執筆者：辻 勝
会長税理士
医療法人の出資持分とは？持分あり・なし対策｜税理士が解説
医療法人の出資持分とは
医療法人の出資持分とは、主に「持分の定めのある医療法人（いわゆる持分あり医療法人）」において、出資者（社員）が法人財産に対して持つ権利を指します。結論から言うと、持分あり医療法人の本質は、退社や解散の局面で財産払戻請求権（または残余財産の分配を受ける権利）が論点になる点です。
持分あり医療法人は相続税評価と経営権のねじれが課題、持分なしは出口設計が核心です。特に院長（理事長）ご本人・ご家族にとって「相続で税負担が重くなる」「承継後に資金流出が起きる」ことが問題になりやすく、早期の方針決定が重要です。
持分あり医療法人の仕組みとリスク
なぜ「相続税評価」が問題になるのか
持分あり医療法人では、出資持分が「財産的価値」を持ち得るため、相続時に相続税評価の対象となり、相続税負担が想定以上に膨らむことがあります。現場では、医業収益が安定し内部留保が積み上がった結果、持分評価が高騰して相続税が重くなる相談がよくあります。
国税実務上、医療法人の出資（持分）評価は、取引相場のない株式（出資）評価の枠組みで検討され、類似業種比準方式等の論点が生じます（医療法人は「その他の産業」として取り扱うなどの考え方が示されています）。
「運営」と「財産権」が衝突しやすい
持分あり医療法人は、医療法上の非営利性（剰余金配当の禁止等）と、出資者の財産権が同居する構造です。そのため、次のような衝突が起きやすくなります。
- 後継者が医業を継ぐ一方、他の相続人が「持分の換金」を求める
- 退社・解散など出口局面で、法人資金の流出圧力が高まる
- 持分が分散して意思決定が複雑化する（ガバナンス低下）
持分あり・持分なしの違い（比較表）
持分なし医療法人（持分の定めのない医療法人）は、出資者が法人財産に対する持分（払戻し・残余財産分配の権利）を持たない形です。制度上の違いを、経営・承継の観点で整理します。
| 項目 | 持分あり医療法人 | 持分なし医療法人 |
|---|---|---|
| 財産の権利 | 出資持分に応じた財産権が論点になり得る | 財産権（持分）がない |
| 相続の主論点 | 持分評価が相続税負担に直結しやすい | 持分評価の論点は原則生じない |
| 出口（退社・解散） | 払戻し・分配の設計が難しく資金流出リスク | 原則として払戻しが前提にならない |
| 承継の設計 | 持分集約・分散防止が重要 | 役員報酬・退職金・賃料など出口設計が重要 |
持分なしへの移行は可能？代表的な選択肢
「持分ありを持分なしにしたい」というニーズは多いですが、方法は複数あり、狙い（相続税負担軽減／ガバナンス改善／親族間調整）によって最適解が異なります。
選択肢1：認定医療法人制度（移行計画認定制度）
認定医療法人制度（持分の定めのない医療法人への移行計画の認定制度）は、一定の要件を満たして移行計画の認定を受け、計画に沿って持分放棄等を進める枠組みです。厚生労働省の案内では、本制度の期限が「令和8年12月31日まで」とされており、利用する場合は当該期日までに移行計画の認定を受ける必要があります。
選択肢2：出資額限度法人への移行
持分の定めのある医療法人が、定款変更等により「退社時・解散時の払戻し（分配）を出資額等に限定する」方向で整理する考え方です。出資者の権利をどこまで調整できるか、定款設計と実務運用の整合がポイントになります。
選択肢3：相続税の特例（納税猶予・税額控除等）の検討
相続が発生した場合、認定医療法人の枠組みと連動した相続税の特例（納税猶予の特例、税額控除の特例）などが論点になります。特例は要件・期限が厳格なため、制度適用を前提に動く場合は、医療法手続と税務手続を同時並行で設計します。
医療機関専門の税理士にご相談ください
40年以上の実績。クリニック・医療法人の経営を税務・会計の両面からサポートします。
平日 9:15〜18:15（土日祝休業）
持分あり医療法人の対策ステップ（実務の進め方）
「何から着手すべきか」を、実務での進め方としてまとめます。税理士法人 辻総合会計でも、持分評価・親族間調整・都道府県手続の段取りを含めて、段階的に整理することが多い領域です。
Step 1: 現状把握（持分・社員構成・内部留保・定款）
