医療法人化メリット・デメリット｜法人成りのタイミングを税理士が解説

医療法人化とは？個人開業との違い

医療法人化とは、個人（院長）の事業として運営していたクリニックを、医療法人（法人格）として運営する形に切り替えることです。結論から言うと、医療法人化は「節税のため」だけで決めると失敗しやすく、資金繰り・社会保険・承継設計まで含めた経営判断が必要です。

個人開業と医療法人の最大の違いは、利益の帰属先です。個人開業は利益が院長個人に帰属し、所得税（累進課税）で課税されます。一方、医療法人は法人に利益が残り、院長は役員報酬等として受け取る設計になります。

当法人（税理士法人 辻総合会計）では、クリニックの顧問・法人化相談を長年多数扱ってきましたが、「税率の差」よりも「毎年の設計と運用（報酬・退職金・資金残し・承継）」で差が出るケースが一般的です。

医療法人化のメリット

税負担を「分散」できる（所得のコントロール）

個人開業は所得が増えるほど税率が上がります。所得税は5%〜45%の7段階の累進税率です。医療法人化すると、法人に利益を残しつつ、院長個人は役員報酬として受け取るため、所得の山をならす設計が可能になります。

特に、院長の課税所得が高く「高い税率帯」に入っている場合、法人に利益を残す余地が生まれやすい点がメリットです。ただし、法人に残した利益は法人税等がかかるため、後述の損益分岐の考え方が重要です。

退職金・承継など「出口設計」がしやすい

医療法人化は、将来の引退や世代交代を見据えた出口設計と相性が良い手段です。役員退職金の活用余地や、事業の権利義務を法人に集約することで、引継ぎの設計が整理しやすくなります。

一方で、持分（出資）や残余財産の取り扱いは制度上の論点になりやすく、特に古い形態の医療法人が絡む場合は早めの設計が重要です。

信用力・採用・多院展開の土台になりやすい

金融機関との交渉や、採用・組織運営の観点で、法人であることがプラスに働く場面があります。とくに勤務医の採用や分院計画がある場合、「個人の器」から「組織の器」へ移す意義が出やすくなります。

医療法人化のデメリット

社会保険負担が増える可能性が高い

医療法人は原則として社会保険（健康保険・厚生年金）の適用事業所となります。個人開業で国保中心だった場合、法人化により院長・スタッフの保険設計が変わり、手取りや院内コストに影響します。

ここは「税金で得しても、社会保険で相殺される」ことがある代表論点です。必ず税務と社会保険を同じ表で比較し、年間のキャッシュアウトで判断してください。

設立・運営コスト、事務負担が増える

医療法人は設立認可や運営ルールがあり、会計・決算・議事録等の事務が増えます。顧問料や登記費用などの外部コストも増えるため、利益が不安定な時期に無理に法人化すると、固定費化が経営の足かせになり得ます。

利益の出し入れが自由ではない（非営利性・規律）

医療法人は制度上、非営利性が求められ、会社のように自由に利益配当する仕組みではありません。「法人に残した利益は、将来の使い道まで含めて設計する」必要があります。ここが“節税目的だけの法人化”が危険な理由です。

法人成りすべきタイミングと「損益分岐」の考え方

タイミング判断の実務的サイン

法人成り（医療法人化）を検討すべき典型パターンは次のとおりです。

• 利益が毎年安定しており、投資や内部留保の余地がある
• 院長の課税所得が高止まりし、累進税率の影響が重い
• 分院計画、勤務医採用、家族役員の活用など組織化の必要がある
• 引退・承継（後継者、M&A、スタッフ承継等）を見据えたい
• 設備投資（医療機器更新）が定期的にあり、資金残しを強めたい

逆に、患者数・売上が不安定、運転資金が薄い、院長の生活費を毎年大きく変動させる必要がある場合は、法人化が合わないことがあります。

損益分岐は「税率差」ではなく「キャッシュ残高」で見る

損益分岐は、「個人の税率が高いから法人化すれば得」という単純式ではありません。実務では次の3点で判定します。

• 個人側：院長の役員報酬（給与所得）にかかる税・社会保険
• 法人側：法人に残る利益にかかる法人税等
• 資金繰り：毎年の手残り（法人・個人トータルのキャッシュ）

