執筆者：辻 勝
会長税理士
一人医師医療法人とは？設立要件と運営のポイント｜税理士が解説
一人医師医療法人とは、実質的には院長（医師）一人で診療所を運営しつつ、法的な器として医療法人（多くは持分の定めのない社団医療法人）を設立して経営する形態です。結論として、一人医師医療法人は「人の要件（役員・社員の構成）」と「運営の非営利性・ガバナンス」を満たせるかが成否を分けます。
一方で、節税だけを目的にすると、役員報酬の損金算入要件や、MS法人スキームの利益相反、社会保険コストなどで想定外の負担が生じがちです。個人クリニックの法人化を検討中の先生に向けて、設立要件と運営の実務ポイントを整理します。
一人医師医療法人とは（定義とよくある誤解）
「一人」とは“実務上の中心が一人”という意味
一人医師医療法人は、院長が医師として診療の中核を担い、意思決定も院長主導で行われることが多い、という実務上の呼称です。法的には医療法人としての機関設計が必要なため、文字どおり「役員も社員も一人だけ」で完結するわけではありません。
新規設立は原則「持分なし」が前提
現在の新規設立は、原則として持分の定めのない医療法人（社団）で設計するのが基本です。持分あり医療法人は新規設立できない前提で制度が組まれており、承継や相続の論点も「持分なし」前提で検討する必要があります。
資金面は基金拠出型が選択肢になりやすい
持分のない社団医療法人では、活動原資の調達手段として基金制度を採用するケースがあります。基金拠出型は「拠出者に返還義務を負うが、剰余金配当を目的としない」という非営利性を維持しつつ資金調達を図る制度で、定款規定と手続設計が重要です。
設立要件と手続き（医療法・都道府県認可の実務）
役員・社員の人数要件が核心
医療法人には機関（理事・監事等）を置く必要があり、一般に理事3名以上・監事1名以上が基本線となります。さらに、監事は理事や職員を兼ねられず、欠格事由の確認も必要です。
一人医師医療法人では、家族等に理事就任を依頼する例が多い一方、自治体によっては「監事の独立性（親族関係や取引関係）」を厳格に見られることがあるため、早期に確認して設計するのが安全です。
設立の流れ（ステップ形式）
Step 1: 事前設計（目的・体制・スキームの確定）
法人化の目的（承継、信用、分院展開、資金調達、所得分散等）を明確化します。あわせて、役員候補（理事・監事）と社員構成、賃貸借や医療機器リースの承継方針、資金繰り計画を固めます。
Step 2: 定款（寄附行為）・事業計画・収支計画の作成
医療法人は非営利性の要請が強いため、定款の記載と事業計画の整合性が審査の中心になります。基金制度を採用する場合は、基金募集・返還の定めを含めて設計します。
Step 3: 都道府県の事前相談・説明会参加
自治体によっては説明会参加が実質必須です。提出書類の事前チェックで差戻しを減らし、スケジュールを確定します。
Step 4: 設立認可申請・審査対応
役員の適格性、資産負債の状況、診療所の実体、契約関係（建物賃貸借、管理委託、MS法人取引等）が確認されます。
Step 5: 認可後の登記・各種届出・運用開始
登記後、保健所・厚生局・税務署等への届出、給与支払・社会保険の整備、会計基準（医療法人会計）への対応を行い運用に入ります。
個人クリニックの法人化で変わる税務・社会保険のポイント
所得税（累進）から法人課税へ、設計は「役員報酬」が中心
法人化すると、院長個人の事業所得中心の世界から、法人利益と役員報酬（給与所得）の組み合わせに変わります。ここで重要なのが、役員給与の損金算入要件です。定期同額給与・事前確定届出給与などの要件を外すと、法人側で損金にならず、税負担が増えるリスクがあります。
税理士法人 辻総合会計でも、法人化後の「報酬設計だけが先行し、決議・届出・運用が追いつかない」ケース相談が多く、制度要件と実務運用をセットで設計することを重視しています。
法人税率の目安と「適用除外」の論点
一般論として中小法人の軽減税率が論点になりますが、医療法人には適用関係で注意点があり、年800万円以下部分の税率が変わるケースがあります。税率だけで単純比較せず、利益水準・役員報酬・退職金・設備投資計画と一体で試算するのが実務的です。
MS法人との違い（役割分担とリスク）
MS法人は「営利法人」、医療法人は「非営利性の強い法人」
MS法人（いわゆるメディカルサービス法人）は、清掃・受付業務・物品販売・不動産賃貸などを担う営利法人として設計されることが一般的です。一方、医療法人は医療提供主体としての非営利性が求められ、行政監督・事業報告等の枠組みの中で運営されます。
取引設計は利益相反の管理が最重要
MS法人を併用する場合、医療法人とMS法人の取引（賃料、業務委託料、物品販売、管理料）が適正価格か、意思決定が適切かが問われます。自治体の運用では、取引関係にある営利法人の役職員が医療法人側の役員・社員に入ることを慎重に見る例もあり、利益相反管理（契約書整備、見積比較、議事録、監事監査）が不可欠です。
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一人医療法人の運営ポイント（ガバナンス・資金・出口設計）
