空き家3000万円控除の条件と手続き｜2026年版を税理士解説

導入：相続した空き家の売却で使える3000万円控除とは

相続した実家が空き家のままだと、固定資産税や管理負担が重く、売却も「古家付きで売るべきか、解体すべきか」で迷いやすいテーマです。結論として、一定条件を満たす相続空き家の売却は、譲渡所得から最大3,000万円を控除できる特例があります。適用には期限・家屋の要件・確認書取得・確定申告が揃って初めて成立するため、手続き順序の設計が重要です。

空き家3000万円控除（被相続人居住用の特例）とは

「空き家3000万円控除」は、正式には被相続人の居住用財産（空き家）に係る譲渡所得の特別控除の特例です。相続等で取得した一定の家屋・敷地を売却したとき、譲渡所得から最高3,000万円を控除できます。適用期間は平成28年4月1日から令和9年12月31日までとされています。

また、令和6年（2024年）1月1日以後の譲渡では、相続人が3人以上の場合の控除上限が2,000万円に引き下げられる点に注意が必要です。

どの税金が減るのか（相続税ではなく所得税・住民税）

この特例が減らすのは、売却益（譲渡所得）に対する所得税・住民税です。相続税の計算に直接影響する制度ではありません。売却益が出る見込みがある場合ほど効果が大きく、取得費が不明で概算取得費（5%）になりやすい相続不動産では実務上よく使われます。

適用条件チェック：対象物件・期限・売り方の要点

ここが最重要です。要件を一つでも外すと適用できません。国税庁の整理に沿って、実務的にチェックしやすい順にまとめます。

対象となる家屋の要件（古い戸建て・単身居住が基本）

特例対象の「被相続人居住用家屋」は、相続開始直前に被相続人が住んでいた家屋で、次の要件すべてを満たす必要があります。

• 昭和56年5月31日以前に建築されたこと
• 区分所有建物登記（マンション等）でないこと
• 相続開始直前に被相続人以外の居住者がいなかったこと（同居があると原則対象外）

なお、被相続人が要介護認定等を受けて老人ホーム等へ入所していた場合でも、一定要件を満たせば対象になり得ます（いわゆる「老人ホーム特例」）。

売却の期限と金額（3年以内・1億円以下）

売却期限は、相続開始日から3年を経過する日の属する年の12月31日までです（例：2026年3月10日に相続開始なら、期限は2029年12月31日）。この期限は、相続開始から3年経過年の12月31日までと覚えると整理しやすいでしょう。

また、要件として売却代金が1億円以下であることが必要です。共有で複数回に分けて売る場合は合算判定になるため、後から1億円を超えると修正申告が必要になることがあります。

どんな売り方なら対象になるか（耐震/解体と時期）

売却パターンは大きく3つです。令和6年（2024年）以後は「売却後に買主が解体/耐震」を行うケースも対象に含まれました。

対象外になりやすいケース（賃貸・居住・親族売買）

次のようなケースは、要件を外れやすい代表例です。

• 相続後に賃貸に出した、事業で使った、誰かが居住した
• 親子・夫婦など「特別の関係がある人」へ売却した
• そもそもマンション（区分所有）だった
• 売却前後のタイミングで要件（耐震/解体、期限）を満たさない

手続きの流れ：確認書取得から確定申告まで（6ステップ）

以下は、税理士法人 辻総合会計が相続不動産の譲渡相談で通常行う、実務順序に沿った流れです。

Step 1: 相続関係を確定し、遺産分割・名義を整理する

共有のまま売却するか、換価分割にするかで契約・入金・申告が変わります。相続人が3人以上なら控除上限が2,000万円になる点も、早期に共有者へ共有しておく必要があります。

Step 2: 物件が「被相続人居住用」に該当するか事前診断する

建築時期（昭和56年5月31日以前）、区分所有でないこと、相続開始直前の居住状況を確認します。老人ホーム入所がある場合は、入所要件と「家屋の一定使用（家財保管等）」の実態確認が重要です。