法人税率は法人区分・所得金額等で異なり、中小規模の一般的な法人では年800万円以下の部分に15%が適用される枠があります。一方、所得税は5%〜45%の累進です。したがって、院長個人の所得が高いほど、法人に利益を残す選択肢が効きやすくなります。

簡易シミュレーション例（考え方のイメージ）

前提：年間の「報酬・経費控除前の利益」4,000万円、院長が必要とする生活資金は年間2,500万円、法人に500万円〜1,000万円の投資余力を残したいケース。

• 個人開業：4,000万円が個人所得に寄りやすく、高い税率帯に入りやすい
• 法人化：役員報酬2,500万円＋法人利益1,500万円（投資・内部留保に回す）という設計が可能

このときの損益分岐は「法人利益をどれだけ残すか」「社会保険負担がどれだけ増えるか」で大きく変わります。

比較表：医療法人化の向き・不向き（目安）

関連記事

持分なし医療法人移行の手順｜認定医療法人制度を税理士が解説

持分なし医療法人への移行は、持分放棄と定款変更が要点です。認定医療法人制度を活用した手続きの流れ、税務上の注意点、期限対応までを実務目線で整理します。

続きを読む

医療法人化の進め方（手順）

法人成りは、制度手続きよりも「設計」が重要です。実務では次の順序で進めると失敗が減ります。

Step 1: 現状把握（利益・生活費・投資計画の棚卸し）

直近3期の利益、設備投資予定、借入返済、院長の必要手取り（生活費）を整理します。ここが曖昧だと、法人化後に資金繰りが詰まります。

Step 2: 役員報酬・利益残しの設計（複数案で比較）

「報酬を厚めに取る案」「法人に残す案」など複数パターンで、税・社会保険・キャッシュを並べて比較します。“税額の最小化”より“資金繰りの安全性”を優先するのが医療業の基本です。

Step 3: 承継・出口設計（退職金、持分、次世代）

5〜10年後の引退・承継を想定し、退職金、資産の残し方、後継者への引継ぎ方法を同時に設計します。

Step 4: 実行計画（設立認可・移行スケジュール）

都道府県への認可・登記・契約名義変更（賃貸借、リース、融資、口座等）・スタッフ説明など、移行タスクを工程表に落とします。医療業は止められないため、現場の運用負荷を見込んだスケジュールが必要です。

よくある落とし穴と専門家が見るチェックポイント

医療法人化で多い失敗は、次の3つです。

• 役員報酬を「税金だけ」で決め、社会保険と資金繰りで苦しくなる
• 法人に利益を残したが、将来の使い道（投資・退職金・承継）が設計できていない
• 事務負担・ガバナンスを軽視し、運営が回らない

税理士法人 辻総合会計では、法人化の可否を「損益分岐」だけでなく、診療科特性（自費比率、スタッフ構成、機器更新周期）まで踏まえて検証します。結論が「今はやらない」になることもありますが、その判断が長期的な安定につながるケースは少なくありません。

よくある質問

まとめ

• 医療法人化は節税だけでなく、社会保険・資金繰り・承継まで含めた経営判断が必要
• メリットは「所得の分散」「出口設計」「組織化の土台」
• デメリットは「社会保険負担」「運営コスト」「利益の出し入れの規律」
• 損益分岐は税率差ではなく、法人・個人合算のキャッシュで判定する
• 検討は「現状棚卸し→複数案の試算→出口設計→実行計画」の順で進める

参照ソース

• 厚生労働省「認定医療法人制度の延長等について（社会保障審議会資料）」: https://www.mhlw.go.jp/content/10801000/001341001.pdf
• 国税庁「No.5759 法人税の税率」: https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/hojin/5759.htm
• 国税庁「No.2260 所得税の税率」: https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/2260.htm