供を目的としており、 特定の個人や法人に対する専門的なアドバイスを構成するものではありません。
税務・会計・法務等に関する具体的なご相談については、 必ず資格を持った専門家にご確認ください。 本記事の情報に基づいて行われた判断や行動により生じた損害について、 当事務所は一切の責任を負いかねます。
記事の内容は法令の改正等により変更される場合があります。 最新の情報については、関係省庁の公式サイト等でご確認ください。