電子的診療情報連携体制整備加算の準備｜2026再編を税理士が解説

導入：電子的診療情報連携体制整備加算とは、何を「できる状態」にする評価か

電子的診療情報連携体制整備加算とは、医療DX（医療のデジタル基盤）に必要な仕組みを「導入した」だけでなく、診療の現場で診療情報・薬剤情報等を安全に取得・活用できる体制を整えている医療機関を評価する加算です。
医療情報取得加算・医療DX推進体制整備加算が再編される流れの中で、院内のシステム、運用、掲示、非常時対応まで含めた体制整備が問われます。とくに院長・事務長にとっては「届出に間に合うか」「ベンダーが対応できるか」「投資が損金・資産計上どちらになるか」が悩みどころではないでしょうか。

本記事では、現行の医療DX関連の施設基準で求められている要素を踏まえつつ、2026に向けて今から準備できることを税理士の視点（投資・契約・税務・証憑）で具体化します。

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電子的診療情報連携体制整備加算と医療DX加算再編の全体像

医療DXに関する評価は、これまで段階的に見直しが続いてきました。現行の制度では、オンライン資格確認で得られる診療情報・薬剤情報の活用、電子処方箋、電子カルテ情報共有サービス等の導入・活用、さらに掲示・Web掲載などが施設基準の柱となっています。
再編後の「電子的診療情報連携体制整備加算」も、名称は変わっても、狙いは一貫して「医療情報を電子的に連携し、現場で活用できる状態を作る」ことにあります。

ここで重要なのは、制度の点数よりも、届出で問われる要件を満たし続ける運用です。届出は通っても、監査・適時調査で「実態がない」と判断されると、返戻や指導につながります。準備はシステム導入だけで終わりません。

電子的診療情報連携 加算要件は何が想定される？（電子処方箋・電子カルテ・オンライン資格確認）

再編後の正式要件は告示・通知を待つ必要がありますが、準備の主戦場は次の4領域です。現行の医療DX関連の施設基準に照らすと、少なくとも以下は外しにくい論点です。

1) オンライン請求・オンライン資格確認が「止まらず回る」状態

オンライン請求・オンライン資格確認は前提インフラです。単に端末があるだけでなく、診察室等で閲覧・活用できる動線（端末配置・権限・操作手順）が重要です。
「取得できる」から「診療で使える」への移行が求められます。

2) 電子処方箋：発行だけでなく、マスタ整備・運用点検まで

電子処方箋は、院内の処方運用・薬局連携・マスタ整備（医薬品コード等）で躓きやすい領域です。ベンダー任せにせず、院内で「誰が」「いつ」「何を」点検するかを決めておく必要があります。
また、電子処方箋はシステム改修だけでなく、受付・会計・処方箋発行のオペレーション変更が発生します。

3) 電子カルテ情報共有：接続可否だけでなく、同意・説明・記録の整備

電子カルテ情報共有サービス等に関しては、接続設定の有無に加えて、患者への説明や同意、運用時の記録・ログ管理が論点になりやすい分野です。
加算は連携の体制評価である以上、医療情報を扱うプロセスの整備（規程・責任者・教育）が重要になります。

4) 掲示・Web掲載：施設基準の「見える化」が監査の入口になる

現行の医療DX関連の施設基準では、体制や情報活用について院内掲示・Web掲載が求められる運用が一般化しています。
ここは「やっているつもり」になりやすく、掲示の文言・場所・更新日・Web反映が揃っているかがチェックされやすいポイントです。

2026に向けた準備手順（チェックリスト）：今からやるべき5ステップ

制度が確定してから動くと、ベンダーの開発・導入が混み合い、届出に間に合わないケースが出ます。準備は先に土台を作っておくのが合理的です。

Step 1: 現状棚卸し（システム・回線・端末・運用）

• オンライン資格確認：設置形態、閲覧場所（診察室等）、操作できる職種、トラブル時の連絡先
• 電子処方箋：対応状況（導入済／未導入／ベンダー開発待ち）、院内フロー変更点
• 電子カルテ情報共有：参加可否、必要な追加契約、同意取得の運用案
• セキュリティ：端末管理、バックアップ、アクセス権限、ログ保管

