クリニック確定申告の経費と節税ポイント｜2026年版 税理士が解説

クリニック確定申告の結論：経費の線引きと節税設計が9割

クリニックの確定申告は、売上（保険・自費）の整理よりも「どこまでを必要経費にできるか」「節税策をどう組むか」で税額が大きく変わります。特に個人クリニックの院長にとっては、経費が過少だと税負担が重くなり、過大だと否認リスクが上がる――このバランスが課題ではないでしょうか。結論として、経費の根拠（目的・金額・証憑）を揃えたうえで、青色申告・減価償却・役員ではなく事業主としての設計（専従者等）を早めに固めるのが最短ルートです。

税理士法人 辻総合会計では、クリニック顧問の実務で「経費の誤解」「消費税の論点」「設備投資の処理」でつまずくケースを多く見ています。本記事は、開業医が年度末に慌てないための実務チェックとしてまとめます。

クリニック確定申告とは：開業医は何を申告する？

個人クリニック（院長＝事業主）の基本

個人で開業している場合、原則は「事業所得」として所得税の確定申告を行います。売上（収入）から必要経費を差し引いた所得に対して、所得税・住民税が課税されます。加えて、条件により消費税申告が必要になることがあります。

医療法人との違い（“確定申告”の意味が変わる）

医療法人の場合、法人税申告が中心で、院長個人は役員報酬や配当等を個人の確定申告で申告します。この記事は主に「個人クリニック」の確定申告を想定しつつ、医療法人でも共通する経費判断の考え方も含めます。

申告期限（2026年版の目安）

令和7年分（2025年分）の所得税・贈与税の申告・納付期限は「令和8年3月16日（月）」、個人事業者の消費税等の申告・納付期限は「令和8年3月31日（火）」が案内されています（国税庁の確定申告特集に基づく整理）。期限直前は予約枠や提出回線が混みやすいため、2月中に「数字の確定」まで進めるのが安全です。

医師が知っておくべき経費：認められる例と判断軸

経費の原則は「事業に必要（業務関連性）」「金額が妥当」「証憑がある」です。クリニックは私生活と混ざりやすく、家事按分と“目的の説明”が要点になります。

クリニックで典型的に経費になりやすいもの

• 医薬品・衛生材料・医療消耗品
• 医療機器の保守料、ソフト利用料（電子カルテ等）
• 人件費（スタッフ給与・賞与・法定福利費）
• 地代家賃、共益費、駐車場代（事業分）
• 水道光熱費・通信費（事業分）
• レセプト請求関連費用、委託費、外注費
• 広告宣伝費（Web制作、看板、求人広告等）
• 研修費・学会参加費（業務関連性が説明できる範囲）
• 損害保険料（事業用）、リース料

グレーになりやすい（説明と按分が必要）

• 自宅兼診療所の家賃・ローン利息、光熱費、ネット回線
• 車両費（ガソリン・駐車場・保険・修理）※訪問診療や通勤混在など
• 接待交際費（相手・目的・内容の記録が重要）
• 書籍・情報サービス（医療関連性が薄いと否認されやすい）

原則としてNGに近い（否認されやすい）

• 明確な私的支出（家族旅行、私的な衣類・嗜好品等）
• 事業との関連性が説明できない高額支出
• 領収書がなく、内容も不明な出金

節税の基本：青色申告・設備投資・制度活用の優先順位

節税は「経費を増やす」よりも、「制度要件を満たして控除を取りにいく」方が再現性が高い傾向があります。

青色申告特別控除（55万/65万円）を取りにいく

青色申告は、一定の帳簿・決算書類を整備した上で申告すると、所得から控除を受けられます。特に青色申告特別控除（最大65万円）は、要件を満たすだけで効果が大きい代表例です。65万円控除は、電子帳簿保存の要件を満たす、またはe-Taxで期限内申告する等の条件があるため、運用（会計ソフト・電子保存・提出方法）まで含めて設計します。

減価償却：高額機器は“買い方”より“処理”が税額に効く

医療機器・内装・什器などは、支出時に全額経費にならず、原則は減価償却で年ごとに費用化します。年度末に導入した機器の処理を誤ると、当期の利益が想定より大きくなり、納税資金が不足することがあります。リース・割賦・購入の違いも含め、契約形態と会計処理をセットで確認します。

クリニック特有の論点：社会保険診療と制度（措置法26）を知っておく

一定の条件下で、社会保険診療に係る必要経費を「租税特別措置法第26条」に基づく計算方法で求める選択肢が案内されています（いわゆる“措置法差額”の考え方）。ただし適用可否には収入規模等の要件があり、全員に有利とは限りません。

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確定申告の方法・手順：開業医が迷わない進め方

期限直前に「レシートの山」から始めると、経費の取りこぼしと否認リスクが同時に増えます。以下の順で進めると、手戻りが減ります。

Step 1: 申告区分を確定する（青色/白色、消費税の有無）
青色申告承認の状況、課税事業者かどうか、インボイス登録の有無などを整理します。ここが確定しないと、必要書類と処理が変わります。

Step 2: 売上を保険・自費で区分し、未収を把握する
支払基金・国保連の入金、窓口収入、自費売上を突合します。月次での突合が難しい場合、少なくとも年末までに整合表を作ります。

Step 3: 経費を「科目」より先に“用途”で整理する
家事按分が必要な支出（家賃・光熱費・車両費・通信費等）を先に抜き出し、按分根拠（面積、使用時間、走行記録など）を決めます。

Step 4: 設備投資・契約（リース/割賦）を棚卸しする
医療機器・内装工事・ソフトウェア等を一覧化し、取得日・金額・用途・契約形態を確認します。減価償却の計算に直結します。

Step 5: 申告書作成と提出（e-Tax推奨）
65万円控除の要件にも関係するため、可能であればe-Taxで期限内提出を基本線にします。提出後は、帳簿・領収書・契約書等の保存体制（紙/電子）を整えます。

よくある失敗と注意点：税務調査・消費税・資金繰り

“経費の取りこぼし”より危険なのは“根拠なき計上”

節税を意識するほど、経費計上が攻めに寄りがちです。重要なのは「説明できる形で計上する」ことです。特に交際費、研修費、車両費は、相手先・目的・業務関連性のメモがあるかどうかで説明力が変わります。

消費税：医療は非課税が多いが、論点が消えるわけではない

保険診療は非課税取引が中心になる一方で、自費診療や物販等の課税売上が混在する場合があります。課税・非課税が混ざると、仕入税額控除や経理処理が複雑になり、年度後半での修正が起きやすい点に注意が必要です。

資金繰り：納税資金は“利益”より“現金残”で見る

医療機器導入や人件費増がある年は、帳簿上の利益と手元資金が乖離しがちです。納税見込みを早めに出し、別口座で積み立てる運用が実務的です。

よくある質問

まとめ

• クリニックの確定申告は「経費の線引き」と「納税資金の見通し」が核心
• 経費は職種ではなく“取引の実態”で判断し、証憑と用途メモで説明力を確保
• 青色申告特別控除と減価償却は、要件と運用を整えるほど効果が安定
• 家事按分・交際費・研修費は根拠づけが重要（記録を残す）
• 申告期限から逆算し、2月中に数字を固めると手戻りとリスクが減る

参照ソース

• 国税庁「令和7年分 確定申告特集」: https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/shinkoku/tokushu/index.htm
• 国税庁「No.2072 青色申告特別控除」: https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/2072.htm
• 国税庁「所得税青色申告決算書(一般用)付表《医師及び歯科医師用》記載要領（PDF）」: https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/shinkoku/tebiki/2024/pdf/043.pdf