医師の所得税｜累進課税の仕組みと税率早見表｜税理士が解説

結論：医師の所得税は「課税所得×税率」で決まる

医師の所得税は、収入（年収・売上）そのものではなく、必要経費や各種控除を引いた課税所得に対して、5%〜45%の累進課税で計算します。勤務医（給与所得）か開業医（事業所得）か、あるいは両方あるかで「所得の作り方」が変わるため、同じ売上・年収でも税額が大きく変わる点が実務上の悩みになりやすいところです。

医師の所得税でまず確認する3つの前提

医師の「税金はいくら？」を判断する前に、次の3点を整理すると計算が一気に明確になります。

• 所得の種類：勤務医は原則「給与所得」、開業医は原則「事業所得」（自由診療の売上等も含め、総収入−必要経費で計算）
• 控除の有無：社会保険料控除、生命保険料控除、扶養控除、医療費控除などで課税所得が減る
• 税率のかかり方：所得税は「全額に同じ税率」がかかるのではなく、区分ごとに税率が上がる（限界税率と平均税率がズレる）

累進課税とは？医師の税率が上がるメカニズム

累進課税とは、課税所得が大きくなるほど高い税率区分が適用される仕組みです。ここで重要なのは次の2点です。

• 限界税率：最後に積み上がった部分にかかる税率（「今増えた100万円」にかかる税率）
• 平均税率：税額÷課税所得（実際の負担感に近い）

例えば課税所得が900万円を超えると、超えた部分は33%の区分になります。したがって「売上が少し伸びた年」「役員報酬や賞与が増えた年」「不動産や配当が乗った年」に、手取りの伸びが鈍化したように感じるのは、この累進構造が背景にあります。

【税率早見表】所得税の速算表と実効税率の見方

所得税は「課税される所得金額」に対して、国税庁の速算表（税率と控除額）で計算するのが基本です（2026年時点でも、令和7年4月1日現在の法令等に基づく速算表が公表されています）。

所得税率（速算表）

計算式はシンプルで、所得税＝課税所得×税率−控除額です。

復興特別所得税（2.1%）の扱い

平成25年から令和19年（2037年）までの確定申告では、所得税に加えて復興特別所得税（原則として基準所得税額の2.1%）を併せて申告・納付します。したがって「所得税額×1.021」を目安にすると概算が掴めます（厳密には端数処理等があります）。

勤務医と開業医で何が違う？（比較表）

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所得税はいくら？医師向けの計算手順とシミュレーション

ここからは「計算の順番」と「よくある金額感」を、実務で再現しやすい形に整理します。

計算手順（開業医・勤務医共通の骨格）

Step 1: 所得区分ごとに“所得金額”を作る
勤務医は給与所得（給与収入−給与所得控除）。開業医は事業所得（総収入−必要経費）。副業や配当、不動産があれば別区分も合算します。

Step 2: 所得控除を差し引き、課税所得を出す
社会保険料控除、生命保険料控除、扶養控除、医療費控除等を差し引きます。

Step 3: 速算表で所得税を計算する
課税所得×税率−控除額で算出します（千円未満切捨て等の端数処理あり）。

Step 4: 復興特別所得税を加算し、最終納付税額を確認する
概算は「所得税×2.1%」を上乗せ（＝所得税×1.021）で把握します。源泉徴収税額や予定納税があれば差し引いて精算します。

シミュレーション例1：課税所得1,000万円の場合（概算）

• 課税所得：10,000,000円（9,000,000円〜17,999,000円の区分）
• 所得税：10,000,000×33%−1,536,000＝1,764,000円
• 復興特別所得税（概算）：1,764,000×2.1%＝37,044円
• 合計（概算）：約1,801,000円

この金額はあくまで「課税所得ベース」です。勤務医で年収が1,000万円でも、給与所得控除や社会保険料控除の後の課税所得はもっと小さくなることが一般的です。

シミュレーション例2：課税所得2,000万円の場合（概算）

• 課税所得：20,000,000円（18,000,000円〜39,999,000円の区分）
• 所得税：20,000,000×40%−2,796,000＝5,204,000円
• 復興特別所得税（概算）：5,204,000×2.1%＝109,284円
• 合計（概算）：約5,313,000円

開業医は必要経費や減価償却の出方で課税所得が振れやすく、結果として税率区分も変動しやすい点が特徴です。

注意点：開業医の所得税で見落としやすいポイント

• 住民税は別枠：所得税の計算が終わっても、住民税（原則一律10%＋均等割）は別途発生します。「所得税だけ見て資金繰りを組む」と納税資金が不足しやすくなります。
• 所得控除と税額控除は別物：控除には「所得を減らす（所得控除）」と「税額を減らす（税額控除）」があります。適用関係で有利不利が変わるため、申告書上の位置づけまで確認が必要です。
• “経費にできる”の範囲は業務実態次第：交際費、旅費、研修費、車両費、家事按分などは、領収書の有無だけでなく業務関連性の説明可能性が重要です。
• 予定納税の有無：前年の税額が一定以上になると予定納税が発生し、納付タイミングが年2回前倒しになります。税率だけでなくキャッシュフローを踏まえた設計が必要です。
• 申告作成は国税庁の作成コーナー活用が安全：計算誤りや必要書類の漏れを減らせます（青色申告決算書等も作成可能）。

よくある質問

まとめ

• 医師の所得税は課税所得に対して5%〜45%の累進課税で計算する
• 速算表は「課税所得×税率−控除額」で税額を素早く求められる
• 復興特別所得税（原則2.1%）が上乗せされるため、概算は所得税×1.021が目安
• 勤務医（給与所得）と開業医（事業所得）で、所得の作り方と実務ポイントが異なる
• 税率だけでなく、住民税・予定納税・資金繰りまで含めて設計することが重要

参照ソース

• 国税庁「No.2260 所得税の税率」: https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/2260.htm
• 国税庁「No.2507 復興特別所得税の源泉徴収」: https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/gensen/2507.htm
• 国税庁「No.1350 事業所得の課税のしくみ（事業所得）」: https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/1350.htm
• 国税庁「確定申告書等の作成（確定申告特集）」: https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/shinkoku/tokushu/kakushin-sakusei/