執筆者：辻 勝
会長税理士
クリニックM&Aの流れと手続き注意点｜税理士が解説
クリニックM&Aとは？売却・買収で何が変わるか
クリニックM&Aとは、診療所（または医療法人）の経営主体を移すことで、医院の承継を実現する手法です。院長の高齢化、後継者不在、分院展開などの局面で検討されます。
ただし医療は許認可・保険診療・個人情報の取扱いが絡むため、一般企業のM&Aよりも「手続きの段取り」が結果を左右します。とくに、保険医療機関の指定や、患者情報・診療録の引継ぎ、スタッフ雇用の承継設計は、早期に論点整理が必要です。
税理士法人 辻総合会計では、クリニックの税務・承継のご相談を受ける中で、価格交渉以前に「手続きの詰めが甘く、開院（承継）日程が崩れる」ケースを多く見てきました。まずは全体像を押さえましょう。
事業譲渡と持分譲渡の違い（個人・医療法人で手法が変わる）
クリニックM&Aは大きく「事業譲渡（資産譲渡）」と「持分譲渡（医療法人等）」に分かれます。どちらが適するかで、契約構造と税務、そして手続きが変わります。
| 項目 | 事業譲渡（資産譲渡） | 持分譲渡（医療法人等） |
|---|---|---|
| 対象 | 設備・内装・患者引継ぎスキーム・スタッフ等（契約で選別） | 法人そのもの（権利義務を原則包括） |
| 手続きの山場 | リース/賃貸借/委託契約の巻き替え、開設関連の整理 | 役員変更・ガバナンス、法人内規程の整備 |
| 債務・訴訟 | 原則は引継がない（例外は契約次第） | 原則引継ぐ（簿外債務リスクが重要） |
| 税務の論点 | 売手：譲渡益課税、買手：取得価額の償却/減価償却 | 売手：譲渡所得（持分等）、買手：取得持分の回収設計 |
| 実務で多い形 | 個人診療所の承継で採用されやすい | 医療法人の承継で採用されやすい |
クリニックM&Aの流れ（売却・買収の標準プロセス）
ここでは、最も一般的な進め方を「売手・買手が同時に動く」前提で整理します。各工程で押さえるべき成果物を意識してください。
Step 1: 目的整理とスキーム決定（売手・買手）
- 売手：引退か継続勤務か、承継後の役割、譲れない条件（診療方針・スタッフ処遇）を言語化
- 買手：拡大戦略（分院/専門領域）、収益モデル、統合後の運営体制を設計
- ここで事業譲渡か持分譲渡かを仮決定し、必要手続きの棚卸しを開始
Step 2: ノンネーム資料・秘密保持契約（NDA）
- 先に「匿名情報」でマッチングし、NDA後に詳細情報を開示
- 開示範囲（レセプト情報、カルテ引継ぎ方針、スタッフ情報）を決める
Step 3: 基本合意（LOI）と独占交渉
- 価格レンジ、スケジュール、DD範囲、独占交渉期間を明文化
- ここで「開院（承継）予定日」から逆算して工程表を固めます
Step 4: デューデリジェンス（DD）
- 財務：月次推移、保険/自費比率、費用構造、設備投資、運転資金
- 取引：賃貸借、リース、外注、医療機器保守、IT/予約システム
- 労務：雇用契約、就業規則、未払残業、社会保険加入、退職金制度
- 医療・運用：診療体制、患者層、診療圏、クレーム/インシデント、広告表現
- 法務・コンプラ：個人情報、反社、訴訟、行政指導の有無
DDで見つかった論点は、価格だけでなく「前提条件（CP）」や補償条項で吸収します。
Step 5: 最終契約（譲渡契約/持分譲渡契約）
- 譲渡対象、引継ぎ範囲、表明保証、補償、競業避止、従業員対応を明確化
- 医療特有として、患者への周知、診療録・情報の取扱い、開設・保険指定の段取りを条文化
Step 6: クロージング（引渡し・移行）
- 鍵・口座・機器・在庫・システム権限の引継ぎ
- スタッフ説明会、患者告知、取引先の契約巻き替え
- 保険医療機関の指定、旧指定の廃止届等をスケジュール通りに実行
手続きの実務ポイント（保険指定・個人情報・許認可）
保険医療機関の指定は「取り直し」が発生しやすい
保険診療を行うには、地方厚生（支）局長による保険医療機関の指定が必要です。新たに保険診療を開始する局面では指定申請が論点になります（指定申請の手続）。また、廃止・休止・再開の局面では届出が必要となります。
M&Aでは「経営主体が変わる＝指定関係の手続きが発生する」ため、最終契約前から提出書類・提出先・必要日数を見込んでおくべきです。
- 保険医療機関の指定申請（地方厚生（支）局）
- 保険医療機関の廃止・休止・再開の届出（地方厚生（支）局）
診療録・患者情報の引継ぎは、同意設計が核心
