執筆者：辻 光明
代表税理士
補助金・助成金の会計処理｜収益計上タイミングを税理士が解説
補助金と助成金とは？違いを先に整理
補助金・助成金はどちらも国や自治体等から受ける給付ですが、会計処理で迷う原因は「制度ごとに支給条件と手続きが違い、権利確定のタイミングが揃わない」点にあります。まずは違いを押さえましょう。
| 項目 | 補助金 | 助成金 |
|---|---|---|
| 目的 | 政策目的（設備投資・販路開拓等）を促進 | 雇用・人材・処遇改善など要件充足を支援 |
| 採択 | 公募・審査（採択枠あり）が多い | 要件を満たせば支給（枠が比較的少ない）傾向 |
| 入金時期 | 事後精算型が多く、遅れやすい | 申請後の審査を経て支給（こちらも後払いが多い） |
| 会計上の論点 | 設備取得なら圧縮/繰延など選択が発生 | 人件費等の補填として営業外収益扱いが多い |
| 税務上の基本 | 原則、益金（課税）になり得る | 原則、益金（課税）になり得る |
税理士法人 辻総合会計では、クリニックや中小企業の会計・税務支援を30年以上行う中で、「入金された年度に雑収入で処理したら、実は前期の確定通知分だった」という期ずれ相談が繰り返し発生しています。最初に判断軸を決めておくことが重要です。
収益計上のタイミングは「入金日」ではない
結論から言うと、会計処理の基本は「入金日」ではなく、支給を受ける権利が実質的に確定した日（条件を満たし、金額が合理的に見積もれ、回収可能性が高い状態）に基づいて収益計上を検討します。
ただし補助金・助成金は、交付決定→実績報告→額の確定→入金、という段階を踏むことが多く、「どの段階で確定とみるか」が制度ごとに異なります。判断のブレをなくすため、社内ルールを手順化すると実務が安定します。
収益計上タイミングの判断手順（実務版）
Step 1: 制度の支給条件を分解する
・交付決定があれば無条件に支給されるのか
・実績報告や検査により減額・不支給になり得るのか
・返還条件（違反時返還、収益発生時返還など）があるか
Step 2: 証憑の「決め」を作る
一般的には次の書類が強い根拠になります。制度により呼称が異なるため、実物の文言を確認してください。
・交付決定通知（採択の通知）
・額の確定通知（「交付すべき額が確定」等の通知）
・支給決定通知（助成金で用いられることが多い）
Step 3: 未収計上の可否を判定する
・金額が合理的に見積もれる（見積差が軽微）
・条件充足が客観的に説明できる
・入金可能性が高い（形式的な手続き残のみ）
上記を満たすなら、決算で未収入金（または未収補助金）を計上し、対応する収益を認識します。
Step 4: 期ずれ・返還リスクの注記を決める
・確定前なら「見積計上はしない」運用も合理的
・見積計上するなら、後日の減額・返還時の処理（戻入・雑損）をルール化
資産取得型（設備投資）の補助金：圧縮記帳・繰延の考え方
設備投資の補助金（例：機械装置、システム導入、建物附属設備など）は、会計処理に選択肢が出やすい領域です。実務では次の2つを押さえると整理できます。
- 決算書上の表示（補助金収入の計上方法）
- 税務上の取扱い（圧縮記帳の適用可否）
代表的な会計処理パターン（概念整理）
| パターン | 会計処理のイメージ | メリット | 注意点 |
|---|---|---|---|
| 総額表示（補助金収入を計上） | 補助金収入を計上し、必要に応じて圧縮等 | 取引の実態が見えやすい | 収益が大きく見える |
| 控除方式（取得価額から控除） | 資産取得価額を実質負担額に近づける | 減価償却が実態に近い | 税務とのズレに注意 |
| 繰延収益方式 | 受領時に繰延→耐用年数で取崩 | 期間対応が明確 | 科目設計・取崩管理が必要 |
どれが正解というより、会社の会計方針（中小会計要領の採用、金融機関説明のしやすさ、固定資産管理の運用）で決めるのが現実的です。
仕訳例：機械500万円、補助金200万円（事後精算型）
前提：決算日までに額の確定通知があり、入金は翌期。
-
資産購入時
（借）機械装置 5,000,000／（貸）普通預金等 5,000,000 -
額の確定通知を受け、権利が確定（決算仕訳）
（借）未収入金（未収補助金） 2,000,000／（貸）補助金収入 2,000,000 -
翌期に入金
（借）普通預金 2,000,000／（貸）未収入金 2,000,000
税務上、要件を満たす場合は圧縮記帳により、補助金相当額を固定資産から控除する考え方（損金算入の特例）を検討します。ここは申告書作成とセットで設計する領域です。
運転資金型（人件費・家賃等）の助成金：雑収入・営業外収益の実務
雇用関係助成金など、経費補填型は「補填の対象が費用」であるため、決算書上は営業外収益（雑収入、助成金収入等）で処理するケースが多くなります。
