医療法人決算の流れと事業報告書届出｜期限・必要書類を解説

医療法人の決算とは、税務署への法人税申告だけでなく、医療法にもとづく「事業報告書等」の作成・都道府県への届出（いわゆる決算届）まで含めて完了させる一連の手続です。特に、「会計年度終了後3か月以内の届出」を落とすと、行政手続・金融機関対応・ガバナンス面で不利益が生じやすくなります。院長・理事長にとっては「税務」と「医療法人行政」の二重の締切管理が問題になりがちです。

本記事では、医療法人の決算でやるべきことを、事業報告書の作成・届出、経営情報等報告、公告、税務申告の順に、期限と必要書類を中心に解説します。

医療法人の決算とは何か

医療法人の「決算」は、一般的に次の4領域がセットです。

• 会計：月次の締め・決算整理・計算書類（貸借対照表／損益計算書等）の確定
• 医療法務：事業報告書等の作成・監査・機関承認・都道府県への届出（決算届）
• 情報報告：病院・診療所ごとの経営情報等の報告（義務化されている範囲）
• 税務：法人税・消費税等の申告と納付

医療法人は「非営利法人」ですが、税務上は通常の法人と同様に課税関係が発生します。一方で、医療法上は決算書類の行政届出と閲覧制度が設けられており、ここが株式会社等と大きく異なる点です。

個人クリニックの確定申告との違い

個人事業（個人開業医）の場合、決算＝所得税・消費税の確定申告が中心です。医療法人では、これに加えて「都道府県への決算届（事業報告書等）」と「経営情報等報告」が実務の山場になります。

医療法人の事業報告書等とは

医療法人は、毎会計年度終了後、事業報告書、財産目録、貸借対照表、損益計算書、監査報告書、関係事業者との取引の状況に関する報告書などを作成し、都道府県知事へ届出する枠組みが整理されています（医療法の枠組みとしての位置づけ）。この一式を一般に「事業報告書等」と呼びます。

事業報告書等の中身（イメージ）

厚労省資料でも、事業報告書等として代表的に次を挙げています。

• 事業報告書（法人概要・事業の概要）
• 財産目録（負債を含む財産状況）
• 貸借対照表（期末の資産・負債・純資産）
• 損益計算書（期中の収支）
• 監査報告書
• 関係事業者との取引状況に関する報告書　等

「医療法人特有の論点」として、関係事業者（役員や近親者等）との取引の透明性が問われる点は要注意です。MS法人や関連会社との取引がある場合は、契約書・稟議・見積の整備が決算期に効いてきます。

医療法人の届出（決算届）の期限と提出先

結論から言うと、期限管理は「2か月」「3か月」「（一部）4か月」を押さえるのが基本です。

期限の全体像（比較表）

「3か月以内の都道府県届」と「2か月以内の税務申告」を同じ担当者が抱えると、決算が遅れた瞬間に両方が破綻します。したがって、決算整理は“税務2か月”が基準で逆算し、都道府県届出は余裕をもって並走させる設計が安全です。

事業報告書の作成と承認プロセス（手順）

医療法人の決算で躓きやすいのは「書類を作る」よりも、「監査・承認の順番」です。実務の基本形をステップで整理します。

Step 1: 決算整理（棚卸・未払計上・減価償却など）

会計ソフト上で決算仕訳を確定し、貸借対照表・損益計算書のドラフトを作ります。医療法人では、役員報酬、関連当事者取引（賃料・委託費等）、医療機器のリース／購入の区分が論点になりがちです。

Step 2: 事業報告書等の作成（様式に沿って落とし込み）

厚労省の通知で定める様式に沿って、事業報告書・財産目録・BS/PL等を整えます。特に、病院・老健等の有無で様式が分かれるため、テンプレートの取り違えを防ぐ運用が必要です。