出資者（社員）名簿、出資割合、定款（払戻し・残余財産条項）、直近決算の内部留保、遊休資産の有無を棚卸しします。ここで「相続が起きた場合の持分評価レンジ」を試算し、優先順位を決めます。
Step 2: 目的の明確化（相続税・ガバナンス・資金流出のどれを抑えるか）
- 相続税負担を抑えたい
- 親族間紛争を避けたい
- 退社・解散局面の資金流出を抑えたい
目的により、認定医療法人制度、出資額限度、持分移転（贈与・遺言）などの組合せが変わります。
Step 3: スキーム選定と手続設計（医療法×税務の同時設計）
制度活用の場合、都道府県・厚労省の手続要件、株式（出資）評価、相続税の期限（原則10か月）を同時に管理します。特に認定医療法人制度は申請書類の整備に時間がかかるため、逆算が必須です。
Step 4: 社員総会決議・定款変更・移行計画の申請（必要に応じて）
移行計画の認定申請、定款変更の認可、報告書提出など、制度ごとの実務を順に進めます。親族が社員に含まれる場合は、説明と合意形成の場を設け、後日の争いを抑えます。
Step 5: 運用フェーズ（役員報酬・退職金・賃料など出口設計）
持分なし化後も、利益配当はできないため、出口は「報酬・退職金・賃料・役務対価」の設計になります。過大・過少や税務否認のリスクを避け、医療法人の公益性・安定運営と整合する水準に調整します。
よくある質問
Q: 出資持分は「株式」と同じですか？
A:
似た論点（相続税評価など）はありますが同一ではありません。医療法人は剰余金配当が禁止されるなど会社とは性質が異なり、評価や運用上の留意点があります。Q: 持分ありから持分なしへ移行する期限はありますか？
A:
認定医療法人制度を利用する場合、厚労省の案内では制度期限が令和8年12月31日までとされ、当該期日までに移行計画の認定を受ける必要があります。相続が絡む場合は相続税申告期限（原則10か月）も同時に意識します。Q: 持分評価が高すぎると言われました。まず何をすべきですか？
A:
まずは定款・社員構成・直近決算の内部留保・遊休資産の棚卸しを行い、持分評価のレンジと、資金流出リスク（他相続人への換金要求等）を可視化してください。その上で、認定医療法人制度、出資額限度、持分の計画的移転などを組み合わせて検討します。まとめ
- 出資持分は、持分あり医療法人における財産権（払戻し・残余財産分配）が論点になり得る仕組み
- 持分ありは相続税評価と親族間調整が課題、持分なしは報酬・退職金等の出口設計が核心
- 持分なしへの移行は、認定医療法人制度や出資額限度法人など複数の選択肢がある
- 認定医療法人制度は期限管理が重要で、相続発生後は「10か月」の時間制約が現実的
- 個別事情で最適解が異なるため、医療法手続と税務を一体で設計することが重要
参照ソース
- 厚生労働省「持分の定めのない医療法人への移行計画の認定申請について（認定医療法人制度）」: https://www.mhlw.go.jp/stf/seisakunitsuite/bunya/0000205627.html
- 国税庁「No.4150 医療法人の持分についての相続税の納税猶予の特例」: https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/sozoku/4150.htm
- 国税庁「持分の定めのある医療法人が出資額限度法人に移行した場合等の取扱い」: https://www.nta.go.jp/law/bunshokaito/hyoka/040616/01.htm
この記事を書いた人
辻 勝
会長税理士
税理士 / 行政書士
税理士法人 辻総合会計の会長。40年以上の実務経験を持ち、相続税・事業承継を専門とする。多くの医療法人・クリニックの顧問を務める。
ご注意事項
本記事の内容は、公開日時点における一般的な情報提供を目的としており、 特定の個人や法人に対する専門的なアドバイスを構成するものではありません。
税務・会計・法務等に関する具体的なご相談については、 必ず資格を持った専門家にご確認ください。 本記事の情報に基づいて行われた判断や行動により生じた損害について、 当事務所は一切の責任を負いかねます。
記事の内容は法令の改正等により変更される場合があります。 最新の情報については、関係省庁の公式サイト等でご確認ください。