ここで重要なのは、費用側は発生主義で計上されるため、助成金収益だけ入金主義にすると損益が歪むことです。要件充足と証憑が揃うなら、決算で未収計上して期間対応を取る方が説明しやすくなります。
消費税の論点：課税売上ではないことが多い
国・自治体の補助金や助成金は、一般に「資産の譲渡等の対価」ではないため、消費税の課税対象外（不課税）となる整理が基本です。売上区分の設定ミスは申告エラーの温床になるため、会計ソフトの税区分まで必ず確認してください。
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よくある失敗と、決算前にやるべきチェックリスト
補助金・助成金は、経理担当者だけで完結せず、現場（申請担当）と連携が必要です。決算直前に慌てないためのチェックポイントをまとめます。
- 申請一覧（制度名、対象経費、交付決定日、実績報告日、確定通知日、入金予定日）を台帳化しているか
- 決算日までに「額の確定」相当の通知がある案件を洗い出したか
- 未収計上する案件について、根拠資料（通知文、要綱、実績報告控、計算根拠）を揃えたか
- 減額・返還の可能性がある案件を区分し、保守的に処理するルールがあるか
- 消費税の税区分（不課税/対象外など）を統一できているか
ケーススタディ（匿名化）：期ずれを防いだ例
ある医療関連事業者で、12月決算。助成金の支給決定通知が12月、入金が翌年2月でした。以前は入金時に雑収入計上していましたが、金融機関向けに業績説明が難しく、当期の人件費増が過大に見えていました。
運用を「支給決定通知が決算日までにあるものは未収計上」に変更し、収益と費用の対応が取れたことで、月次・決算のブレが大幅に縮小しました。ポイントは、通知文の保管場所を決め、経理が必ず確認できるワークフローにしたことです。
よくある質問
Q: 交付決定通知があれば、決算で収益計上してよいですか？
A:
一概には言えません。交付決定後でも、実績報告や検査で減額・不支給となり得る制度が多いためです。実務では「額の確定通知」「支給決定通知」など、金額確定の証憑があるかで権利確定を判断し、未収計上の可否を決めるのが安全です。Q: 補助金は必ず課税（益金）になりますか？
A:
原則は益金になり得ますが、固定資産取得に充てる国庫補助金等については、一定の手続きにより収入計上をしない（取得費から控除する）整理や、法人税での圧縮記帳など、制度別の特例が関係する場合があります。適用要件と書類が重要です。Q: 補助金・助成金に消費税はかかりますか？
A:
一般に、国や自治体からの補助金・助成金は「対価性」がないため、消費税の課税対象外（不課税）として扱うのが基本です。ただし、契約に基づく役務提供の対価に該当する形（委託費等）だと取扱いが変わる可能性があるため、制度の性質を確認してください。Q: 返還になった場合の処理はどうなりますか？
A:
返還が確定した時点で、既に計上した収益の戻入（または雑損失）として処理するのが一般的です。返還条項がある制度は、当初から保守的に未収計上しない運用も検討対象です。まとめ
- 収益計上の基本は「入金日」ではなく、支給を受ける権利が確定した日を軸に判断する
- 設備投資の補助金は、決算書表示と税務（圧縮記帳等）を分けて設計すると混乱が減る
- 助成金は費用補填型が多く、未収計上で期間対応を取ると業績説明がしやすい
- 消費税の税区分は誤りやすいので、会計ソフトの設定まで統一する
- 申請～確定～入金までを台帳化し、証憑を「経理が確認できる場所」に集約する
参照ソース
- 国税庁「No.2202 国庫補助金等を受け取ったとき」: https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/2202.htm
- 国税庁「第2節 国庫補助金等で取得した資産の圧縮記帳（法人税基本通達）」: https://www.nta.go.jp/law/tsutatsu/kihon/hojin/10/10_02.htm
- 国税庁「間接交付された国又は地方公共団体の補助金で取得した固定資産（質疑応答事例）」: https://www.nta.go.jp/law/shitsugi/hojin/07/11.htm
- 国税庁「No.6157 課税の対象とならないもの(不課税)の具体例（消費税）」: https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shohi/6157.htm
- 厚生労働省「雇用調整助成金 ガイドブック（PDF）」: https://www.mhlw.go.jp/content/001528824.pdf
この記事を書いた人
辻 光明
代表税理士
税理士 / 認定経営革新等支援機関
税理士法人 辻総合会計の代表。クリニック開業支援・医療法人設立・クラウド会計導入を得意とし、オンラインでの税務顧問サービスを推進。
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