執筆者：辻 勝
会長税理士
MS法人とは？節税効果と注意点｜医療経営を税理士が解説
MS法人（メディカルサービス法人）とは？結論と全体像
MS法人（メディカルサービス法人）とは、医療法人や個人クリニックとは別に設立し、医療周辺の営利事業（不動産賃貸、物品販売、事務受託など）を担う法人です。院長・理事長の所得を「医療収益」から直接移す仕組みではなく、医療と周辺事業の役割分担と、グループ内取引の設計によって税負担や承継を最適化する発想です。
一方で、節税だけを目的にすると、取引実態や価格の合理性が崩れ、税務上の否認・医療法上の論点が生じやすい点が核心です。
MS法人でできること／できないこと（MS法人 医療法人 違い）
MS法人は株式会社・合同会社など一般の営利法人として設立されることが多く、物販や不動産、事務受託などの事業が可能です。
ただし、医療行為（診療・処方等）はMS法人では行えないため、保険診療収益そのものをMS法人に付け替える設計はできません。医療法人の業務範囲・付随業務の考え方は公的資料でも整理されています。
| 項目 | 医療法人（または個人クリニック） | MS法人 |
|---|---|---|
| 主目的 | 医療提供（診療所等の開設・運営） | 医療周辺の営利事業 |
| 収益源 | 診療報酬・自費診療等 | 賃料、物販、事務受託料、リース料等 |
| 強み | 医療の信用・許認可の枠組み | 事業自由度、利益配分・承継の柔軟性 |
| 注意点 | 医療法・施設基準等 | 取引実態、対価の合理性、消費税負担 |
MS法人の節税効果：どこで差が出るか（MS法人 節税）
MS法人の税務メリットは、医療法人（または院長個人）の「利益構造」と「支出の性質」を組み替えることで生じます。代表的な論点は次のとおりです。
節税効果1：所得分散（法人税の軽減税率帯を意識）
医療法人側で利益が厚くなると、法人税等の実効税率が上がりやすくなります。MS法人へ業務を適正に移管し、利益を分散できれば、グループ全体の税コストが下がる余地があります。
ただし、分散は「実態のある役務提供」と「適正価格」が前提です。
節税効果2：不動産（建物・内装・設備）の保有主体の見直し
院長個人またはMS法人が建物・内装等を保有し、医療法人へ賃貸する設計は、資産の分散や承継設計（後継者が医師でない場合の取り回し等）で効果が出ることがあります。
一方で賃料が相場から乖離すると、税務否認や医療法人のガバナンス上の問題になり得ます。
節税効果3：リース・物販・事務受託（外注化の設計）
MS法人が医療機器・什器を購入して医療法人へリースする、医療材料や消耗品の一部を管理する、レセプト周辺や総務の事務受託を行うなど、周辺業務に収益機会を作る手法です。
この場合も、医療法人側で「何の対価か」が説明できることが重要です。
注意点と否認リスク：税務調査で見られるポイント（MS法人 注意点）
MS法人スキームの成否は、税務上は「通常の取引として合理的か」に集約されます。具体的には次の観点がチェックされます。
1) 役務提供の実態があるか（名義貸し・ペーパーカンパニーの回避）
事務受託料、管理料、コンサル料などは、業務範囲が曖昧だと否認されやすい領域です。業務記録（作業ログ、成果物、稼働時間、担当者、委託範囲）を残し、契約書と整合させる必要があります。
2) 価格が相場・算定根拠に基づくか（寄附金認定・損金否認の論点）
対価が過大な場合、実質的に資金移転とみなされ、損金性が争点になります。一般論として、寄附金の損金算入には限度があり、損金不算入となる領域があるため、「対価性」の説明が重要です。
したがって、見積書、相場資料、原価積上げ（人件費＋間接費＋利益率）などで算定根拠を用意します。
3) 同族会社の行為計算否認の射程
同族関係のある法人間では、形式上は有効な契約でも、税負担を不当に減少させるような「異常な取引形式」が問題化し得ます。MS法人の設計は、まさにこの観点に触れやすいため、過度な節税目的・不自然な価格設定は避けるべきです。
消費税・社会保険・資金繰りの落とし穴（医療法人 MS法人）
MS法人を入れると「法人税だけでなく、消費税と社保・資金繰り」が動きます。ここを見落とすと、節税どころか手残りが減ることがあります。
消費税：医療法人側の控除制限に注意
保険診療は非課税取引が中心のため、医療法人は仕入税額控除が制限されやすい構造です。MS法人から受ける役務提供（課税取引）の消費税は、医療法人側で控除しきれずコスト化する可能性があります。
このため、消費税の控除制限を織り込んだ上で、MS法人へ移す業務範囲・価格を再設計する必要があります。
社会保険：役員報酬・雇用の二重管理