Step 3: 売却パターン（A/B/C）を決め、解体・耐震・特約を設計する

買主側で解体する場合は、譲渡後に要件を満たせなければ特例が飛びます。特約の文言や工事の期限管理は、売買仲介会社と早めにすり合わせるべき論点です。

Step 4: 市区町村で「被相続人居住用家屋等確認書」を取得する

確定申告の添付書類に必要です。住民票の記載だけで確認できない場合も、代替書類やヒアリングで交付されることがあります。

Step 5: 売買契約・決済（譲渡）を行い、証明書類を揃える

登記事項証明書、売買契約書、耐震基準適合証明書（必要な場合）など、申告添付に必要な証憑を整理します。

Step 6: 翌年の確定申告で特例を適用する

譲渡所得の内訳書（計算明細書）とともに、確認書等を添付して申告します。申告しなければ控除は受けられません。

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必要書類と取得先：チェックリスト

確定申告時の添付書類は、売却形態によって一部変わりますが、基本は次の通りです。

• 譲渡所得の内訳書（確定申告書付表兼計算明細書）［土地・建物用］
• 登記事項証明書等（建築時期、区分所有でないこと、相続取得を確認できるもの）
• 市区町村長が交付する被相続人居住用家屋等確認書
• （耐震が要件となる場合）耐震基準適合証明書等
• （解体した場合）除却を確認できる書類（閉鎖事項証明書、請負契約書等）
• 売買契約書・領収書、仲介手数料など譲渡費用の証憑

注意点と実務の論点：失敗を避けるためのポイント

「空き家のまま」ではなく「使っていない」ことが重要

相続後に一時的に誰かが住んだ、短期で貸した、事務所として使った場合でも、要件（事業・貸付・居住に供していない）が崩れる可能性があります。「片付けのために短期滞在した」程度でも、実態次第で判断が分かれ得るため、証拠（電気・水道の使用状況、写真、鍵管理）も含めて慎重に扱ってください。

老人ホーム入所は対象になり得るが、要件が細かい

要介護認定等と施設の種類、家屋の継続保管利用、第三者の居住・賃貸がないことなど、確認ポイントが多岐にわたります。入所期間が長いほど、家屋の管理実態を示す資料の準備が重要になります。

相続人が多いと、税額メリットが想定より小さくなる

令和6年1月1日以後の譲渡で相続人が3人以上の場合、控除上限は2,000万円です。共有での売却では、売却判断の前に各人の譲渡所得の見込み（取得費・譲渡費用・持分）を簡易試算しておくと合意形成がスムーズです。

他の特例との併用関係に注意する

相続財産を譲渡した場合の取得費加算の特例など、他制度との併用可否が問題になります。適用関係の整理を誤ると、後から更正の請求や修正申告が必要になることがあります。

よくある質問

まとめ

• 相続空き家の売却は、譲渡所得から最大3,000万円を控除できる特例がある
• 対象は「昭和56年5月31日以前の戸建て」「単身居住」など要件が厳格
• 期限は相続開始から3年経過年の12月31日、売却後解体/耐震は翌年2月15日が鍵
• 添付書類の中心は「被相続人居住用家屋等確認書」と譲渡所得の内訳書
• 共有・老人ホーム・売却後解体などは判断が分かれやすく、事前診断が重要

参照ソース

• 国税庁「No.3306 被相続人の居住用財産（空き家）を売ったときの特例」: https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/joto/3306.htm
• 国税庁「No.3307 被相続人が老人ホーム等に入所していた場合の被相続人居住用家屋」: https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/joto/3307.htm
• 国土交通省「空き家の発生を抑制するための特例措置（空き家の譲渡所得の3,000万円特別控除）」: https://www.mlit.go.jp/jutakukentiku/house/jutakukentiku_house_tk2_000030.html