患者情報は要配慮個人情報に該当し、第三者提供や取得の局面で本人同意が重要になります。M&Aでは「旧院→新院」への引継ぎが実質的に発生するため、同意の取り方（書面・院内掲示・手続き導線）を、弁護士・個人情報担当者と一体で設計してください。
とくに、予約システムやCRM、検査会社への委託等がある場合、委託先管理（再委託含む）やアクセス権限の棚卸しが必要です。
医療法上の「開設・管理」論点（管理者・運営体制）
医療提供体制は医療法の枠組みの中で運営されます。M&A後の管理者体制、院内の安全管理、広告表現など、医療法を前提に運用を整える必要があります。買手側は、統合後のガバナンス（責任者、稟議、事故対応）を「運営手順」として文書化しておくと、現場混乱を抑えられます。
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注意点とリスク（価格より先に潰すべき論点）
- スケジュールリスク
保険指定、契約巻き替え、スタッフ承継の並行管理が必要。開院日から逆算し、遅延時の代替案も用意します。 - スタッフ承継リスク
処遇変更は離職に直結します。説明タイミング、労働条件通知、評価制度の移行を段取り化してください。 - レセプト・算定リスク
算定ルール、返戻・査定傾向、委託業務（医事/レセ代行）をDDで確認します。 - 賃貸借・リースリスク
オーナー承諾、連帯保証、原状回復、医療機器リースの中途解約条項は交渉ポイントです。 - 簿外債務・コンプラリスク
持分譲渡では「法人に残るリスク」を前提に、表明保証・補償・エスクロー等で調整します。
よくある質問
Q: 個人の診療所は、そのまま「名義変更」で買収できますか？
A:
実務上は難しいことが多く、事業譲渡をベースに「旧院の廃止手続き」と「新院の開設・保険医療機関の指定申請」を組み合わせて設計します。保険診療を継続するには、地方厚生（支）局での指定申請等の手続きが必要です。Q: M&Aの手続きで一番遅れやすいポイントは何ですか？
A:
多くは「保険指定の段取り」と「個人情報（患者情報・診療録）引継ぎの同意設計」です。契約締結後に論点化すると開院日が遅れるため、基本合意の段階から工程表に落とし込むことを推奨します。Q: 医療法人M&Aで、持分譲渡を選ぶメリットは？
A:
取引・雇用・許認可の巻き替え負担を抑えられる一方、法人に残るリスク（簿外債務等）も引き継ぐため、DDと契約条項（表明保証・補償）が重要になります。個別事情で最適解が変わるため、専門家同席でスキーム選定してください。まとめ
- クリニックM&Aは「価格」より先に、保険指定・個人情報・雇用承継の段取りが成否を分ける
- スキームは事業譲渡と持分譲渡で大きく異なり、手続き・税務・リスク配分が変わる
- 工程は、NDA→基本合意→DD→最終契約→クロージングの順で、開院日から逆算して管理する
- 保険診療の継続には保険医療機関の指定等の手続きを織り込む必要がある
- 患者情報・診療録の引継ぎは、個人情報保護の同意設計を早期に固める
参照ソース
- 地方厚生（支）局「保険医療機関・保険薬局の指定申請」: https://kouseikyoku.mhlw.go.jp/kantoshinetsu/shinsei/shido_kansa/hoken_shitei/ichiran_shitei_shinsei.html
- 地方厚生（支）局「保険医療機関・保険薬局の廃止・休止・再開の届出」: https://kouseikyoku.mhlw.go.jp/kantoshinetsu/shinsei/shido_kansa/hoken_shitei/ichiran_haishi.html
- 個人情報保護委員会「医療・介護関係事業者における個人情報の適切な取扱い」: https://www.ppc.go.jp/personalinfo/legal/iryoukaigo_guidance/
- 厚生労働省「医療法」: https://www.mhlw.go.jp/web/t_doc?dataId=80090000&dataType=0&pageNo=1
この記事を書いた人
辻 勝
会長税理士
税理士 / 行政書士
税理士法人 辻総合会計の会長。40年以上の実務経験を持ち、相続税・事業承継を専門とする。多くの医療法人・クリニックの顧問を務める。
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