Step 3: 監事監査（必要に応じて公認会計士等の監査）

監事が監査報告書を作成します。外部監査が必要な法人は、公認会計士等の監査手続も並行します。ここが遅れると、以降の機関承認が連鎖的に遅延します。

Step 4: 理事会・社員総会等での承認／報告

法人の機関設計（社員総会型、評議員会型等）に従い、理事会承認・社員総会承認／報告の順で確定させます。「誰が何を承認するか」を議事録テンプレで固定化すると、年度替わりの引継ぎが安定します。

Step 5: 都道府県へ届出（決算届）＋閲覧対応の意識づけ

期限内に提出（オンライン／書面は都道府県運用による）します。届出書類は閲覧請求の対象となるため、形式面（押印、ページ、綴じ順）だけでなく、内容面（関連当事者取引の説明可能性）も含めて整合性を取るのが望ましい対応です。

Step 6: 税務申告（法人税・消費税等）と納付

法人税は原則2か月以内に確定申告が必要です。消費税（課税法人の場合）も原則2か月以内で、特例により期限延長がある点は制度確認が必要です。

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公告が必要なケース（貸借対照表・損益計算書）

医療法人の中には、貸借対照表・損益計算書の公告が求められる法人があります。公告方法は官報・日刊新聞・電子公告（ホームページ等）といった選択肢が整理されており、電子公告の場合は一定期間の継続掲載が必要とされています。

実務上は、次の判断を早めに行うと決算期の混乱を避けられます。

• 自法人は公告義務の対象か（規模基準・法人区分）
• 公告方法は何にするか（官報か電子公告か）
• 電子公告の場合、掲載ページのURL・掲載期間・差替ルールをどうするか

公告を外注する場合でも、原稿（要旨／全文）や掲載開始日の確認は法人側の責任で行う必要があります。

よくある失敗と防止策（実務ポイント）

税理士法人 辻総合会計では、クリニック・医療法人の顧問実務の中で、決算期に次のような相談が繰り返し発生します（匿名化して整理しています）。

• 決算届は出したが、経営情報等の報告が漏れていた
• 理事会・社員総会の順番が逆で、議事録を作り直した
• 関係事業者取引の説明資料がなく、都道府県照会に時間を要した
• 税務申告の期限延長は取っていたが、都道府県届出の期限は延長できない前提で詰んだ

対策としては、次の3点が有効です。

• 決算カレンダーを「税務2か月」で組み、都道府県は前倒し（監査・承認のバッファ確保）
• 「関連当事者取引」フォルダを通年管理（契約・見積・稟議・支払根拠）
• 様式と議事録テンプレートの固定化（担当交代に強い）

よくある質問

まとめ

• 医療法人の決算は、税務申告に加えて事業報告書等の作成・都道府県への届出まで含む
• 期限は「税務2か月」「都道府県3か月」を基準に、監査・承認を逆算して設計する
• 経営情報等の報告は事業報告書等と別枠で、電子的届出が推進されている
• 公告が必要な法人は、公告方法と掲載運用を決算前に確定しておく
• 関係事業者取引・議事録・様式の統一が、決算期の事故防止に直結する

参照ソース

• 厚生労働省「医療法人に関する情報の調査及び分析等について」: https://www.mhlw.go.jp/stf/seisakunitsuite/bunya/0000177753_00005.html
• 厚生労働省「医療法人の事業報告書等の届出事務・閲覧事務のデジタル化について（資料）」: https://www.mhlw.go.jp/content/12601000/000849707.pdf
• 厚生労働省「医療法人における事業報告書等の様式について（通知）」: https://www.mhlw.go.jp/content/10800000/001127721.pdf
• 国税庁「法人税及び地方法人税の申告（確定申告書は原則2か月以内）」: https://www.nta.go.jp/taxes/tetsuzuki/shinsei/annai/hojin/shinkoku/01.htm
• 国税庁「No.6601 申告と納税（消費税の確定申告期限等）」: https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shohi/6601.htm