Step 2: ベンダー・契約の整理（誰が責任を持つかを明確化）

• 電子処方箋・共有サービス対応は、ベンダーの提供範囲が分かれます
• 保守契約に「制度対応」「マスタ更新」「障害対応SLA」が含まれるか確認
• 見積は「初期費用」と「月額費用」を分離し、税務処理（資産／費用）判断の材料にします

Step 3: 院内オペレーション設計（受付〜診療〜会計〜院外連携）

• 受付：マイナ保険証・同意取得、説明資料の整備
• 診療：診療情報・薬剤情報の閲覧手順、参照した事実の記録方法
• 会計：処方箋発行フロー、患者案内、トラブル時の代替手順

Step 4: 届出・掲示・規程（監査に耐える証拠づくり）

• 院内掲示文案（体制・情報活用方針・個人情報の取扱い）
• Web掲載（同じ文言を反映、更新日管理）
• 非常時対応（停電・回線障害時の運用、連絡網、紙運用への切替）

Step 5: 税務・補助金・資金繰りの設計（導入時期を逆算）

• 取得価額・利用開始日・契約期間を整理し、減価償却・リース判定に備える
• 補助金・助成の対象になり得る場合は、交付要綱の要件に合わせて発注・検収・支払のタイミングを調整

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投資コストと税務の考え方（電子処方箋・電子カルテ 2026対応）

医療DXは「点数を取りに行く投資」になりやすい一方、税務では資産か費用かが利益・資金繰りに直結します。とくに電子カルテの改修や周辺機器は、契約形態で処理が分かれやすいので注意が必要です。

つまずきやすいポイント（届出・運用・セキュリティ）と、税理士が見るべき管理ポイント

医療DXの要件対応で多い失敗は、「導入したが現場で使われていない」「掲示やWeb掲載が更新されていない」「非常時対応が形だけ」の3つです。
これらは監査対応だけでなく、患者対応の品質にも直結します。

• 運用責任者を決める（院長／事務長／担当者、ベンダー窓口）
• 点検の証跡を残す（チェックリスト、月次点検、障害記録）
• 受付・診療・会計での手順書を1枚にまとめる（新人でも回る形）
• 取引の証憑を整える（見積→契約→納品/検収→請求→支払の流れを残す）

税務面では、同じ「DX投資」でも処理がブレると、決算で修正が必要になります。資産計上の有無は、単に金額だけでなく「機能追加か」「利用期間がどれくらいか」「契約の実態が何か」で判断が分かれるため、早い段階で会計方針を決めておくとスムーズです。

よくある質問

まとめ

• 電子的診療情報連携体制整備加算は、医療DXの導入ではなく運用できる体制を評価する方向性が強い
• 準備の主戦場は「オンライン資格確認の活用」「電子処方箋」「電子カルテ情報共有」「掲示・Web掲載」の4領域
• 2026直前に動くとベンダー対応が混みやすい。棚卸し→契約整理→運用設計→届出・掲示→税務設計の順で進める
• 投資は資産計上・費用処理が混在しやすい。見積の内訳と利用開始日の証憑を整える
• 非常時対応とセキュリティは形だけになりやすい。点検と証跡管理を仕組みにする

参照ソース

• 厚生労働省「医療DX推進体制整備加算等の要件の見直しについて」: https://www.mhlw.go.jp/content/10808000/001521280.pdf
• 厚生労働省「医療DX推進体制整備加算・医療情報取得加算の見直しについて」: https://www.mhlw.go.jp/content/10200000/001277499.pdf
• 厚生労働省「医療DX推進体制整備加算の見直し（令和7年10月以降）」: https://www.mhlw.go.jp/content/12404000/001439601.pdf
• 厚生労働省「中央社会保険医療協議会 総会（第644回） 議事次第」: https://www.mhlw.go.jp/stf/newpage_69213.html