MS法人に家族役員を置き報酬を出す場合、実態と職務内容に合わない設定は税務・労務双方の論点になります。グループで雇用契約・出向契約を整理し、指揮命令系統と給与負担の一致を取ることが実務上重要です。
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MS法人導入の方法／手順：設立から運用まで（MS法人 設立 手順）
MS法人は作って終わりではなく、運用で証拠が積み上がる設計が必要です。導入は次の順で進めるとブレが少なくなります。
Step 1: 目的と業務範囲の棚卸し
医療法人（または院長個人）で行っている業務を「医療行為」「医療付随」「一般事業」に分解し、MS法人へ移せる領域を確定します。
Step 2: 取引スキームの設計（契約書の骨子）
賃貸借、業務委託、リース、物販など、取引類型ごとに契約書を整備します。業務委託は、成果物・稼働・責任範囲・再委託可否まで明確化します。
Step 3: 価格決定ルールの策定（相場・原価積上げ）
見積取得、相場資料、原価計算（人件費・間接費配賦・利益率）を用い、価格算定根拠を残します。取引価格の合理性が説明できる形にします。
Step 4: 運用証拠の仕組み化（ログ・請求・承認）
月次で、作業ログ、請求書、検収書、稟議・承認フローを残します。税務調査対応は「書類の一貫性」が決定打になります。
MS法人を検討すべきタイミング：ケーススタディで整理
当法人（税理士法人 辻総合会計）では、MS法人の相談は「利益が出ているから」だけではなく、承継・人材・投資戦略とセットで検討するケースが多い印象です。
典型ケース：利益が厚いが投資も増えるクリニック
- 状況：医療法人の利益が継続的に高い。内装更新・機器入替が周期的に発生。
- 打ち手：MS法人で設備保有・リース、物販や自費の周辺サービスを整理し、医療法人の損益を平準化。
- 注意：消費税コストと価格根拠を先に詰めないと、手残りが悪化することがあります。
典型ケース：後継者が医師ではない／家族承継を視野
- 状況：医療法人の後継は医師要件があり、事業承継の設計が難しい。
- 打ち手：MS法人で不動産・周辺事業を保有し、非医師の家族へも承継可能な領域を作る。
- 注意：医療法人との取引条件が恣意的になりやすいので、外部相場の裏付けが重要です。
よくある質問
Q: MS法人を作れば必ず節税になりますか？
A:
いいえ。節税効果は「医療法人の利益水準」「移管する業務の実態」「価格設定」「消費税の控除制限」次第です。特に医療法人側で消費税が控除できない場合、MS法人への外注化がコスト増になることがあります。Q: MS法人の“管理料”はいくらが適正ですか？
A:
一律の正解はありません。業務範囲（何を、どの頻度で、誰が、どの成果物を出すか）を定義し、人件費・間接費配賦・利益率を積み上げるか、外部見積と比較して根拠を作ります。根拠が弱い定額設定は否認リスクを高めます。Q: 医療法人とMS法人の役員を同じにしても大丈夫ですか？
A:
兼務そのものは会社法上直ちに否定されませんが、ガバナンスと利益相反管理が厳しく問われます。税務上も同族関係が強いほど取引の合理性説明が重要になるため、実態・承認プロセス・価格根拠を厚く整備してください。まとめ
- MS法人は医療周辺の営利事業を担う法人で、医療行為そのものは行えない
- 節税効果は所得分散・資産保有・外注化で出るが、実態と価格根拠が前提
- 過大な対価や曖昧な業務委託は、寄附金認定や行為計算否認などのリスクを招く
- 医療法人側の消費税控除制限により、MS法人取引がコスト増になる場合がある
- 導入は「業務棚卸し→契約→価格ルール→運用証拠」の順で設計する
参照ソース
- 厚生労働省「医療法人の業務範囲（PDF）」: https://www.mhlw.go.jp/content/10800000/000547146.pdf
- 国税庁「No.5281 寄附金の範囲と損金不算入額の計算」: https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/hojin/5281.htm
- 国税不服審判所等（公的裁決紹介）「同族会社の行為又は計算の否認」: https://www.kfs.go.jp/service/MP/02/1001000000.html
この記事を書いた人
辻 勝
会長税理士
税理士 / 行政書士
税理士法人 辻総合会計の会長。40年以上の実務経験を持ち、相続税・事業承継を専門とする。多くの医療法人・クリニックの顧問を務める。
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