役員体制は「名義」ではなく「機能」させる
一人医療法人では、理事会・社員総会が形式化しやすい傾向があります。しかし、任期管理、選任決議、欠員補充、監事監査などは運営管理指導でも重視されます。議事録の整備、権限分掌、規程類の整備を最初から運用前提で作ることが重要です。
キャッシュフロー設計：役員報酬・退職金・設備投資を一本化して考える
医療法人は「配当で自由に抜く」発想が取りづらく、資金移動の中心は役員報酬・退職金・賃料・委託費になります。将来の承継や引退を見据えるなら、退職金原資の積立、設備更新サイクル、金融機関とのコミュニケーションを早期に設計してください。
持分あり法人を抱える場合は制度対応も視野に
既存の持分あり医療法人（過去設立）を引き継いでいる場合、持分なしへの移行計画（認定医療法人制度）が論点になります。制度は期限措置であり、最新の延長状況・税制措置の取扱いを確認したうえで、相続・贈与・解散時の出口を設計します。
比較表：一人医師医療法人・個人・MS法人の違い
| 項目 | 個人クリニック（個人事業） | 一人医師医療法人 | MS法人（営利法人） |
|---|---|---|---|
| 法的性格 | 個人の事業 | 医療法上の法人（非営利性が強い） | 会社法上の営利法人 |
| 中心となる収入の形 | 事業所得 | 役員報酬＋法人利益 | 取引対価（賃料・委託費等） |
| ガバナンス | 代表者の裁量が大きい | 役員・監事、議事録、監督が重要 | 株主・取締役会等（設計次第） |
| 行政手続き | 開設・変更の届出中心 | 設立認可・事業報告等、運用も継続対応 | 医療提供主体ではない（設計に注意） |
| 留意点 | 所得税の累進・承継 | 役員要件・非営利性・運用負荷 | 利益相反・適正価格・実態要件 |
よくある質問
Q: 一人医師医療法人は、本当に「院長一人」だけで作れますか？
A:
実務上は院長が中心でも、医療法人は役員・監事などの機関設計が必要で、一定人数の理事・監事を置くことが求められます。自治体ごとの運用（監事の独立性など）もあるため、所管の都道府県の要領で確認してください。Q: MS法人を作れば、医療法人の利益を自由に移せますか？
A:
その発想は危険です。医療法人とMS法人の取引は利益相反の対象になりやすく、適正価格・契約書・意思決定の妥当性が問われます。医療提供の質や資金繰りを損なう設計は行政・税務の両面でリスクになります。Q: 法人化すると必ず節税になりますか？
A:
必ずではありません。役員報酬の設計、社会保険の適用、法人税の取扱い、将来の退職金・設備投資まで含めた総合設計が必要です。利益水準とライフプランに応じて試算し、法人化の目的と整合するかを判断するのが合理的です。まとめ
- 一人医師医療法人は「実務の中心が一人」でも、機関設計と運用（役員・監事、議事録）が必須
- 新規設立は原則として持分の定めのない社団医療法人が前提になりやすい
- 基金拠出型を採用する場合は、定款規定と募集・返還手続の整備が要点
- 役員報酬は損金算入要件を外すと税負担が増えやすく、運用設計が重要
- MS法人併用は利益相反管理と適正価格の説明可能性が核心
参照ソース
- 厚生労働省「医療法人・医業経営のホームページ」: https://www.mhlw.go.jp/stf/seisakunitsuite/bunya/kenkou_iryou/iryou/igyou/index.html
- 千葉県「医療法人の設立」: https://www.pref.chiba.lg.jp/iryou/houjin/iryouhoujnseturitu.html
- 千葉県（資料）「役員要件（理事・監事等）」: https://www.pref.chiba.lg.jp/iryou/houjin/documents/yakuinyouken.pdf
- 厚生労働省（資料）「認定医療法人制度の延長等について」: https://www.mhlw.go.jp/content/10801000/001341001.pdf
- 国税庁「No.5211 役員に対する給与」: https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/hojin/5211.htm
- 国税庁「No.5759 法人税の税率」: https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/hojin/5759.htm
- 厚生労働省（通知）「医療法人の基金について」: https://www.mhlw.go.jp/topics/bukyoku/isei/igyou/igyoukeiei/shintuti/shintuti07.pdf
この記事を書いた人
辻 勝
会長税理士
税理士 / 行政書士
税理士法人 辻総合会計の会長。40年以上の実務経験を持ち、相続税・事業承継を専門とする。多くの医療法人・クリニックの顧問を務める。
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